人気アニメシリーズ「ポケットモンスター」の劇場版第9作。世界一のポケモンマスターを目指し、修行の旅を続ける主人公の少年サトシと、パートナーであるポケモン・ピカチュウとの友情や、仲間達との冒険を描く。荒地に迷い込んだサトシとピカチュウたち一行は、マリーナ一座と出会う。彼らは"水の民"と呼ばれる一族の子孫で、「世界の海のどこかに"アクーシャ"という神殿があり、"海の王冠"という秘宝が隠されている」という伝説を語り継いでいた。その伝説の神殿"アクーシャ"のカギを握るポケモン"マナフィ"のタマゴを守るという極秘ミッションを受けた、ポケモンレンジャーのジャッキー。サトシ達もジャッキーに協力することになるが、秘宝を狙う海賊達の襲撃を受ける。"マナフィ"を守る為、仲間達とともに戦うサトシ。"アクーシャ"にたどり着き、伝説の秘宝の姿を目にするのだった。