Geass皇歴2017年、日本が神聖ブリタニア帝国に占領されてから7年が経過した。日本がブリタニアの植民地「エリア11」としてブリタニアからの圧政を受ける日々を送る中、時を同じくしてE.U.(ユーロピア共和国連合)も、ブリタニアとの激しい攻防を繰り返す中で徐々にその力を弱めていた。そんな中、E.U.はイレヴンの少年少女達によって構成される特殊部隊「wZERO」(ダブルゼロ)を編成する。「wZERO」の少年達は市民の戦死を避けたいE.U.の意向により、使い捨てとして最前線に送り出される運命にあった。「wZERO」に所属する日向アキトは、守るべき国も居場所もない状況の中、生存率の低い戦いに身を投じていく。高校三年生の阿良々木暦は、大学受験を控えた受験生である。“それ”が見えたら、終わり。