閉ざされた島「ザンクティンゼル」で生まれた少年・グラン。彼は大いなる空へ飛び立つ夢を抱き、相棒のビィを連れて日々鍛錬に励んでいた。そんなグラン達が暮らす平穏な島に、突如響き渡る轟音。音の方向を見上げた彼らは、空に浮かぶ軍艦の姿とそこから落ちる光を目撃する。光の落ちた方向を目指し、立ち入りが禁じられている森を進むグランとビィ。そこで彼らは、蒼い髪の不思議な少女と出会う。彼女はとある事情で、軍事国家・エルステ帝国から追われる身となっていた。ルリアを守るため帝国に反旗を翻した騎士・カタリナとも合流し、グランはふたりを島から逃がすため、手助けを買って出る。車椅子暮らしの少女・こずえの楽しみは、窓から望遠鏡で街の人々を観察すること。絶えないリョウの部屋を眺めるのは彼女のお気に入りだった。見られていることに気付いて彼女の部屋を訪ねたリョウは、美人の姉・友佳の存在もあって毎日通うことに。そんなある日、こずえが侵入者に襲われる事件が発生。実はこずえはある殺人事件の目撃者で......。南国・沖ノ光島へ向かうリョウと香。二人は島で調査を続ける生物学者・ちひろの護衛を彼女のおばから依頼されたのだった。いうのも、島は地上げ屋に狙われており、ちひろの身にも危険が迫っていたのだ。地上げ屋たちの妨害に遭いながらも島に辿り着いたリョウたちは、そこで地上げ屋が狙っていたものの正体を知る。海坊主まで島にやってきて......。ハイジャック事件を解決したリョウは、乗客の一人・美佐をナンパし連れ出す。ところが、大和撫子になりたいと話す彼女こそ、犯人たちの狙いだった。パメラ共和国の独裁者・ジメチル将軍が、革命派内務大臣の娘である彼女を革命阻止のため利用しようと追わせていたのだ。革命は成功し、国外へ脱出したジメチルは、自ら美佐を追って日本へと飛ぶ。伝言板に槇村の名で書き込みがあり、指定の場所に向かう香。待っていたのは槇村の刑事時代を知るという麻薬取締官・ネルソンだった。槇村が捜査の一方で自ら麻薬密輸に関わっていたと語るネルソン。香は突然の兄への疑惑に動揺する。槇村から預かったものを渡せとネルソンは迫るが、香には身に覚えがない。槇村は一体何を残したというのか......。孤児院・くすのきハウスのクリスマスパーティに協力することになった香は、地主の大河内の使い・風間が院長に立ち退きを迫っている場に出くわす。ハウス存続のため、香はリョウに助けを求めるが、リョウはとりあわない。もとはハウスの土地だったものを大河内が騙し取ったのだと聞き憤慨した香は、権利書さえ手に入ればと単身大河内の屋敷へ忍び込み......。セイラの正体は、ブラックアーミーに操られた香だった。香は催眠状態のまま、原爆を楯に政府への脅迫を続ける。そんな中、リョウと海坊主、美樹は、敵の立てこもる廃ビルへと迫っていた。真のボスの元へ乗り込む冴子。一足遅く、香が起爆装置を作動させてしまう。死へのカウントダウンが始まる中、リョウはその想いを香にぶつける。未亡人・綾子が襲われているところを助ける。襲ったのは、吉祥組が持つ公園の権利書を狙う、五日市会の者だった。夫が愛した公園を守りたいという綾子の強い想いと、彼女を敬愛する組員たちの気持ちに応え、リョウは彼女の護衛を引き受ける。五日市会のボス・大利根は卑劣な策を立て......。夫との想い出に生きる綾子は、趣味の風景画にも亡き夫を描き込むほど。想い出に縛られることなく前向きに生きて欲しいと願うリョウだが、綾子はまだ公園の絵だけは描けないでいた。そんな時、白いキャンバスに向かう彼女の目の前で、大切な想い出の公園に五日市会が火を放つ。大利根の行為に怒りを爆発させたリョウは、五日市会の事務所に乗り込み......。こずえと友佳を守るため、自分のマンションに泊まらせるリョウ。憧れのリョウとの暮らしに幸せを感じるこずえの前に、事件の担当刑事・岩館が現れた。その言動を怪しむリョウと冴子。折しも、こずえが事件で受けた銃弾を体内から取り出す手術の日が迫り、弾丸の発射痕が重要な手掛かりとして期待されていた。岩館の狙いはその弾丸らしいのだが......。ある朝、リョウが少女・ルミをベッドに連れ込んでいたのを見て、怒って家出する香。覚えがないリョウはルミと出かけるが、何者かが次々と二人を襲う。その頃、謎の美女・セイラ率いるテロ集団・ブラックアーミーが新宿に原爆を仕掛け、政府に一千億円を要求していた。実はルミは事件のことを何か知ってしまい、それが原因で狙われているようで......。麗香にデートに誘われ、上機嫌で出かけるリョウ。香は麗香の薦めで、良く当たるという占い師を訪ねていた。占い師の老婆に、自分がリョウを危険に陥れる元凶だと言われた香は、ビルの屋上で独り落ち込む。その頃、香の身が危険だと冴子に聞いたリョウは、デートを放り出し香の元へと走った。一連の出来事の裏には、野上姉妹の粋な気遣いがあって......。香の姉と名乗る雑誌編集長・さゆりが現れた。リョウは彼女に、まずは姉であることを隠して、今の香の生活を見て欲しいと言う。護衛の依頼人という名目でリョウのマンションに泊まるさゆりだが、彼女は本当に何者かに狙われていた。リョウは香に護衛を任せ陰でフォローするが、自分を守り危険な目にあう香に気が気ではないさゆりは、香を引き取ると主張するが......。依頼人の老人・武田の依頼は、女子高生の孫娘・季美子につきまとう求婚者たちを追い払うこと。生意気な季美子に辟易しつつも、婚約者を装って彼女を守るリョウは、季美子の父親のことを一切語ろうとしない武田老人の様子を怪しむ。実は季美子の生い立ちには、本人も知らない秘密が隠されていたのだった。現れる求婚者もそれが原因のようで......。息子と武田の娘との間に生まれた子だった。上杉家親族の三兄弟は、季美子が相続権を持つ莫大な財産を目当てに結婚を迫っていたが、ついに誘拐という強硬手段に出る。上杉家を訪ね、季美子の出生の事情を知るリョウ。不幸なすれ違いから長らく憎しみに生きた武田老人と貴子、それに翻弄された季美子の運命は......。ミュージカルのセットを壊してしまい大道具係を命じられたリョウたちは、ダンサーとしての成功を夢見て稽古に励む舞子を見守りながら護衛する。ミュージカル初日、舞子が二人組の男に襲われた。彼らの目的は、彼女が部屋で見つけたというお守りの小さな人形。そこに隠された秘密とは。舞子はダンサーとして成功することができるのか......。ポート・ブリーズを救いたいというラカムの覚悟を受け取ったかのように、グランサイファーは沈黙を破り飛び立った。強風の中、数々の飛来物や乱気流を避ける見事な操舵を見せるラカム。した彼の技術により、グラン達は星晶獣・ティアマトが待ち構える黒雲の塊へと辿り着く。険しい道程の末に相対したティアマトは、エルステ帝国軍の策略により自身の意思とは反して暴走していた。ポート・ブリーズ群島と、その守り神であるティアマトを救うため、グラン達は大空の決戦へと挑む。エルステ帝国軍に一度は敗れるも、ルリアの力によりグランは再び立ち上がる。彼はルリアの導きで星晶獣・バハムートを召喚し、帝国軍を退けた。力を使い果たし、気を失ったグランは、夢の中で幼き日の記憶を回想する。手にした、彼方にいる父からの手紙——。「星の島、イスタルシアで待つ」と書かれたその手紙こそが、彼が空の冒険に憧れる理由だった。その後、無事に目を覚ましたグランに安堵する一行。ルリアから告げられたのは、「グランはすでに命を失い、自分と命を繋ぐことで生き長らえている」という衝撃の事実だった。言葉を失うグランだったが、問題を解決できる可能性としてカタリナが口にした「星の島」の名に、彼の心は躍りだす。星の島を目指し、ザンクティンゼルから飛び立ったグラン達。カタリナの小型騎空艇の操縦はおぼつかず、一行は近くの島に不時着を試みる。墜落同然の着陸ではあるものの、彼らはどうにか新たな島へと到着した。降り立ったのはポート・ブリーズ群島の一部、エインガナ島。風を司る守り神・ティアマトが祀られる、穏やかな風の吹く島だった。そこへ草原を通りかかったひとりの男が、大破した小型騎空艇を見てグラン達に苛立った声をかけてくる。男はラカムと名乗る騎空艇の操舵士で、乱暴に扱われた艇の有様が許せない様子だった。街の人々が言うには、ラカムは直るはずもない朽ちた騎空艇の修理をずっと続けている変わり者らしく......。ルリア奪還を目論む帝国少将フュリアスの襲撃を受け、追い詰められたグラン達。彼らの逃亡を助けたのは、操舵士の男・ラカムだった。一行は島から旅立つため、ラカムを操舵士として迎え入れたいと提案するも断られてしまう。彼は幼い頃に魅せられた、古びた騎空艇・グランサイファーでなければ飛びたくないと語る。数年前にラカムが空を飛ぶことを止めてしまった原因——。それはかつて、自らが丹精を込めて修理したグランサイファーで墜落を経験した過去にあった。墜落以来、どこにも故障箇所がないにも関わらず、グランサイファーはピクリとも動かない。ラカムはグラン達に協力したいが、他の騎空艇で旅立つことはできないのだという。石壁に囲まれた薄暗い遺跡。そこではトレジャーハンターのマリーとカルバが、お宝を求めて探索を行っていた。同じ頃、アウギュステに向かう道中で補給のためにとある島に立ち寄ったグラン達は、シェロカルテから遺跡調査の依頼を持ち掛けられる。シェロの依頼を受け、森の奥深くに佇む遺跡に辿り着いた一行。ところが突如足元の石畳が崩れ、彼らは遺跡の地下へと落とされてしまう。落下の最中に二手に分断され、魔物と罠が蔓延る遺跡の内部でバラバラになったグラン達。ラカム、イオと共に行動するグランは、ルリア、カタリナ、ビィと合流するため、遺跡の探索を始める。その先でグラン達は、魔物と交戦するマリーとカルバに遭遇するのだった。新たなる目的地・アウギュステ列島に降り立ったグランサイファー。美しい水資源に恵まれた島とされるアウギュステだが、グラン達は到着早々に海岸線に漂着したヘドロのような塊を目にする。観光地とは思えない惨状を見て戸惑う一行に声をかけたのは、ラカムの旧縁で傭兵の男・オイゲンだった。彼曰く、ここ最近エルステ帝国がアウギュステの海で何らかの実験を行っており、その影響で異臭を放つヘドロが島中で発生しているのだという。結果、強硬な姿勢のエルステ帝国とアウギュステとの間で戦争が勃発。オイゲンが所属する傭兵部隊も駆り出され、島には不穏な空気が漂っていた。エルステ帝国に攫われたルリアを捜し、グランはアウギュステの街を駆ける。同じ頃、帝国軍により騎空艇の発着場が制圧され、ルリアを連れたポンメルンはアウギュステを発とうとしていた。帝国軍の蛮行に街の人々は傷付き、責任を感じて胸を痛めるルリア。そんな彼女をポンメルンは「破壊のための道具」と呼び、さらに苦しめる。今まさに帝国の軍艦へと乗り込もうとした刹那、立ち塞がる帝国兵を薙ぎ払いルリアの元へグランが駆け付ける。混乱を極めるアウギュステの海に、さらに轟音とともに巨大な水柱が上がった。現れたのは島の守り神とされる、水の星晶獣・リヴァイアサン。現れた巨大な竜は、軍艦もろとも街を破壊し始めるのだった。アウギュステで起きたエルステ帝国との交戦から、心を閉ざし眠ったままのルリア。グラン達は彼女を目覚めさせるため、謎の女性・ロゼッタの案内で新たな島・ルーマシー群島を訪れる。「世界から忘れ去られた島」と呼ばれるルーマシーは、一歩踏み込めば巨木が生い茂る原生林。方向感覚を失うような森の中を、ロゼッタは迷う素振りもなく突き進んでいく。して一行が辿り着いた森の最深部には、ひときわ巨大な木がそびえ立っていた。ロゼッタが巨木に触れると、グラン達の前に森の恵みを司る星晶獣・ユグドラシルが現れる。グランはロゼッタとユグドラシルの力を借り、命のリンクで繋がったルリアの意識の中へと入り込む。ザカ大公の魔力を発する機械の魔物に囲まれ、絶体絶命のグラン達。イオの呼びかけにより敵が怯んだ一瞬の隙をつき、彼らはどうにか危機を脱することができた。出口を塞がれ退路を失った一行は、ザカ大公の手がかりを求めてさらなる深部へと踏み込んで行く。何者かからの呼び声が聞こえるというルリアの案内で辿り着いたのは、地下に隠された秘密工場。そこではザカ大公と、彼が建造した鉄の巨人・コロッサスが待ち構えていた。ザカ大公は正気を失っているようで、弟子であるイオの顔さえ忘れてしまっていた。血走った目でルリアを見つめ、コロッサスを星晶獣として目覚めさせるために力をよこせとルリアに迫る。謎の少女が見つめていた。樹であることを知った幽助たちは、間もなく人間界を訪れたコエンマより、詳しい話を聞く。ティアマトの脅威からポート・ブリーズ群島を救い、グラン達は新たなる島へと旅立つ。辿り着いた先は溶岩の河が流れ、その熱を利用した鉄鋼業が盛んなバルツ公国。そこでは彼らに仕事の依頼をしたいと、よろず屋のシェロカルテが待ち構えていた。シェロの紹介で出会った依頼主は、バルツ公国の特務官。国の重要機密に関わる秘密諜報員であった。彼はグラン達にポート・ブリーズを救った騎空団と見込んで依頼があるという。依頼内容は、行方をくらましたバルツ公国の最高権力者・ザカ大公の捜索。団長となったグランの決意もあり、一行はその依頼を受けることに。調査を始めたグラン達だったが、背後には彼らを尾ける怪しい人影があった。アウギュステ列島、首都ミザレア。そこでは暴走を続けるリヴァイアサンに、オイゲン達が対抗していた。目覚めたルリアを連れてアウギュステに戻ったグラン達は、街の惨状を見て愕然とする。オイゲンは合流したグラン達に島からの撤退が決まった事を告げるが、グランらはそれを引き留める。ルリアが感じ取ったのは、リヴァイアサンは汚された海を浄化するために力尽きてしまったということ。自分の命を繋ぐために、人々の生命力を吸収しているという事実だった。「リヴァイアサンを助けたい」というルリアの決意に、力を貸すことを約束するオイゲン。時を同じくして、マリーとカルバを始めとした腕利きの騎空士たちがアウギュステを護るために動き始めていた。閉ざされた島・ザンクティンゼル。その森の奥深くに蒼い髪の少女が倒れていた。気を失った彼女を見つけ、駆け寄るもうひとりの少女。これがルリアと、ジータの出会いだった——。時は流れ、ルリアはグランサイファーの甲板でノートを見つめながらこれまでの旅を思い返す。タの運命を変えた、ザンクティンゼルからの旅立ち。ポート・ブリーズでのラカムとの出会い、ティアマトとの決戦。イオと共にコロッサスに立ち向かい、ザカ大公を救ったバルツ公国。タとルリアは数々の島を巡り、新たな仲間と出会ってきた。そんな彼女達は次に訪れたのは、水の島・アウギュステ。