その時、探査車の前にテラフォーマーの大群が津波のように向かってきた。ベースの大迫空衣(篠田麻里子)。ベースの連城マリア(太田莉菜)と共に手塚を守る。何とか乗り切ったかに見えたが探査車が横転。3人は振り飛ばされる。操縦していた副艦長は気を失い、自動運転に切り替わり3人は置き去りになる。その時、テラフォーマーに囲まれた3人は首を飛ばされ、頭を踏み潰される。映画テラフォーマーズパンフレットよりバグズ1号バグズ1号にたどり着いた5人。副艦長がシステムを復旧するとバグズ1号から何かを地球に送信したあとがあった。外でタバコを吸って休憩していた乗組員二人。ヤクザの吉兼とチンピラの虎丸はテラフォーマーたちに銃殺される。本多と通信で話す1匹のテラフォーマー。本多は小町(小吉)が変身したら近づくな。あいつは獰猛すぎると注意した。外に出た3人は変身してテラフォーマーたちと戦う。小吉の手術ベースはオオスズメバチ。敵が倒れるまで何度も毒針が撃てる。副艦長の手術ベースはハナカマキリで、両手の釜で戦う。仁の手術ベースはサクトビバッタで強い脚力で戦う。バグズ2号バグズ2号では酸素が急速充填されていく。蛭間は倒れて死んでいるようだ。艦長が何とか動こうとした時、「ご苦労様、艦長。」と言って本多と通信していたテラフォーマーが銃で射殺。体が割れ、中から死んだはずの元警官の森木がでてきた。彼女の手術ベースはエメラルドゴキブリバチ。ゴキブリの脳に特殊な毒針を刺し、生きたまま奴隷にすることができる。森木は蛭間に水をかける。すると蛭間は目を覚ます。蛭間の手術ベースはネムリユスリカ。乾燥状態に入るとどんな過酷な状況でも死なない。2人は本多からテラフォーマーの卵を持ち帰るという任務を与えられていた。他の隊員が死ぬことは想定内。10年前バグズ1号の脱出ポットから地球に送られていたのはテラフォーマーの頭部だった。それを元にバグズ手術が行われ今回の計画が行われた。卵が手に入れば核兵器に匹敵する兵器が開発できるという恐ろしい計画だった。別室の奈々緒の亡骸は大量の糸が出されていた。映画テラフォーマーズパンフレットより計画を知らされた3人3人になった小吉たちの前にドローンが現れ本多と通信が繋がる。3人は今回の計画を聞かされる。俺達は最初から捨て石だった。「俺達は必ず生きて帰る。」と言う小吉に「良い戦闘データが取れた。君達に帰る手段は無いよ。その時バグズ2号が飛び立つ。森木と蛭間バグズ2号を飛び立たせた二人。森木の毒で支配したテラフォーマーを交配させて産ませた産みたての卵も確保されている。―――極貧で兄弟が多く、母親は病気。大学で研究発表の直前に嵌められてしまい。大学を追い出され、研究データも奪われた。―――俺の見方は金だけだ。森木は、テラフォーマーを支配できる能力があるから世界を支配できるという野望を持つ。その時、卵に異変がおき、2匹が産まれた。一度森木が毒針を刺して支配する・・・が言うことを聞かない。森木の毒に耐性を持った進化した子供が産まれたのだ。森木は腹を貫かれ死亡。蛭間は変身し仮死状態に入る。産まれた2匹は艦内から「ジョー!ジョー!ジョー!」と叫ぶと、地上のテラフォーマー達が大量に艦に張り付きエンジンを噴射口を壊し艦は地上に落とされた。その様子を見ていた本多に榊原は「これも予定通りですか?」と聞く。「いや、完璧なトラブルだ。映画テラフォーマーズパンフレットより壮絶な戦い残された3人。脱出ポッドで脱出するためにバグズ2号に向かう。バグズ2号の周りにはたくさんのテラフォーマー達。三人は次々と倒していく。仁は俺より奴がこの世の中にいるのが許せないと薬を追加。その時副艦長が首を切られ死亡。目の前に人間の戦闘の構えをするボスが現れる。