依存関係を明示的に宣言し分離するほとんどのプログラミング言語は、サポートライブラリを配布するためのパッケージ管理システムを提供している。PerlにおけるCPANやRubyにおけるRubygemsなどである。packages”と言われる)にインストールされる場合と、アプリケーションを含むディレクトリのスコープ(“vendoring”または“bundling”と言われる)にインストールされる場合がある。Appは、システム全体にインストールされるパッケージが暗黙的に存在することに決して依存しない。マニフェストで完全かつ厳密に宣言する。ツールを使って、取り囲んでいるシステムから暗黙の依存関係が“漏れ出ない”ことを保証する。完全かつ明示的な依存関係の指定は、本番環境と開発環境の両方に対して同様に適用される。execを提供している。Pipが宣言のために使われ、Virtualenvが分離のために使われる。C言語でもAutoconfで依存関係を宣言し、静的リンクで依存関係を分離することができる。どちらか片方だけではTwelve-Factorを満足するのに不十分である。明示的に依存関係を宣言する利点の1つは、アプリケーションに新しい開発者が加わった際のセットアップを単純化できることである。新しい開発者は、言語のランタイムと依存関係管理ツールさえインストールされていれば、アプリケーションのコードベースを自分の開発マシンにチェックアウトすることができる。アプリケーションのコードを実行するために必要なすべてのものをセットアップできる。Appは、いかなるシステムツールの暗黙的な存在にも依存しない。例として、アプリケーションからImageMagickやcurlを使う場合がある。これらのツールはほとんどのシステムに存在するだろうが、アプリケーションが将来に渡って実行され得るすべてのシステムに存在するかどうか、あるいは将来のシステムでこのアプリケーションと互換性のあるバージョンが見つかるかどうかについては何の保証もない。アプリケーションがシステムツールを必要とするならば、そのツールをアプリケーションに組み込むべきである。