父やその仲間とともに大型漁船で日本を脱出し、南太平洋に浮かぶ海上基地フロート・ナインを目指していた。船は嵐に遭い、座礁してしまう。ように思われたその船は、調査に訪れた大人たちを載せたまま、忽然と姿を消してしまう。それから二年、謎の「箱船」は、何度か圭太たちの前に姿を現すが、大人たちは誰一人帰ってこなかった...。意を決して「箱船」に乗り込んだ子供たちは、なんと、船が完全に無人であることを知る。父やその仲間とともに大型漁船で日本を脱出し、南太平洋に浮かぶ海上基地フロート・ナインを目指していた。船は嵐に遭い、座礁してしまう。ように思われたその船は、調査に訪れた大人たちを載せたまま、忽然と姿を消してしまう。それから二年、謎の「箱船」は、何度か圭太たちの前に姿を現すが、大人たちは誰一人帰ってこなかった...。意を決して「箱船」に乗り込んだ子供たちは、なんと、船が完全に無人であることを知る。