http://サブドメイン名の指定がトップページ(http://サブドメイン名/)のサブドメイン名と同じ指定になっているかどうかを確かめればと思います。これが異なっている場合、この事象になるのではと思います。http://サブドメイン名に書き換えたら、エラーを出さずにトップページが表示されるようになりました。独自ドメインを適用した際も、ここを書き換えれば大丈夫そうです。今度は、初期ドメイン/サイトトップフォルダ/からのログインでエラーが出るようになってしまいました(その通りだと言えばその通りですが)。ログイン画面(http://初期ドメイン/サイトトップフォルダ/auth/login)が表示される。「アクセスができません。指定したURLに移動するにはログインが必要です。」というエラー画面(http://サブドメイン名/サイトトップフォルダ/)となる。すると認証画面に自動遷移するが、URLはサブドメイン認証画面のそれになっている(http://サブドメイン名/auth/login)独自ドメインを適用した後は、トップフォルダへ直アクセスしてからログイン、という事はしないと思うので影響は無さそうですが、こんな所でエラー画面出て欲しくないというか、なんだかもやもやします。