東京の大学に進学した小比類巻香蓮は、長身であることへのコンプレックスにより、思い描いていたような学生生活を送れずにいた。ある日、彼女は「別の自分になれること」に興味を抱き、地元の親友・篠原美優の手ほどきのもとVRゲームとそのハード《アミュスフィア》を手に取る。お気に入りのアバターができるまで、いくつものVRゲームを試した彼女はやがて《ガンゲイル・オンライン》にめぐり合う。デザートピンクの装備を身に着けた彼女は、名うてのプレイヤーキラーとして恐れられるようになる。ところが、褐色肌の女性プレイヤーに、銃を突きつけられて......。チーム対抗のバトルロイヤル戦《スクワッド・ジャム》が、《ガンゲイル・オンライン》の日本サーバーで開催されることになった。その大会への出場をピトフーイに打診されたレンの心は揺れる。大会には出たいと思うけれど、その日はあこがれのアーティスト・神崎エルザのライブの日だった。結局、チケットを入手できなかった彼女は、大会へ思いをぶつけることに。ピトフーイが紹介した巨漢のエムとともに彼女は戦場へ向かう。《セカンド・スクワッド・ジャム》が開催される。今回は小比類巻香蓮の友人、篠原美優も参戦。彼女は別のVRMMORPGからキャラクターをコンバートし、フカ次郎というアバターで《ガンゲイル・オンライン》を始める。レンは、フカ次郎を連れて、武器を購入しに行くが......。レンの《セカンド・スクワッド・ジャム》参加が公表されると、第1回《スクワッド・ジャム》のライバルたちが打倒レンに向けて動き始める。チーム対抗のバトルロイヤル戦《スクワッド・ジャム》が開始してまもなく1時間が過ぎようとしていた。レンとエムのふたりはまだ戦場で健在だった。順調な戦況に気を緩めたレンたちのもとに、敵チームが急襲する。銃弾が降り注ぐ中、エムはバックパックから特殊なアイテムを取り出すと、レンに作戦を伝える。その作戦とは、レンが全速力で逃げ回り、敵の目を引き付けるというもの。その間にエムが敵を狙撃するという。その作戦は上手くいくのだろうか......。《スクワッド・ジャム》が開始して1時間15分が過ぎた。残るチームは、レンたちともうひとつのチームだけ。急に取り乱したエムを残し、レンはたったひとりで決戦に向かう。相手チーム《SHINC》のメンバーは6人。激しい銃撃の中、レンは持ち前の俊敏性を活かして、戦場を駆け回る。逃げ回っていては勝つことができない。気づいたときに、手元あった愛銃P90、通称ピーちゃんが語り掛けてきた。ピーちゃんの想い(!?)を受け、レンは相手チームに正面から挑む。《セカンド・スクワッド・ジャム》が始まった。レンとフカ次郎の初期配置はマップの最北西のエリア。10分が経ち、各チームのリーダーの位置がマップに表示されるサテライトスキャンが行われる。レンは、ピトフーイとエムのいる場所を探すが......彼女たちは、はるか遠くの地点にいた。ピトたちのチーム《PM4》を目指して進軍を開始するレンとフカ次郎。町エリアに陣を敷くチームを発見する。先行するフカ次郎が攻撃を仕掛けようとするも、罠にハマり行動不能に陥ってしまう。ピンチにレンは......。ピトフーイたちのチーム《PM4》を倒すべく、複数のチームが結託して攻撃を開始する。ピトたちの運命は――。そのころ、レンとフカ次郎は《PM4》の現在位置を目指して、最短距離で進軍していた。目の前にそびえ立つ巨大なドームの中を突っ切ると早いのだが、そこには3つの敵チームが確認された。「今回は《ラッキー・ガール》返上かな、こりゃ......」すると、ドームからいくつもの銃声が聞こえてくる。敵チーム同士が戦闘しているらしい。敵同士で潰しあってくれれば......そう考えていたレンはその銃声に奇妙な感覚を覚える。サバンナで戦うレンとフカ次郎のふたりは《MMTM》の襲撃を受けた。そのとき、前回《スクワッド・ジャム》のライバルチーム《SHINC》が、レンたちの前に現れる。《SHINC》のボスは、レンにガチのタイマン勝負を申し込むが......。唯一ピトフーイを止められるのはレンのみ。7チームを返り討ちにして勢いが止まらないピトフーイとエムのチーム《PM4》に《SHINC》と《LF》が挑む。エムの狙撃をかいくぐり、最強の盾を突破することはできるのか......。ピトフーイが復活した。強豪チーム《MMTM》は彼女ひとりに全滅させられてしまう。ボスが率いる《SHINC》とレンのパートナーのフカ次郎は、ピトフーイとエムが潜むログハウスへ突撃を仕掛ける。撃たれていく仲間たちを見て、レンはついに爆発する。《セカンド・スクワッド・ジャム》のクライマックスが始まる。倒されたライバルチームのメンバーや観客が見守る中、レンとピトフーイ、エムの対決が始まった。《セカンド・スクワッド・ジャム》もいよいよ大詰め。レンとピトフーイの一騎打ちが始まった。ゲームに本気で命をかけている、と言うピトフーイ。そんな彼女にレンは挑発する言葉をかけ、その感情を揺さぶろうとする。激しい戦いの中、レンは絶体絶命に追い詰められるのだった。レンの優勝で幕を閉じた《スクワッド・ジャム》から二週間後、レンのプレイヤー・小比類巻香蓮の部屋に、6人の女子高校生が集まった。彼女たちは《スクワッド・ジャム》でレンが最後に戦った相手チーム《SHINC》のプレイヤーたち。彼女たちは香蓮を慕い、大会の録画映像を観ながら勉強会をしたいと申し出たのだ。彼女たちは第2回の大会に向けて、早くも準備を始めていた。北海道の実家に帰り、友人の篠原美優と親交を温めた香蓮のもとに一通のメールが届く。それは第2回《スクワッド・ジャム》開催のお知らせだった。乗り気でないまま東京に戻ってきた香蓮が自宅のマンションに入ろうとしたとき、ひとりの男が現れる。銃器による対人型VRゲーム《ガンゲイル・オンライン》で、新たな大会が開催されようとしていた。《スクワッド・ジャム》――最大6名のプレイヤーで構成されたチームが生き残りをかけて、ひとつのフィールドで戦うチーム対抗バトルロイヤル戦だ。全身をピンクの装備で統一した女性プレイヤーのレンは、巨漢のスナイパー・エムとともにその大会に挑んでいた。森林エリアにひとり潜むレンのもとに、敵チームが迫る。菊岡から呼び出された和人は、日本で唯一プロゲーマーが存在する人気のVRゲーム《ガンゲイル・オンライン(GGO)》にまつわる、奇妙な事件について聞かされる。《GGO》の有力プレイヤー2名が、《死銃(デス・ガン)》を名乗るプレイヤーにゲーム内で銃撃された後、いずれも謎の死をとげたというのだが......。《ALO》で聖剣エクスキャリバーが発見されたというニュースが流れた。それは数か月前、キリトとリーファが地下世界・ヨツンヘイムでトンキーという邪神を助けたときに見つけたものだった。このニュースを知った2人は、他のプレイヤー達に先を越されないうちに、エクスキャリバーを手に入れようと決意。アスナやクライン、シノンたちを呼び集め、7人パーティーでヨツンヘイムのダンジョンに向かう。キリトたちはダンジョン最下層で待ち構えるボス・スリュムと対決。スリュムのHPをなかなか削りきれず、逆に冷気による攻撃を受けピンチに。そのとき、仲間に加えたフレイヤが声を上げ、スリュムを倒すには奪われた一族の秘宝・黄金の金槌が必要だと、キリトたちに告げる。キリトは雷系のソードスキルを使い、隠された金槌を発見。フレイヤに投げ渡すが......。《ALO》のアップデートに伴い、《新生アインクラッド》の第21~30層が解放されることになった。アインクラッド22層にあったログハウスで、キリトとユイの3人で暮らしていたアスナは、再び3人一緒に暮らす夢がかなうのではと期待に胸を膨らませる。迎えた、アップデート日のクリスマス・イブ。アスナはキリトやいつもの仲間達と共に第21層のボスを倒し、第22層に到達。以前、ログハウスのあった場所に向かう。《絶剣》の通り名で呼ばれる凄腕プレイヤーの噂を聞き、勝負を挑むことにしたアスナ。《絶剣》は超攻撃回数を誇る自身のオリジナル・ソードスキルを賭けて対戦相手を募り、挑戦者全員を返り討ちにしていた。母・京子から、進学校への編入試験を受けるよう言い渡される。進路を押しつけ、さらには結婚相手すらも勝手に決めようとする母に彼女は反発するのだが......。アスナは、ユウキがリーダーを務めるギルド《スリーピング・ナイツ》への協力を頼まれる。《スリーピング・ナイツ》は、メンバー同士の事情で近く解散することを決めており、解散前の思い出作りとして、自分たちのパーティーだけでのボス攻略に挑んでいた。通常は複数パーティー合同の49人で挑むボス敵を、《スリーピング・ナイツ》+アスナの7人のみで倒すのは極めて困難。勝算の薄さから、返事をためらうアスナだが......。第27層のボスを攻略しようとするアスナと《スリーピング・ナイツ》の動きは、ボス攻略専門ギルドに察知されていた。ボス攻略のノウハウを知られた上に、先を越させまいとするギルドの妨害を受け、窮地に追い込まれるアスナたち。そこへ、キリトとクラインが駆けつけ、アスナたちに加勢。キリト達が時間を稼いでいる間にアスナと《スリーピング・ナイツ》は、行く手に立ちふさがるボス攻略ギルドの先遣隊20人を蹴散らし、ボス戦に挑む。ユウキが突然アスナの前から姿を消し、《ALO》にログインしなくなって数日が過ぎた。アスナは《スリーピング・ナイツ》のシウネーにユウキが姿を消した理由を尋ねるが、シウネーは言葉を濁して詳しい事情を説明せず、「ユウキは再会を望まないでしょう」と言うだけだった。後日、もう一度ユウキと会いたい、と願う明日奈に、和人から「屋上で待ってる」というメールが届く。明日奈が屋上に行くと彼はメモを差し出し、そこに書かれた場所へ行けば彼女に会えるかもしれないと告げる。世界初の医療用フルダイブ機・メディキュボイドの被験者として、病院からバーチャル世界にダイブしていたユウキ。末期の病で無菌室から一歩も出られない彼女は、もう一度学校へ行ってみたいと願っていた。放課後、ユウキはもう一箇所行ってみたい場所があると言うと、かつて自分と家族が住んでいた場所へと明日奈を案内する。外の世界を体感できるようになってから、ユウキの毎日はこれまでにないほど充実していた。《ALO》では多くのプレイヤーたちとバーベキューをしたり、クエストに行ったりと、賑やかな日々を送っていた。現実世界では、明日奈たちと授業を受けたり、京都へ旅行に行ったりもした。3月が終わりに近づき、桜のつぼみがほころび始めるようになったある日。明日奈の元に、一通のメールが届く。女神ウルズから、霜の巨人の王スリュムの討伐と、エクスキャリバー奪還のクエストを与えられたキリトたち。ユイはこのクエストが運営者の意図したものではなく、システムが自動生成したものではないかと推測する。その場合、クエストの行方次第では、《ALO》世界そのものが破壊される可能性すらあると......。なる前にクエストを達成するべく、ダンジョン攻略を急ぐキリトたち。その途中、檻の中に閉じ込められ助けを求めていた女性NPC、フレイヤを発見する。キリトたちはワナを疑い、先を急ごうとするのだが......。大型狙撃銃《へカートII》を武器とし、《GGO》随一のスナイパーとして活躍する少女シノン。所属するスコードロンの仲間と共に、他のスコードロンを襲撃した彼女は、第1目標の狙撃に見事成功。第2目標として狙ったマント姿の巨漢に、銃弾をかわされてしまう。巨漢はマントの下に隠し持っていた重機関銃を取り出すと、圧倒的な火力で反撃し、シノンらは一転窮地に。仲間たちが弱気になる中、強敵との出会いを求めていたシノンは......。