全体体育授業を終えた美琴とともに、ランジェリーショップでの買い物に出かけた黒子。初春から強盗事件の一報を受け、渋々「風紀委員(ジャッジメント)」支部に急行する。監視カメラの映像には、キャリーケースを奪い合う男たちの姿を映されていた。人間らしき彼らと接触・制圧し、難なくケースを奪い返した黒子......だったが、突如その現場で謎の少女に襲われ、再びケースを奪われてしまう。(ムーブポイント)』を持つその少女は......。一般開放される数少ないイベントとあって、開会式前から大盛況。いつものように美琴に絡まれた上条は、「負けたら何でも言うことを聞く」という条件で大覇星祭の結果で勝負をすることに。第一競技・棒倒しに備えるクラスのもとに戻った上条を待っていたのは、まったく大会にやる気のないクラスメイトの姿だった。美琴との勝負に早くも赤信号と思われたその時、体育館裏手で、対戦相手の学校教師からバカにされる小萌先生が。彼女の儚げな姿を見て、心技体全てが一致団結した上条のクラス全員は殺気を放ちながら相手チームへ突進する。聖人を一撃で葬る霊装『刺突杭剣(スタブソード)』が学園都市に持ち込まれたと土御門らに聞かされ、大覇星祭の真っ最中に捜索を協力することになった上条。偶然にも、事件の張本人である運び屋・オリアナ=トムソンと接触した上条は、土御門、ステイルと合流して尾行を続けるが、彼女の仕掛けた罠が待ち受けていた。上条の右手で何とかやり過ごしたものの、オリアナに逃亡の時間を与えてしまう。土御門はステイルの協力を得て、オリアナの位置を特定するための魔術を展開するが、それすらも見越して仕掛けられた彼女の罠が発動、ステイルが傷を負うことに。土御門はオリアナの仕掛けた罠そのものを潰すため、さらなる魔術を行う。なんとか罠を解除するも、オリアナの魔術により吹寄が倒れてしまう。無関係の一般人すら巻き込むオリアナのやり方に激怒する上条。ステイルのサポートを受けて、上条は土御門と共にオリアナを追いつめるが、あと一歩で無人バスに乗り込まれ、取り逃がしてしまう。ステイルの機転で、バスを爆破するも、難なく炎をかいくぐるオリアナ。魔道書の原典を一瞬で書き上げる『速記原典(ショートハンド)』を駆使しての戦いになだれ込む。渦中、ケガをしていた土御門は行動不能に陥り、変幻自在の魔術の前に上条も追い詰められていく。我が身を顧みない右手の一撃で上条に逆転を許したオリアナは、『刺突杭剣』を手放し、逃亡する。『刺突抗剣』の正体が『使徒十字(クローチェディピエトロ)』であると判明したことで、リドヴィアの本当の目的を知った上条たち。この状況が明るみになり、インデックスが動くことになれば、外部の魔術師の侵入を許すことになる。この事件を彼女に悟らせないよう、上条は、両親とインデックス、そして美琴と彼女の母親・美鈴と昼食の席を囲んだり、多分な誤解による美琴と黒子の理不尽な攻撃を受けたりしていた......。イギリス清教からの報告を受けていたステイルは、緊迫した状況下にもかかわらず小萌先生に喫煙をとがめられ、お小言を受ける羽目に。そんな安息(?)のひとときも、土御門からの連絡で終わりを告げる。オリアナの襲撃を退けた土御門。吹寄に続いて、姫神までがオリアナの手にかかり、重傷を負ってしまう。一般人を巻き込むことも辞さない彼女たちのやり方に、強い怒りを覚える上条。それは、オリアナにとっても想定外の事故だった。二度と過ちを犯さぬため、『使徒十字』で学園都市を支配する--その目的を果たすべく、再び動き出すオリアナ。上条は彼女のあとを追いながら、その行動の不自然さに思い当たる。イギリス清教の報告から『使徒十字』の使用には星座が関わっていると推測されたが、決定打に欠けるまま、上条はオリアナを追いつづける。その頃、彼女の足跡を追っていた土御門が、あることに気付き......。イギリス清教からもたらされた追加報告によって、『使徒十字』の使用条件を知った上条たち。オリアナの目的地『天文台』をどうにか特定した彼らは、土御門の「裏技」を使って、その目的地--第二三学区の飛行場へと急行する。彼らの前に立ちはだかるオリアナ。彼女の罠の前に土御門が倒れ、『速記原典』を駆使した変幻自在の攻撃に上条とステイルも苦戦を強いられる。刻一刻と暗くなっていく空。夜になって星座が見えると、『使徒十字』が発動してしまう。連携を無視した攻撃で、かろうじてオリアナの隙を突くことに成功する上条とステイル。何とか形勢逆転まで持ち込もうとするも、満身創痍のオリアナは、自らの戦う理由と求める答え、そして魔法名を口にする。大覇星祭最終日に行われる大抽選会・来場者ナンバーズ。パスポートを持っていたインデックスとともに、上条は幸せな旅行を満喫すべく出発した。当然のように出発前の空港でトラブルに巻き込まれ、現地に到着してからも現地ガイドに置いてけぼりを食らい、自力でホテルを目指すはめに。その上、現地語の通訳として頼みの綱であるインデックスが行方不明になってしまう。言葉もわからないイタリア・キオッジアの地で、ひとり放り出されてしまった上条だったが、そこに救いの女神--オルソラが現れる。襲撃を受けた上条たち。運河から現れた巨大な氷の帆船に乗り込むことになった上条とオルソラは、そこで意外な人物--アニェーゼと顔を合わせる。護衛艦の一隻で、彼女は侵入者である上条たちの捜索を手伝っていたのだという。彼女は罪人として『法の書』事件の責任をとらされ、同じ部隊のシスターたちは『女王艦隊』で使役されていたのだ。ここから逃げたいのなら、自分の言うことを聞けと取引を持ちかけるアニェーゼ。その取引内容とは、アニェーゼ奪還を企てるも捕まってしまったルチアとアンジェレネの確保だった。部下を助けてほしいと懇願するアニェーゼの言葉に従い、どうにか二人の救出に成功する上条たち。天草式に救出された上条たちは、彼らの手を借りてアニェーゼ救出に向かう。『女王艦隊』に突入し、かつての仲間たちと戦うルチアとアンジェレネ。旗艦である『アドリア海の女王』にたどり着いた上条とインデックス、オルソラは、艦内を壊しながらアニェーゼを探す。氷の鎧たちの攻撃を受け、ふたりとはぐれてしまった上条の前には、ローマ正教の司祭・ビアージオが現れる。「主の恵みを拒絶する」右手を持つ上条に、嫌悪感を隠さないビアージオは、十字架を使った術式を駆使して彼を追いつめる。インデックスとオルソラはアニェーゼの囚われている中枢部へとたどり着く。驚くアニェーゼにルチアたちの言葉を伝えるオルソラ。ここはイギリス、ロンドン。ローラとステイルが愉快な、しかし命がけのドツキ漫才を展開したり、『必要悪の教会(ネセサリウス)』の女子寮に届けられた最新鋭の全自動洗濯機を前に神裂が悪戦苦闘したり、オルソラたちが興味津々だったりしていた頃......。日本の学園都市では、大覇星祭の罰ゲームで美琴の愛玩奴隷と化した上条が大きなため息をついていた。美琴にはゲコ太ストラップ欲しさに携帯電話のペア契約を迫られたり、突然現れたミサカにゴーグルの捜索を手伝わされそうになったり、美琴との姉妹(?)対決に巻き込まれたり、さらにゴーグル盗難犯の打ち止め(ラストオーダー)が混乱に拍車をかけたり......。風当たりはさらに厳しいものとなっていた。緊迫する世界情勢の中、もうひとつの『脅威』が、学園都市を襲う。最初の犠牲者として選ばれたのは、不幸にも美鈴の顔に既視感を覚えた学園都市最強の能力者だった。その後も被害は拡大を続け、罪のないタクシー運転手の次に標的となった上条当麻は、酒臭い吐息だけでなく、インデックスの怒りを一身に浴びることに。辛くも逃げおおせた最初の犠牲者--一方通行のもとに、学園都市の『上』から、とある情報がもたらされる。天草式十字凄教により、上条たちの目の前で再びさらわれてしまったオルソラ。上条はステイル、ローマ正教のアニェーゼたちとともに、彼女を救うべく、天草式の潜むパラレルスウィーツパークへと向かう。力で逃げおおせる前に、オルソラを確保するか、天草式を制圧しなくてはならない。主力であるアニェーゼたちに陽動を任せ、上条とステイルはオルソラの確保に向かう。武器を手にした天草式の少年少女たちが襲い来る中、またもステイルにオトリにされる上条。なんとか逃げおおせて物影に隠れようとした彼は、ガムテープで自由を奪われたオルソラと遭遇、彼女を助けることに成功する。彼らの前に傷だらけのステイル。「一方通行(アクセラレータ)」を倒した無能力者(レベル0)として、一躍有名人となってしまった上条。統括理事会は、混乱が収拾するまでの間、彼に一時学園都市の外に出るように命令する。不法滞在者のはずがなぜか問題なく学園都市を出られたインデックスとともに、温泉旅館「わだつみ」に腰を落ち着ける上条。小萌先生の配慮で久しぶりに会えることになっていた両親と幼なじみの従妹は、諸事情で到着が遅れていた。翌朝、到着した父親の刀夜たち。......だったのだが、なぜか母親の詩菜はインデックスで、従妹の乙姫は美琴の姿をしていた。どんなたちの悪いいたずらだよ!と憤る上条だったが、どうやら、世界的に「人間の外見と中身が入れ替わってしまう」現象が起きているようだった。そんな上条の前に、赤い外套を着た奇妙なシスターが現れる――。