関係していた研究機関は全て稼働を停止し、『実験』を中止に追い込むという自分の目的は達せられた。孤独な戦いを終えて、ついに日常へと戻った美琴の前に、ツンツン髪の少年、上条当麻が姿を現す。なにかと絡んできてはやりあっていたはずなのに、その事実を覚えていない上条にキレる美琴。自分を慕う後輩の黒子が乱入してきての大騒ぎが始まる――。以前と変わらぬ、日常の空気に安心しかけた美琴の前に現れたのは、『妹達』。自分がとどめを刺したはずの『実験』は、依然として継続されている。愕然とする美琴に、さらに驚愕の事実が立ちはだかる――。