プロジェクトで管理するのであれば良いのですが、場合によってはブランチ毎に個別に管理したい時もあります。ブランチとは区別して管理したいと思うようになりました。対象とするブランチを絞る事で対応するようです。この場合でも意図した動作になるように設定するのは意外と難しく、最終的には以下のような形になりました。(AppVeyor.Chrome.yml)。ブランチのみを対象とするように記述する。項目に対応するブランチの設定ファイル名をそれぞれ入力する。