完成させた復活液で、霊長類最強の男・獅子王司の石化を解いた、千空と大樹。司は「純粋な若者だけを復活させて、人類を浄化する」という過激な思想を千空に語り、石化した大人を破壊し始める。危険を感じた千空は、幼馴染の杠を復活させ、今すぐこの場から離れる、もしくは3人で司の破壊を止めようと考える。司の元を離れ、箱根までやって来た千空たち。最強の武力を持つ司に対抗する為、〝火薬〟を手に入れたい千空は、箱根で必要な素材を集め、急いで火薬作りを開始する。そんな中、千空たちは、遠くで狼煙が上がっているのを発見する!このストーンワールドに自分たち以外の人間がいる事を確信した千空は、司に見つかるリスクを負いながらも合図を送るが......。箱根の森で、遠くに狼煙を発見した千空たち。狼煙の相手と出会う前に、追いかけて来た司に見つかってしまう。杠を人質に取られた千空は、復活液のレシピを教え、「科学を捨てる」という司の取引を受け入れる事が出来ずに殺されてしまう。人類が石化して数千年後のある日。一人で石化から目覚めた千空は、文明が全て消えた世界でサバイバル生活をスタートさせる。最低限度の衣食住を確保し、体力ゲージの限界を迎えていた千空は、体力バカの親友・大樹の石像を見つけ出し、復活させようと試みる。司に殺された千空を抱えた大樹と杠も、千空との約束を信じ、蘇生を試みるのだった。大樹たちと別れ、謎の少女・コハクと出会った千空は、コハクたちが暮らす村へと案内される。このストーンワールドで、沢山の人間が生活する光景を目撃し、驚く千空。コハクの姉で村の巫女・ルリが、病に侵されている事を知った千空は、コハクとクロムに、科学の万能薬〝サルファ剤〟を作ると宣言!村の少女・スイカも協力し、早速、サルファ剤に辿り着く為の、壮大なロードマップを歩み始める!ところが、千空たちは、ロードマップの一歩目〝製鉄〟で早々に壁にぶち当たってしまい、科学のグルメでマンパワーを集めようと企む。ルリの病を治す為、万能薬・サルファ剤作りをスタートさせた千空たち。製鉄に必要なマンパワーを集める為、科学のグルメ〝ねこじゃらしラーメン〟を作り出し、村人たちの胃袋を掴む事に成功する。そんな中、千空たちの前にペラッペラの怪しい男・あさぎりゲンが現れる!司帝国のスパイであるゲンを警戒しつつ、サルファ剤作りを進める千空は、村に〝発電所〟を作ると言い出して......。サルファ剤作りを進める千空たちの前に、突如現れた司帝国のスパイ・あさぎりゲン。ペラの薄いトークで、本性が見えないゲンの動向を気にしつつも、千空たちは鉄を作り、遂に電気までも手に入れた。そんな中、村でゲンが何者かに襲撃されるという事件が起きる!千空たちが犯人を見つけようとする中、ゲンは姿を消してしまい......。司に「千空は死んでいた」と嘘の報告をし、千空とコーラで同盟を結んだゲン。コハクたちも、ルリを救う為、村の御前試合に出場し、マグマから優勝を奪うことを計画する。職人のカセキを仲間に引き入れ、科学王国にラボを作った千空。ゲットする為、銀狼たちと一緒に森の奥地に視察へと繰り出す。自然界で危険度MAXの硫酸採集で、毒ガスの怖さを目の当たりにした銀狼は、恐怖でビビりまくってしまう。洞窟探検でクロム、マグマと力を合わせ、大量のタングステンをゲットした千空。必要な素材も全て揃い、ここから一気にケータイ作りのロードマップを進めていく!長の千空を中心に、クロムが過熱チームを任され、カセキは真空管作りを任される。中学の校門前で挙動不審な動きをする女の子が1人......。今日からここに通う新1年生。「本庄さんと下校したい。本庄さんと下校したい......」願望が口から漏れちゃってる、ぼっち。「あなたをずっと、探してました。今日の残念は、うっかりランドセルを背負って登校してしまったこと。「熱、出ろー!」どおしても学校を休みたい、ぼっち。拳を握って力をためてみたり、水でシャワーを浴びてみたり......。「世の中は、世知辛い」本日、7月19日。クラス全員と友達に......なれてません。外国人ソトカは2学期になっても輝いてて、手作り手裏剣もすごい人気。調理実習の班分けで、なこやソトカと別の班になっちゃったぼっち。今日のぼっちは“つよぼっち”。班のみんなに話しかけ......れない。今日のぼっちは、“スーパー強つよぼっち”。これでぼっちもスマホたぷたぷグループの仲間入り。このアドバイスで、まずはスマホに挨拶。幼馴染の杠に、長年片想いし続けている高校生の大樹。親友の千空にからかわれつつも、ついに杠への想いを告げようとしたその時、突如、空がまばゆい光で覆われ、世界中の人類が一瞬にして全て〝石化〟してしまう謎の現象が起こる......!!それから約3700年後――。文明が全て消えたストーンワールドで、石化から解放された大樹。ある日、世界中の人類が一瞬にして全て石化してしまう謎の現象が起こる......!それから約3700年後の世界で目覚めた千空と大樹は、文明が全て消えたストーンワールドで何度も実験を繰り返し、遂に石化を解く〝復活液〟を完成させた。銀狼の決死の救出により、何とか最難関素材・硫酸をゲットした千空たち。必要な素材をほとんど手に入れ、ラボでのサルファ剤作りを一気に進めていく。そんな中、御前試合の優勝者には、サルファ剤に必要な最後の素材、酒が振る舞われる事を知った千空。銀狼と八百長試合を計画し、参加することに。始まった村の御前試合。優勝者に振る舞われる酒をゲットする為、八百長試合を計画する千空たちだったが、トーナメントは第一試合から波乱の幕開け。金狼vsマグマの最強対決となってしまった!仲間を思う強い気持ちで、マグマを圧倒する金狼だが、マグマとマントルの卑怯な手口にハマってしまう。準決勝で強敵・マグマを撃破したのは、ボロボロになりながらも科学の力を信じで戦ったクロムだった。完成したサルファ剤によって、病からの復活を遂げたルリ。娘の命を救った事でコクヨウからも認められ、千空は村の長となった。巫女であるルリから、この村に代々受け継がれている百物語・其之100『石神千空』が語られる。それは、今から約3700年前、宇宙飛行士で千空の父・百夜が、仲間たちと宇宙に旅立つところから始まっていた――。村の巫女、ルリによって語られる百物語。この村はかつて、宇宙飛行士である千空の父・百夜が作ったものだった......!石化現象が起きた瞬間、宇宙ステーションにいた百夜たち6人の宇宙飛行士は、人類石化の原因を探るべく、地球へ戻る決意をする。そこには過酷なサバイバルが待ち受けていた。数千年の時を超えて、百夜からのメッセージを受け取った千空。村では新しい長の誕生を祝い、宴が始まっていた。そんな中、千空たちは、かつて司帝国のスパイだったゲンから、司軍が攻め入って来る事を聞かされる。