mailedit電顕で撮影した画像を次々処理したいということでツールを作ってみたコンセプトはwebインターフェース画像保存場所とrelionらで処理する場所、パラメータを定義して実行ボタンを押下すればバックグラウンドで保存場所をwatchします。そこに画像ファイルが来ればrelionにpbs経由で処理を回します。その間、ブラウザは閉じても構いません。測定が終わったらバックグラウンドのジョブを停止することが必要です。Classificationを実行しますこれも同じくバックグラウンドで処理をするので、設定したらブラウザを閉じても構いません。qsubに投げているので終わったらメールでお知らせも可能ですグラフ表示ctf後の「micrographs_ctf.star」から「_rlnCtfMaxResolution」値でグラフ・表が表示できます。右クリックしてメニュー操作すると下記のような画面が表示されて、Gautomatch、RelionLoG、crYOLOらによる粒子のpickができる。(各pickツールのパラメーターを調整しつつ粒子のpick具合を繰り返し確認できます)パラメータを調整しながら何度でも条件検討が行えます。使用するpickツールとそのパラメータが決まったら、いくつまで粒子を集めるかを指定します。Classificationが行われます。Classificationも行えます。表現としてありかは微妙ですが、下記は横軸にclass、縦軸をiterとしてます。†httpdを再起動すると逐次処理が終了するプロセス的には離れているのだが....8kイメージだと逐次処理が滞るrelionMotionCorrectionに時間を要する。3Dの画像が表示されるとかしようかと*ジョブの発行機能は持たせないつもり。表示と逐次処理をメインにしたい。以降の作業はRelionの画面で行うのがいい。使い勝手もいいしねdhtmlxEnterpriseLicense機能抜き版をオープンソースに需要が微妙だけど、オープンソースにします。現状dhtmlxEnterpriseLicenseが入ってますので、それを除いてdhtmlxGNUGPLライセンスで使えるようにする必要がある。こちらはsiloのソースを出して、受けて側がdhtmlxを用意頂ければいいかなと。ソースの提供方法ですが、、、問い合わせがあれば渡します。問い合わせ先はこのサイトのトップページに書いてます。†web画面のボタンをポチッと押せば、それが全体のトリガーとなるのだが、より細かい内容を明記すると「ポチッ」と押下した後、特定のフォルダを監視します。「CLOSE_WRITE,CLOSE」を確認して、ジョブコントロール(PBSpro)へ処理を流します。「未処理のファイルがあったら実行する」内容になっている(relionの「--only_do_unfinished」を活用)初回は、届いたファイルのみを処理するであろうが、二回目のジョブはそれまで届いたファイルを処理します。なると余分なジョブが発生してしまうが、それを抑えるために、ジョブ発行数は6本までとかに制限しています。電顕から届くファイルはLinuxファイルシステムに置く必要がある。監視ができるかと思ったのだが、無理でした。同様にwindows共有で提供して、linux側からsmbmount(cifsmount)しても駄目だった..この場合、linux側でsmb共有フォルダを用意して、そこにwindows側が書き込めば大丈夫となった。参照inotify-tools/WindowsPC(1909)この部分に修正を加えた。発行させるようにした。inotify-toolsを使ったトリガーには変更ないが、windows側にあるファイルをsilo側でrsyncを使って持ってこさせた。転送アプリを使わなくても大丈夫。次のイメージファイルが届く前に計算を終えさせる必要がある。relion謹製MotionCorrで4k,8kでの計算時間を調べてみた。十分に間に合いそうである。