2013年8月、国から交付された研究費を巡り、元部長ら6人が業者との架空取引で計784万円を不正にプールしていたと発表した。6人は2007年10月~10年4月、東京都目黒区の業者に物品を計24回発注したように装い、業者に金をプールしていた。経理書類が廃棄された06年度以前にも、業者に1229万円が不正に預けられた疑いもあるという。会計検査院から元部長等の預け金が不適正経理として公表され[10]、外部調査委員会を設置して調べていた[11]。2015年6月、所内パソコンがマルウェアに感染していたことが判明した[12]。日本語版を作成している。共同研究で実施している[13][14]。センターと生物剤検知システム分野における研究協力に関する取決めを締結している[15]。食品の安全性研究について食品中のアクリルアミド問題や福島第一原発事故の放射能問題などにも取り組み、情報発信を行っている[16][17]。ら)がアガリクスについて調査したところ、キリンウェルフーズが販売する「キリン細胞壁破砕アガリクス顆粒」に発癌促進作用があることが判明した。販売の可否を諮問した[18]。キリンウェルフーズも厚生労働省の要請を受け入れ、当該商品の販売を停止し消費者から商品の回収を行った。