母親の死をきっかけに、両親の故郷に引っ越してきた小学5年生の宮ノ下(みやのした)さつきと、弟で1年生の敬一郎(けいいちろう)は両親も通ったという「天の川小学校」に転入することになった。転入初日、名高い心霊スポットで今は使われていない旧校舎に、ふとしたきっかけで足を踏み入れてしまったさつきたちは、そこで母親の日記を発見する。それには昔、母親が「霊眠(成仏させ封じ込める事)」させた幽霊や妖怪のことが記されていた。さつきたちは、解放され人間を襲い始めた妖怪たちをこの「オバケ日記」を元に再び霊眠させなければならなくなったが...。