Mtb72f融合タンパク質をコードする核酸、またはMtb72f融合タンパク質もしくはその免疫原性断片を、例えばアジュバントと共に含んでなる医薬組成物の投与。結核は、結核菌および他のマイコバクテリア属(Mycobacterium)の種の感染によって引き起こされる慢性感染症である。それは開発途上国における主要な疾患であり、そしてもちろん世界の先進地域においても高まりつつある問題であり、毎年約8百万の新規症例および3百万の死がもたらされている。該感染は、かなりの期間、無症候性であることがあるが、最も一般的には、該疾患は急性肺炎として現れ、発熱および乾性咳嗽を生じる。治療しないと、典型的に重大な合併症および死にいたる。結核は、一般に、長期の抗生物質治療を使用して抑制できるが、そのような治療は該疾患の伝播を防ぐために十分でない。感染個体は、ある期間、無症候性であるが伝染性であることがある。治療レジメンのコンプライアンスが重要であるが、患者の行動をモニターすることが困難である。治療過程を完了しない患者があり、その結果、治療が無効になり、薬物耐性が発生しうる。全治療過程を完了した場合でさえ、結核菌の感染は感染個体から根絶されず、潜伏感染として残り、それは再活性化しうる。結核の伝播を抑制するために、有効なワクチン接種および疾患の正確な早期診断が最も重要である。現在、生細菌でのワクチン接種が、防御免疫を誘発するための最も有効な方法である。bovisの弱毒性株であるカルメット・ゲラン桿菌(BCG)である。BCGの安全性および効力は論議の種であり、いくつかの国、例えば米国は、一般の人々にこの物質をワクチン接種しない。結核の診断は、一般に、皮膚検査を使用して達成され、その検査は、ツベルクリンPPD(タンパク質精製誘導体)に対する皮内曝露を伴う。抗原特異的T細胞応答によって、注射後48〜72時間までに注射部位で測定可能な硬化が生じ、マイコバクテリア抗原に対する曝露が示される。この検査に関して、感度および特異性が問題となっており、BCGでワクチン接種された個体は感染個体と識別することができない。【0006】マクロファージがマイコバクテリウム免疫の主要なエフェクターとして機能することが示されている一方、T細胞は該免疫の最も重要な誘導因子である。マイコバクテリウム感染に対する防御におけるT細胞の必須の役割は、マイコバクテリウム感染がAIDS患者において頻繁に出現することによって説明される。それは、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)感染と関連するCD4+T細胞の枯渇に起因する。マイコバクテリウム反応性CD4+T細胞は、γ−インターフェロン(IFN−γ)の強力な生産者であることが示されていて、γ−インターフェロンは、次いで、マウスにおけるマクロファージの抗マイコバクテリア効果を惹起することが示されている。ヒトにおけるIFN−γの役割は明らかではないが、研究では、1,25−ジヒドロキシ−ビタミンD3が、単独で、あるいはIFN−γまたは腫瘍壊死因子−αとの組み合わせで、ヒトマクロファージを活性化させて、結核菌感染を阻害することが示されている。IFN−γがヒトマクロファージを刺激して、1,25−ジヒドロキシ−ビタミンD3を生成させることが知られている。同様に、インターロイキン−12(IL−12)は、結核菌感染に対する抵抗性を刺激することに役割を果たすことが示されている。tuberculosis)感染の再活性化を防止するための有効な治療ストラテジーに関する必要性が依然として存在する。本発明は、この必要性および他の必要性を満たす。配列番号1:N末端の6Hisタグを有するMtb72f(DNA)。配列番号2:N末端の6Hisタグを有するMtb72f(タンパク質)。配列番号3:N末端の2His挿入物を有するM72(Mtb72fの変異体)(DNA)。配列番号4:N末端の2His挿入物を有するM72(Mtb72fの変異体)(タンパク質)。配列番号5:N末端のHis挿入物を有さないMtb72f(DNA)。配列番号6:N末端のHis挿入物を有さないMtb72f(タンパク質)。本発明は、結核菌群のマイコバクテリア属の種に由来するMtb72f融合タンパク質またはその免疫原性断片を、例えば1以上のアジュバントと共に含んでなる医薬組成物を提供する。該アジュバントには、AS01BおよびAS02Aが含まれる。本発明は、Mtb72f融合タンパク質またはその免疫原性断片を、例えば1以上のアジュバントと共に投与するか、あるいはMtb72f融合タンパク質またはその免疫原性断片をコードする核酸を投与すると、活性または不活性な結核菌感染の再活性化を予防または治療できるという発明者らの発見に部分的に基づく。好ましい実施形態では、Mtb72f融合タンパク質または核酸を、結核菌感染に対して有効な1以上の化学療法剤と共に投与する。一態様では、被験体での結核の再活性化を予防または治療するための方法であって、既に結核菌に感染している哺乳動物に、結核菌群のマイコバクテリア属の種に由来するMtb72f融合タンパク質またはその免疫原性断片およびアジュバントを含んでなる免疫学的に有効な量の医薬組成物を投与するステップを含む方法において前記組成物を使用し、その場合、該Mtb72f融合タンパク質は結核菌に対する免疫応答を誘導することにより、結核の再活性化を予防または治療する。別の態様では、被験体での結核の再活性化を防止するための方法であって、既に結核菌に感染している哺乳動物に、結核菌群のマイコバクテリア属の種に由来するMtb72f融合タンパク質またはその免疫原性断片をコードする核酸を含んでなる免疫学的に有効な量の医薬組成物を投与するステップを含む方法において前記組成物を使用し、その場合、発現されたMtb72f融合タンパク質は結核菌に対する免疫応答を誘導することにより、結核の再活性化を予防または治療する。別の態様では、結核菌感染に対する化学療法の期間を減少させるための方法であって、既に結核菌に感染している哺乳動物に、結核菌感染に対して有効な1以上の化学療法剤および、結核菌群のマイコバクテリア属の種に由来するMtb72f融合タンパク質またはその免疫原性断片およびアジュバントを含んでなる免疫学的に有効な量の医薬組成物を投与するステップを含む方法において前記組成物を使用し、その場合、該Mtb72f融合タンパク質またはその免疫原性断片は結核菌に対する免疫応答を誘導することにより、結核菌感染に対する化学療法の期間を減少させることが可能である。結核菌感染に対する化学療法の期間を短縮することによって、本方法は、結核菌感染に関する治療対象の個体が全治療過程を完了するコンプライアンスの向上に有効でもある。Websterマウス(SWR/J)における結核菌の再活性化モデルを図示する。load)/コロニー形成単位(CFU)の算出の時点を示す。【図2】図2は、化学療法で処置された後、Mtb72fで免疫化された結核菌感染SWR/JマウスにおけるIgG1およびIgG2a抗体応答免疫応答を示す。マウスは、無処置のままか、化学療法(飲料水1リットルあたりリファンピン50mg/イソニアジド85mg)で処置するか、あるいは化学療法で処置し、かつアジュバントを伴わずに製剤化された用量あたり8μgのMtb72fで筋肉内に3回免疫化した。最後の免疫化の10日後にマウスから採血し、血清を、IgG1(赤色)およびIgG2a(黒色)同位体の両者に関する抗Mtb72f抗体応答に関してELISAによって試験した。【図3】図3は、化学療法で処置された後、Mtb72fで免疫化された結核菌感染SWR/JマウスにおけるIgG1およびIgG2a抗体応答免疫応答を示す。マウスは、無処置のままか、化学療法(飲料水1リットルあたりリファンピン50mg/イソニアジド85mg)で処置するか、あるいは化学療法で処置し、かつアジュバントAS01Bと共に製剤化された用量あたり8μgのMtb72fで筋肉内に3回免疫化した。最後の免疫化の10日後にマウスから採血し、血清を、IgG1(赤色)およびIgG2a(黒色)同位体の両者に関する抗Mtb72f抗体応答に関してELISAによって試験した。【図4】図4は、化学療法で処置された後、Mtb72fで免疫化された結核菌感染SWR/Jマウスにおけるインターフェロン−γ(IFN−γ)応答を示す。vitroで10μg/mlのrMtb72fまたは構成要素(Mtb32CおよびMtb39)で3日間刺激した。対照として、PPD(3μg/ml)、BCG溶解物(10μg/ml)、conA(3μg/ml)または培地のみでも脾細胞培養物を刺激した。ELISAによってIFN−γ生産を測定した。【図5】図5は、化学療法で処置された後、Mtb72fで免疫化された結核菌感染SWR/JマウスにおけるIFN−γ応答を示す。vitroで10μg/mlのrMtb72fまたは構成要素(Mtb32CおよびMtb39)で3日間刺激した。対照として、PPD(3μg/ml)、BCG溶解物(10μg/ml)、conA(3μg/ml)または培地のみでも脾細胞培養物を刺激した。ELISAによってIFN−γ生産を測定した。【図6A】図6は、化学療法で処置された後、Mtb72fで免疫化された結核菌感染SWR/JマウスにおけるCD4+T細胞およびIFN−γサイトカイン応答を示す。vitroで一晩、10μg/mlのrMtb72fで刺激した。その細胞をCD4およびIFN−γに関して染色した。対照として、脾細胞培養物を培地のみでも刺激した。CD4+T細胞特異的IFN−γ+生産を細胞内サイトカイン染色(ICS)によって測定した。【図6B】図6は、化学療法で処置された後、Mtb72fで免疫化された結核菌感染SWR/JマウスにおけるCD4+T細胞およびIFN−γサイトカイン応答を示す。vitroで一晩、10μg/mlのrMtb72fで刺激した。その細胞をCD4およびIFN−γに関して染色した。対照として、脾細胞培養物を培地のみでも刺激した。CD4+T細胞特異的IFN−γ+生産を細胞内サイトカイン染色(ICS)によって測定した。【図7】図7は、Mtb感染後120日の時点でのCD4+およびCD8+T細胞特異的IFN−γ+生産の値についての表形式の概要を示す。無処置のままか、30日間、60日間もしくは90日間の併用化学療法で処置、またはMtb72fワクチンの補助療法として併用化学療法で処置されたマウスの群から脾臓細胞を取得した。vitroで一晩、10μg/mlのrMtb72fで刺激した。その細胞をCD4、CD8またはIFN−γに関して染色した。対照として、脾細胞培養物を培地のみでも刺激した。CD4+およびCD8+T細胞特異的IFN−γ+生産を細胞内サイトカイン染色によって測定した。【図8】図8は、化学療法で処置された後、Mtb72fで免疫化された結核菌感染SWR/Jマウスの生存率を示す。50〜100CFUのMtbH37Rvを含むエアロゾルでマウスを感染させ、30日後、一部のマウスにおいて化学療法(飲料水1リットルあたりリファンピン50mg/イソニアジド85mg)を開始した。化学療法は60日間継続した。化学療法を受けたマウスの半数を、アジュバントAS01Bと共に製剤化された用量あたり8μgのMtb72fで筋肉内に3回免疫化した。【図9】図9は、化学療法で処置された後、Mtb72fで免疫化された結核菌感染SWR/Jマウスの生存率を示す。50〜100CFUのMtbH37Rvを含むエアロゾルでマウスを感染させ、30日後、一部のマウスにおいて化学療法(飲料水1リットルあたりリファンピン50mg/イソニアジド85mg)を開始した。別々の群のマウスにおいて30日間、60日間または90日間、化学療法を継続した。化学療法を受けたマウスの半数を、アジュバントAS01Bと共に製剤化された用量あたり8μgのMtb72fで筋肉内に3回免疫化した。本発明は、活性または不活性な(すなわち潜伏性の)マイコバクテリウム感染の再活性化を治療するか、予防するか、あるいは遅延させるために有用なMtb72f核酸または融合タンパク質およびアジュバントを含んでなる組成物、ならびにそれらの使用のための方法に関する。2005)を参照のこと)。本出願の発明者らは、驚くべきことに、Mtb72f融合ポリペプチドまたはMtb72f融合ポリペプチドをコードする核酸、またはその免疫原性断片を含んでなる組成物が、結核菌感染の再活性化を治療し、予防し、あるいは遅延させるのに有用であることを発見した。好ましい実施形態では、Mtb72f融合ポリペプチドまたは核酸を1以上の化学療法剤と共に投与する。したがって、これらの組成物、ポリペプチド、およびそれらをコードする核酸は、哺乳動物において、疾患症状の再活性化に対して防御性である免疫応答を誘発するために有用である。本発明のMtb72f核酸および融合ポリペプチドは、それらの抗原性を増強し、あるいは他の態様におけるこれらの抗原を改善するように設計された他の成分をさらに含みうる。該抗原の一端に対して一続きのヒスチジン残基を付加することによって、該融合ポリペプチド抗原の単離の改善を促してよい。本発明の組成物、ポリペプチド、および核酸は、追加コピーの抗原、すなわちマイコバクテリア属の種に由来する追加の異種性ポリペプチド、例えばMTB8.4抗原、MTB9.8抗原、MTB9.9抗原、MTB40抗原、MTB41抗原、ESAT−6抗原、MTB85複合抗原、α−結晶性抗原、またはNS1抗原を含みうる。本発明の組成物、ポリペプチド、および核酸は、マイコバクテリア属の種に由来する他の抗原の追加のコピー、例えばAg85BまたはMTCC#2を含みうる。本発明の組成物、ポリペプチド、および核酸は、また、他の供給源に由来する追加のポリペプチドを含みうる。本発明の組成物および融合タンパク質には、ポリペプチドまたはポリペプチドをコードする核酸が含まれうる。該ポリペプチドは、抗原、例えばNS1、インフルエンザウイルスタンパク質の発現を増強するものである(例えばWO99/40188およびWO93/04175を参照のこと)。本発明の核酸は、選択された生物種、例えばヒトにおけるコドン優先度に基づいて遺伝子操作することができる。Aおよびその成分、例えばQS21およびサポニン模倣物;CWS;TDM;AGP;免疫賦活性オリゴヌクレオチド(oligonucleoptides)、例えばCPG;Leif;およびその誘導体を含む。好ましい実施形態では、リポソーム製剤中の3D−MPLおよびQS21、例えばAS01BおよびMPLおよびQS21および水中油型エマルジョン(例えばAS02A)からなる群から選択される1以上のアジュバントと共にMtb72f融合ポリペプチドを投与する。22:3831-40にさらに記載されている。lactis)中で送達することができる。一態様では、被験体での結核の再活性化を予防または治療するための方法であって、既に結核菌に感染している哺乳動物に、結核菌群のマイコバクテリア属の種に由来するMtb72f融合タンパク質またはその免疫原性断片およびアジュバントを含んでなる免疫学的に有効な量の医薬組成物を投与するステップを含む方法において前記組成物を使用し、その場合、該Mtb72f融合タンパク質は結核菌に対する免疫応答を誘導することにより、結核の再活性化を防止する。本発明の方法を実施することによって、結核菌感染の再活性化を遅延させることができる(例えば数か月、数年の期間または無期限に)。一態様では、被験体での結核の再活性化を予防または治療するための方法であって、既に結核菌に感染している哺乳動物に、結核菌群のマイコバクテリア属の種に由来するMtb72f融合タンパク質またはその免疫原性断片をコードする核酸を含んでなる免疫学的に有効な量の医薬組成物を投与するステップを含む方法において前記組成物を使用し、その場合、発現されたMtb72f融合タンパク質は結核菌に対する免疫応答を誘導することにより、結核の再活性化を防止する。一実施形態では、活発な結核菌感染を有する個体にMtb72f核酸または融合タンパク質を投与する。一実施形態では、不活性すなわち潜伏性の結核菌感染を有する個体にMtb72f核酸または融合タンパク質を投与する。一実施形態では、結核菌の多剤耐性株に感染している個体にMtb72f核酸または融合タンパク質を投与する。一実施形態では、以前にカルメット・ゲラン桿菌(BCG)で免疫化されている個体にMtb72f核酸または融合タンパク質を投与する。【0028】いくつかの実施形態では、Mtb72f核酸または融合タンパク質を、結核菌感染に対して有効な1以上の化学療法剤と共に投与する。そのような化学療法剤の例には、非限定的に、アミカシン、アミノサリチル酸、カプレオマイシン、サイクロセリン、エタンブトール、エチオナミド、イソニアジド、カナマイシン、ピラチナミド、リファマイシン(すなわちリファンピン、リファペンチンおよびリファブチン)、ストレプトマイシン、オフロキサシン、シプロフロキサシン、クラリスロマイシン、アジスロマイシンおよびフルオロキノロンが含まれる。そのような化学療法は、好ましい薬物の組み合わせを使用するよう担当医の判断によって決定される。薬剤耐性でない結核菌感染を治療するために使用される「第一選択」の化学療法剤には、イソニアジド、リファンピン、エタンブトール、ストレプトマイシンおよびピラチナミドが含まれる。1以上の「第一選択」の薬物に対して薬剤耐性を示している結核菌感染を治療するために使用される「第二選択」の化学療法剤には、オフロキサシン、シプロフロキサシン、エチオナミド、アミノサリチル酸、サイクロセリン、アミカシン、カナマイシンおよびカプレオマイシンが含まれる。【0029】Mtb72f核酸または融合タンパク質は、結核菌感染に対して有効な1以上の化学療法剤の投与前に、その投与と同時に、あるいはその投与後に投与することができる。一実施形態では、1以上の化学療法剤の投与を開始した約2週間後にMtb72f核酸または融合タンパク質を投与する。1以上の化学療法剤を、一般に、例えば約1週間、2週間、3週間、または4週間、2ヵ月間、3ヵ月間、4ヵ月間、5ヵ月間、6ヵ月間、または8ヵ月間、1年間またはそれ以上の期間にわたって投与する。特定の実施形態では、カルメット・ゲラン桿菌(BCG)を投与することによってMtb72f核酸または融合タンパク質の効果を増強する。【0031】いくつかの実施形態では、Mtb72f核酸または融合ポリペプチドの初回免疫すなわち最初の投与に続いて、Mtb72f核酸または融合ポリペプチドの1回以上の「追加免疫」すなわち後の投与を行う(「初回免疫および追加免疫」法)。Mtb72f核酸または融合ポリペプチドでの最初の投与に続いて、Mtb72f核酸または融合タンパク質の1回以上の後の投与を行う。一実施形態では、Mtb72f核酸または融合ポリペプチドでの最初の投与に続いて、Mtb72f融合ポリペプチドの1回以上の後の投与を行う。一実施形態では、Mtb72f核酸または融合ポリペプチドでの最初の投与に続いて、Mtb72f核酸の1回以上の後の投与を行う。通常、最初の、すなわち「初回免疫」の投与および次の、すなわち「追加免疫」の投与は、約2〜12週間をあけて、あるいは4〜6か月までの期間をあけて行う。その後の「追加免疫」投与は約6か月をあけて、あるいは1、2、3、4または5年もの長期間をあけて行う。慣用の追加免疫処置(例えばタンパク質初回免疫投与、その後のタンパク質追加免疫投与)は、また、結核菌の再活性化に対する予防または治療において有用である。別の態様では、結核菌感染に対する化学療法の期間を減少させるか、あるいは短縮するための方法であって、既に結核菌に感染している哺乳動物に、結核菌感染に対して有効な1以上の化学療法剤、ならびに結核菌群のマイコバクテリア属の種に由来するMtb72f融合ポリペプチドまたはその免疫原性断片およびアジュバントを含んでなる免疫学的に有効な量の医薬組成物を投与するステップを含む方法において前記組成物を使用し、その場合、該Mtb72f融合ポリペプチドは結核菌に対する免疫応答を誘導することにより、結核菌感染に対する化学療法の期間を減少させるか、あるいは短縮することが可能である。通常、Mtb72f核酸または融合ポリペプチドの投与により、6か月、5か月、4か月、3か月、またはそれ未満以内に結核菌感染に対する有効な化学療法処置が可能になる。該Mtb72f組成物は、通常、ヒトに投与するが、他の哺乳動物においても有効であり、該哺乳動物には、家畜哺乳動物(すなわちイヌ、ネコ、ウサギ、ラット、マウス、モルモット、ハムスター、チンチラ)および農業用哺乳動物(すなわちウシ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、ウマ)が含まれる。【0034】その最も一般的な関連において、本発明のMtb72f融合タンパク質は、3抗原Ra12−TbH9−Ra35のそれぞれの少なくとも免疫原性断片を含むタンパク質である。本出願の命名法では、Ra35とは、Mtb32A(Ra35FL)のN末端を表し、それは少なくとも結核菌に由来するMtb32Aの最初の約205アミノ酸を含み、そのヌクレオチドおよびアミノ酸配列は米国特許出願第09/597,796号の図4に開示され、あるいは別のマイコバクテリア属の種に由来する対応する領域である。典型的には、Ra35とは、本出願で開示される配列番号2の残基535−729に対応する部分を表す。それは、配列番号2の710位に対応するアミノ酸SerがAlaに置換されているRa35に関する変異体を表す。【0036】Ra12とは、Mtb32A(Ra35FL)のC末端を表し、それは少なくとも結核菌に由来するMTB32Aの最後の約132アミノ酸を含み、その配列は米国特許出願第09/072,967号の配列番号4(DNA)および配列番号66(予測されるアミノ酸配列)として開示され、あるいは別のマイコバクテリア属の種に由来する対応する領域である。典型的には、Ra12とは、本出願で開示される配列番号2の残基8−139に対応する部分を表す。【0037】Mtb39(TbH9)とは、基本的には、米国特許出願第08/658,800号、第08/659,683号、同第08/818,112号、および同第08/818,111号ならびにWO97/09428およびWO97/09429に配列番号106(完全長cDNA)および配列番号107(完全長タンパク質)として開示されている配列を表す。該配列は、米国特許出願第09/056,559号の配列番号33(DNA)および配列番号91(アミノ酸)としても開示されている。典型的には、TbH9とは、本出願で開示される配列番号2の残基143−532に対応する部分を表す。以下に、本発明の組成物および融合タンパク質中で使用されるいくつかの個別の抗原の配列を提供する。【0039】Mtb32A(TbRa35FLまたはRa35FL)。その配列は米国特許出願第08/523,436号、同第08/523,435号、同第08/658,800号、同第08/659,683号、同第08/818,112号、同第09/056,556号、および同第08/818,111号ならびにWO97/09428およびWO97/09429に配列番号17(cDNA)および配列番号79(タンパク質)として開示されている。(1999)を参照のこと。以下に、本発明のいくつかの融合タンパク質の配列を提供する。【0041】TbH9−Ra35(Mtb59F)。その配列は米国特許出願第09/287,849号およびPCT/US99/07717に配列番号23(cDNA)および配列番号24(タンパク質)として開示されている。【0042】Ra12−TbH9−Ra35(Mtb72f)。その配列は、本出願の配列番号1または配列番号5(DNA)および配列番号2または配列番号6(タンパク質)として、ならびに米国特許出願第09/223,040号、およびPCT/US99/07717に開示されている。配列番号1および配列番号2の配列には、6His残基のHisタグが含まれる。【0043】Mtb72fの突然変異体であるM72は、配列番号2の710位に対応するアミノ酸におけるセリン残基がAlaに変更され(ならびに4His残基がN末端のHisタグから除去され)ていて、その配列は本出願において配列番号3(DNA)および配列番号4(タンパク質)として開示されている。タンパク質が6His残基のHisタグを有するこれらの配列に関する変異体が、米国特許出願第09/597,796号およびPCT/US01/19959に開示されている。Ser710がAlaに置換されているために、M72は自己融解に対してMtb72fより抵抗性であると考えられる。以下に、本発明の組成物および融合タンパク質中で使用されるいくつかの追加の抗原の配列を提供する。【0045】Mtb8.4(DPV)。その配列は米国特許出願第08/658,800号、同第08/659,683号、同第08/818,112号および同第08/818,111号ならびにWO97/09428およびWO97/09429に配列番号101(cDNA)および配列番号102(タンパク質)として開示されている。【0046】Mtb9.8(MSL)。その配列は米国特許出願第08/859,381号、同第08/858,998号、同第09/073,009号および同第09/073,010号ならびにPCT/US98/10407およびPCT/US98/10514に配列番号12(DNA)、配列番号109(予測されるアミノ酸配列)および配列番号110〜124(ペプチド)として開示されている。【0047】Mtb9.9A(MTI(MTI−Aとしても知られている))。その配列は米国特許出願第08/859,381号、同第08/858,998号、同第09/073,009号および同第09/073,010号ならびにPCT/US98/10407およびPCT/US98/10514に配列番号3および配列番号4(DNA)および配列番号29および配列番号51〜66(MTIのORFペプチド)として開示されている。2種の他のMTI変異体が存在し、MTI−BおよびMTI−Cと称される。【0048】Mtb40(HTCC#1)。その配列は米国特許出願第09/073,009号および同第09/073,010号ならびにPCT/US98/10407およびPCT/US98/10514に配列番号137(cDNA)および138(予測されるアミノ酸配列)として開示されている。【0049】Mtb41(MTCC#2)。その配列は米国特許出願第09/073,009号および同第09/073,010号ならびにPCT/US98/10407およびPCT/US98/10514出願に配列番号140(cDNA)および配列番号142(予測されるアミノ酸配列)として開示されている。【0050】ESAT−6。その配列は米国特許出願第09/072,967号の配列番号103(DNA)および配列番号104(予測されるアミノ酸配列)として開示されている。ESAT−6の配列は米国特許第5,955,077号にも開示されている。(1992)に開示されている。【0052】85複合抗原。(1991)に開示されている。(1998)にも開示されていて、例えばhttp://www.sanger.ac.ukおよびhttp:/www.pasteur.fr/mycdb/で見出すことができる。上記配列は米国特許出願第08/523,435号、同第08/523,436号、同第08/658,800号、同第08/659,683号、同第08/818,111号、同第08/818,112号、同第08/942,341号、同第08/942,578号、同第08/858,998号、同第08/859,381号、同第09/056,556号、同第09/072,596号、同第09/072,967号、同第09/073,009号、同第09/073,010号、同第09/223,040号、同第09/287,849号およびPCT特許出願PCT/US98/10407、PCT/US98/10514、PCT/US99/03265、PCT/US99/03268、PCT/US99/07717、WO97/09428およびWO97/09429、WO98/16645、WO98/16646に開示されている。各文献は参照により本明細書中に組み入れられる。本明細書中に記載の抗原には、多型変異体および保存的に改変された変異、ならびに株間および種間マイコバクテリウムホモログが含まれる。本明細書中に記載の抗原には、サブシークエンスまたはトランケート配列が含まれる。融合タンパク質は、追加のポリペプチド、場合によりマイコバクテリウムまたは他の供給源に由来する異種性ペプチドを含有してもよい。これらの抗原は、例えば以下に記載のリンカーペプチド配列を付加することによって改変してよい。これらのリンカーペプチドは、融合タンパク質の各々を構成する1以上の成分の間に挿入してよい。再活性化」とは、ツベルクリン検査で陽性と出るが見かけの疾患症状を有さない個体における疾患症状の後の発現を表す。該個体は結核菌に感染していて、結核が不活性すなわち潜伏期に入るように十分に治療されている活性な疾患症状を以前に示していてもいなくてもよい。結核の再活性化を予防または治療するための方法は、疾患の活発な症状を示す個体において開始することができる。「一次性結核」とは、結核菌感染に直接続く臨床疾病(疾患症状の発現)を表す。2005)を参照のこと。休眠性、不活性すなわち潜伏性の結核菌感染の再活性化を表す。Medicine(上記)を参照のこと。「結核菌の活発(活性)な感染」とは、顕性疾患症状を伴う結核菌感染を表す。「結核菌の不活性、休眠性すなわち潜伏性の感染」とは、顕性疾患症状を伴わない結核菌感染を表す。感染株が、結核菌感染の治療に有効な1以上のいわゆる「第一選択」の化学療法剤(例えばイソニアジド、リファンピン、エタンブトール、ストレプトマイシンおよびピラチナミド)によって、静的な状態にされたり、死滅させられたりしない(それらに耐性の)結核菌感染を表す。感染株が結核菌感染の治療に有効な2以上の「第一選択」の化学療法剤に耐性である結核菌感染を表す。「結核菌感染の治療に有効な化学療法剤」とは、当技術分野において公知でかつ結核菌感染の治療に使用されている薬理学的物質を表す。非限定的に、アミカシン、アミノサリチル酸、カプレオマイシン、サイクロセリン、エタンブトール、エチオナミド、イソニアジド、カナマイシン、ピラチナミド、リファマイシン(すなわちリファンピン、リファペンチンおよびリファブチン)、ストレプトマイシン、オフロキサシン、シプロフロキサシン、クラリスロマイシン、アジスロマイシンおよびフルオロキノロンが含まれる。薬剤耐性でない結核菌感染を治療するために使用される「第一選択」の化学療法剤には、イソニアジド、リファンピン、エタンブトール、ストレプトマイシンおよびピラチナミドが含まれる。1以上の「第一選択」の薬物に対して薬剤耐性を示している結核菌感染を治療するために使用される「第二選択」の化学療法剤には、オフロキサシン、シプロフロキサシン、エチオナミド、アミノサリチル酸、サイクロセリン、アミカシン、カナマイシンおよびカプレオマイシンが含まれる。48で概説されている。「FL」とは、完全長、すなわち野生型ポリペプチドと同じ長さのポリペプチドを表す。「Hisタグ」とは、N末端の、通常、開始Met残基の直後に挿入されているか、あるいはC末端に挿入されている一連のHis残基、典型的に6残基を表す。それらは、通常、天然配列に対して異種性であるが、それらは、固定化金属アフィニティークロマトグラフィー樹脂(IMAC)に対するタンパク質結合を向上させることによって単離を容易にするために組み込まれる。一般的に言えば、Hisタグの存在または不存在は、誘発対象の抗原タンパク質に対する有用な免疫応答を引き起こす観点からは重要でない。Hisタグ自体に対する有害な免疫反応が誘発されるといけないので、Hisタグの長さを最小に、例えば4以下の残基、特に2残基にすることが最良であると見なされる。用語「その免疫原性断片」とは、細胞障害性Tリンパ球、ヘルパーTリンパ球またはB細胞によって認識されるエピトープを含むポリペプチドを表す。典型的に、Mtb72fの免疫原性断片は、500以上のアミノ酸、例えば600以上のアミノ酸、例えば700以上のアミノ酸を含有するポリペプチドである。本発明は、また、Mtb72F融合タンパク質の配列の全体または実質的に全体(例えば500以上のアミノ酸、例えば600以上のアミノ酸、例えば700以上のアミノ酸)を一緒になってカバーする複数の断片、例えば重複断片を包含する。2005を参照のこと)。(1992)を参照のこと)。アジュバントはTh1型およびTh2型応答の免疫応答を誘発する。Th1型サイトカイン(例えばIFN−γ、IL−2、およびIL−12)は投与抗原に対する細胞性免疫応答の誘発に好都合である傾向があり、一方、Th2型サイトカイン(例えばIL−4、IL−5、IL−6、IL−10およびTNF−β)は体液性免疫応答の誘発に好都合である傾向がある。Th1細胞性免疫応答の優先的刺激が可能なアジュバントはWO94/00153およびWO95/17209に記載されている。「核酸」とは、一本鎖または二本鎖型のデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドおよびそのポリマーを表す。該用語は、公知のヌクレオチドアナログまたは改変された主鎖残基または結合を含有する核酸であって、合成の、天然に存在する、および非天然に存在するものであり、参照核酸と同様の結合特性を有し、かつ参照ヌクレオチドと同様の様式で代謝される核酸を包含する。そのようなアナログの例には、非限定的に、ホスホロチオアート、ホスホルアミダート、メチルホスホナート、キラルメチルホスホナート、2−O−メチルリボヌクレオチド、ペプチド核酸(PNA)が含まれる。指定しない限り、具体的核酸配列は、さらに、保存的に改変されたその変異体(例えば縮重コドン置換物)および相補的配列、ならびに明示的に記載されている配列を暗黙のうちに包含する。核酸という用語は、遺伝子、cDNA、mRNA、オリゴヌクレオチド、およびポリヌクレオチドと交換可能に使用される。用語「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」は本明細書中で交換可能に使用され、アミノ酸残基のポリマーを表す。該用語は、1以上のアミノ酸残基が、対応する天然に存在するアミノ酸の人工の化学的模倣物であるアミノ酸ポリマー、ならびに天然に存在するアミノ酸ポリマーおよび非天然に存在するアミノ酸ポリマーに適用される。用語「アミノ酸」とは、天然に存在するアミノ酸および合成アミノ酸、ならびに天然に存在するアミノ酸と同様の様式で機能するアミノ酸アナログおよびアミノ酸模倣物を表す。天然に存在するアミノ酸とは、遺伝暗号によってコードされるアミノ酸、ならびに後に改変されたそれらのアミノ酸、例えばヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタマート、およびO−ホスホセリンである。アミノ酸アナログとは、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造、すなわち水素、カルボキシル基、アミノ基、およびR基に結合しているα炭素を有する化合物を表し、例えばホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムである。そのようなアナログは改変されたR基(例えばノルロイシン)または改変されたペプチド主鎖を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造を保持する。アミノ酸模倣物とは、アミノ酸の一般的化学構造と異なる構造を有するが、天然に存在するアミノ酸と同様の様式で機能する化学物質を表す。Commissionによって推奨されるそれらの一般に知られている3文字記号または1文字記号によって言及されることがある。同様に、ヌクレオチドは、それらの一般に許容される1文字コードによって言及されることがある。「保存的に改変された変異体」は、アミノ酸および核酸配列の両者に適用される。特定の核酸配列に関して、保存的に改変された変異体とは、同一または本質的に同一のアミノ酸配列をコードする核酸を表すか、あるいは該核酸がアミノ酸配列をコードしない場合には、本質的に同一の配列を表す。遺伝暗号の縮重のせいで、多数の機能的に同一の核酸が任意の所定のタンパク質をコードする。コドンGCA、GCC、GCGおよびGCUはすべてアミノ酸アラニンをコードする。ゆえに、コドンによってアラニンが指定されるすべての位置で、該コドンは、対応する上記コドンのいずれかに改変することができ、コード対象のポリペプチドは変更されない。そのような核酸変異は「サイレント変異」であり、保存的に改変された変異の1種である。ポリペプチドをコードする本明細書中のすべての核酸配列は、該核酸のすべてのサイレント変異候補を同時に記載している。当業者は、核酸中の各コドン(通常メチオニンに関する唯一のコドンであるAUG、および通常トリプトファンに関する唯一のコドンであるTGGを除く)を改変して機能的に同一の分子を得ることができることを認識する。したがって、ポリペプチドをコードする核酸の各サイレント変異は、記載される各配列に暗黙のうちに含まれる。【0075】アミノ酸配列に関して、当業者は、コード配列中の単一のアミノ酸または少ないパーセンテージのアミノ酸を変更、付加または欠失する、核酸、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質配列の個々の置換、欠失または付加が「保存的に改変された変異体」であり、その場合、該改変は、化学的に類似のアミノ酸によるアミノ酸の置換を生じさせることを認識する。機能的に類似のアミノ酸を提供する同類置換表は当技術分野において周知である。そのような保存的に改変された変異体は、本発明の多型変異体、種間ホモログ、および対立遺伝子に追加されるものであり、それらを排除しない。(1984)を参照のこと)。用語「異種性」とは、核酸の部分に関して使用される場合、該核酸が、自然界で、互いに同一の関連性において見出されない2以上の部分配列を含むことを示す。該核酸は典型的に組換え生産され、新規の機能的核酸を作成するように配置された無関係の遺伝子に由来する2以上の配列、例えば1つの供給源に由来するプロモーターおよび別の供給源に由来するコード領域を有する。同様に、異種性タンパク質とは、該タンパク質が、自然界で、互いに同一の関連性において見出されない2以上の部分配列を含むこと(例えば融合タンパク質)を示す。「融合ポリペプチド」または「融合タンパク質」とは、直接またはアミノ酸リンカーを介して、共有結合によって連結された少なくとも2個の異種性のマイコバクテリア属の種のポリペプチドを有するタンパク質を表す。融合タンパク質を形成するポリペプチドは、典型的に、C末端からN末端に連結されるが、それらをC末端からC末端、N末端からN末端、またはN末端からC末端に連結することもできる。融合タンパク質のポリペプチドは任意の順序であってよい。(1998)に記載されている。該文献は結核菌ゲノム全体を開示している。結核菌の完全配列はhttp://www.sanger.ac.ukおよびhttp://www.pasteur.fr/mycdb/(MycDB)で見出すこともできる。結核菌抗原に対応する他のマイコバクテリア属の種に由来する抗原は、例えば本明細書中に記載の配列比較アルゴリズムまたは当業者に公知の他の方法、例えばハイブリダイゼーションアッセイおよび抗体結合アッセイを使用して特定することができる。本発明において有用な典型的なMtb72f融合タンパク質には以下のものが含まれる:配列番号2の配列の残基8−729を含むタンパク質;場合により該配列のHisタグ形成残基2−7を有さないか、あるいは異なる長さのHisタグを有する、配列番号2(=Mtb72f)の配列を含むか、あるいはそれからなるタンパク質;場合により該配列のHisタグ形成残基2−7を有さないか、あるいは異なる長さのHisタグを有する配列番号2の配列(例えば配列番号2の配列の残基8−729を含むタンパク質)を1以上の結核菌抗原、例えば上記段落[0045]〜[0052]に列挙される1以上のタンパク質、またはそれらのいずれかの免疫原性断片と共に含む融合タンパク質;配列番号4(=M72)の配列の残基4−725を含むタンパク質;場合により該配列のHisタグ形成残基2−3を有さないか、あるいは異なる長さのHisタグを有する、配列番号4(=M72)の配列を含むか、あるいはそれからなるタンパク質;および場合により該配列のHisタグ形成残基2−3を有さないか、あるいは異なる長さのHisタグを有する配列番号4の配列(例えば配列番号4の配列の残基4−725を含むタンパク質)を1以上の結核菌抗原、例えば上記段落[0045]〜[0052]に列挙される1以上のタンパク質、またはそれらのいずれかの免疫原性断片と共に含む融合タンパク質。本発明において有用な、Mtb72f融合タンパク質の典型的な免疫原性断片には以下のものが含まれる:TbH9−Ra35(Mtb59F);またはTbH9;またはRa35;またはRa12の配列を含むか、あるいはそれからなるタンパク質;および該配列を、1以上の結核菌抗原、例えば上記段落[0045]〜[0052]に列挙される1以上のタンパク質、またはそれらのいずれかの免疫原性断片と共に含む融合タンパク質。本発明において有用な、Mtb72f融合タンパク質の追加の典型的な免疫原性断片には以下のものが含まれる:配列番号2のSer710に対応する位置がAlaに変更されているTbH9−Ra35(Mtb59F)またはRa35の配列を含むか、あるいはそれからなるタンパク質;および該配列を、1以上の結核菌抗原、例えば上記段落[0045]〜[0052]に列挙される1以上のタンパク質、またはそれらのいずれかの免疫原性断片と共に含む融合タンパク質。【0082】より具体的には、Mtb72fは以下のものである:配列番号2の残基8−729を含むポリペプチド;または場合により開始Met残基の後ろにHisタグが挿入されている配列番号2の残基1および8−729からなるポリペプチド;または配列番号2のポリペプチド;または配列番号4の残基4−725を含むポリペプチド;または場合により開始Met残基の後ろにHisタグが挿入されている配列番号4の残基1および4−725からなるポリペプチド;または配列番号4のポリペプチド;または配列番号6のポリペプチド。追加の典型的なMtb72f融合タンパク質およびその免疫原性断片には、N末端および/またはC末端が例えば5または4または3または2または1アミノ酸残基短縮されている上述のタンパク質が含まれる。追加の典型的なMtb72f融合タンパク質およびその免疫原性断片には、10%までのアミノ酸、例えば5%までのアミノ酸(例えば10まで、例えば5までの)アミノ酸が、本明細書中で規定される同類置換によって置き換えられている上述のタンパク質が含まれる。本発明において用いられる典型的なMtb72f核酸には、上述の典型的なMtb72f融合タンパク質およびその免疫原性断片をコードする核酸(例えばDNA分子)が含まれる。言及することができる1セットの具体的なDNA分子は、配列番号1のヌクレオチド63−2228を含むものである。言及することができる別のセットの具体的なDNA分子は、配列番号3のヌクレオチド10−2175を含むものである。言及することができる具体的なDNA分子は、配列番号1または配列番号3または配列番号5を含むか、あるいはそれからなるものである。用語「融合(fused)」とは、融合タンパク質中の2ポリペプチド間の共有結合による連結を表す。該ポリペプチドは、典型的に、互いに直接的にまたはアミノ酸リンカーを介して、ペプチド結合を介して連結されている。場合により、該ペプチドは、当業者に公知の非ペプチド共有結合性の連結を介して連結することができる。ハイブリダイズすることを表す。「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」との言い回しは、プローブが、典型的に核酸の複合混合物中で、その標的部分配列にハイブリダイズするが、他の配列にはハイブリダイズしない条件を表す。ストリンジェントな条件は配列依存的であり、状況ごとに異なる。配列が長いほど、より高い温度で特異的にハイブリダイズする。(1993)に見出せる。ストリンジェントな条件は、所定のイオン強度pHで、具体的配列に関する熱融点(Tm)より約5〜10°C低いように選択される。Tmは、平衡状態で、標的に相補的なプローブの50%が標的配列にハイブリダイズする(所定のイオン強度、pH、および核酸濃度条件下での)温度である(標的配列が過剰に存在する場合、Tmでは、平衡状態で50%のプローブが占有される)。ストリンジェントな条件は、塩濃度が、pH7.0〜8.3で約1.0Mナトリウムイオン未満、典型的に約0.01〜1.0Mナトリウムイオン濃度(または他の塩)であり、かつ温度が、短いプローブ(例えば10〜50ヌクレオチド)では少なくとも約30°Cおよび長いプローブ(例えば50ヌクレオチド以上)では少なくとも約60°Cである条件である。えばホルムアミドを加えることによって達成してもよい。選択的または特異的ハイブリダイゼーションでは、陽性シグナルはバックグラウンドの少なくとも2倍であり、場合によりバックグラウンドハイブリダイゼーションの10倍である。典型的なストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は以下の通りであってよい:50%ホルムアミド、5×SSC、および1%SDS、42°Cでインキュベート、または、5×SSC、1%SDS、65°Cでインキュベートし、0.2×SSC、および0.1%SDS中で65°Cで洗浄。【0090】ストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズしない核酸は、それらがコードするポリペプチドが実質的に同一であれば、依然として実質的に同一である。これは、例えば遺伝暗号によって許容される最大コドン縮重を使用して1コピーの核酸が作成された場合に生じる。そのような場合、該核酸は、典型的に、中程度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズする。NaCl、1%SDSのバッファー中で37°Cでのハイブリダイゼーション、および1×SSC中で45°Cでの洗浄が含まれる。陽性ハイブリダイゼーションはバックグラウンドの少なくとも2倍である。当業者は、代替のハイブリダイゼーション条件および洗浄条件を利用して同様にストリンジェントな条件を提供できることを容易に認識する。「抗体」とは、抗原に特異的に結合し、それを認識する、免疫グロブリン遺伝子に由来するフレームワーク領域またはそのフラグメントを含むポリペプチドを表す。ならびに種々の免疫グロブリン可変領域遺伝子が含まれる。軽鎖はκまたはλとして分類される。重鎖はγ、μ、α、δ、またはεとして分類され、そしてそれらは、それぞれ、免疫グロブリンクラス、IgG、IgM、IgA、IgDおよびIgEを規定する。典型的な免疫グロブリン(抗体)の構造単位は四量体を含む。各四量体は2個の同一ペアのポリペプチド鎖から構成され、各ペアは1つの「軽」鎖(約25kDa)および1つの「重」鎖(約50〜70kDa)を有する。各鎖のN末端は、抗原認識を主に担う約100〜110またはそれ以上のアミノ酸からなる可変領域を規定する。可変軽鎖(VL)および可変重鎖(VH)という用語は、それぞれ、これらの軽鎖および重鎖を表す。抗体は、例えばインタクトの免疫グロブリンとして、あるいは種々のペプチダーゼでの消化によって生産されるいくつかの十分に特徴付けされているフラグメントとして存在する。ゆえに、例えば、ペプシンは、ヒンジ領域のジスルフィド結合の下で抗体を消化して、それ自体がジスルフィド結合によってVH−CH1に連結された軽鎖であるFabの二量体であるF(ab)’2を生じさせる。F(ab)’2を穏やかな条件下で還元して、ヒンジ領域中のジスルフィド結合を分解することにより、F(ab)’2二量体をFab’モノマーに変換してよい。1993)を参照のこと)。種々の抗体フラグメントはインタクトの抗体の消化の観点から定義されるが、当業者は、そのようなフラグメントを、化学的に、あるいは組換えDNA方法論を使用して新たに合成してよいことを認識する。(1990)を参照のこと)がさらに含まれる。(1985)を参照のこと)。単鎖抗体を生産するための技術(米国特許第4,946,778号)を適用して、本発明のポリペプチドに対する抗体を生産することができる。トランスジェニックマウス、または他の生物、例えば他の哺乳動物を使用して、ヒト化抗体を発現させてよい。(1992)を参照のこと)。抗体に「特異的に(または選択的に)結合する」または、それと「特異的に(または選択的に)免疫反応性である」との言い回しは、タンパク質またはペプチドに言及する場合、タンパク質の混成集団および他の生物学的物質(biologics)中のタンパク質の存在を決定する結合反応を表す。ゆえに、指定の免疫アッセイ条件下で、指定の抗体は、特定のタンパク質に対して、バックグラウンドの少なくとも2倍結合し、サンプル中に存在する他のタンパク質に対して実質的に顕著な量では結合しない。そのような条件下での抗体に対する特異的結合には、特定のタンパク質に関するその特異性に関して選択された抗体が必要とされる。融合タンパク質に対して産生されるポリクローナル抗体を選択して、融合タンパク質と特異的に免疫反応性であり、かつ該融合タンパク質の個別の成分とはそうでないポリクローナル抗体のみを取得することができる。この選択は、個別の抗原と交差反応する抗体を差し引くことによって達成してよい。種々の免疫アッセイ形式を使用して、特定のタンパク質と特異的に免疫反応性の抗体を選択してよい。(1998)を参照のこと)。典型的には、特異的または選択的反応は、バックグラウンドシグナルすなわちノイズの少なくとも2倍であり、より典型的には、バックグラウンドの10〜100倍を超える。【0096】ポリヌクレオチドは、ネイティブの配列(すなわち、個々の抗原またはその部分をコードする内因性配列)を含んでよく、あるいはそのような配列の変異体を含んでよい。ポリヌクレオチド変異体に1以上の置換、付加、欠失および/または挿入を含有させて、コード対象の融合ポリペプチドの生物学的活性が、ネイティブの抗原を含む融合ポリペプチドと比べて減少しないようにしてよい。変異体は、好ましくは、ネイティブのポリペプチドまたはその部分をコードするポリヌクレオチド配列に対して、少なくとも約70%同一性、より好ましくは少なくとも約80%同一性、最も好ましくは少なくとも約90%同一性を示す。【0097】2以上の核酸またはポリペプチド配列の関連で、用語「同一の」または「同一性」パーセントとは、比較ウインドウ、すなわち、以下の配列比較アルゴリズムの1つを使用するか、あるいはマニュアルアライメントおよび視覚的点検によって測定される指定領域にわたる最大一致に関して比較およびアライメントされた場合に、同一であるか、あるいは指定のパーセンテージの同一のアミノ酸残基またはヌクレオチド(すなわち、指定領域にわたって70%同一性、場合により75%、80%、85%、90%、または95%同一性)を有する2以上の配列または部分配列を表す。そのような配列は「実質的に同一」であると称される。この定義は試験配列の相補物(compliment)をも表す。場合により、同一性は、少なくとも約25〜約50アミノ酸またはヌクレオチド長の領域にわたって、あるいは場合により75〜100アミノ酸またはヌクレオチド長の領域にわたって存在する。配列比較では、典型的に、1つの配列が参照配列として働き、それに対して試験配列を比較する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験配列および参照配列をコンピュータに入力し、必要であれば部分配列座標を指定し、配列アルゴリズムプログラムパラメータを指定する。デフォルトプログラムパラメータを使用することができ、あるいは代替パラメータを指定することができる。配列比較アルゴリズムは、プログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列の配列同一性パーセントを算出する。本明細書中で使用される「比較ウインドウ」には、25〜500、通常には約50〜約200、より通常には約100〜約150からなる群から選択される数の連続位置のいずれか1つのセグメントへの言及が含まれ、そのセグメントにおいて、2つの配列を最適にアライメントした後に、配列を同一数の連続位置の参照配列と比較してよい。比較のために配列をアライメントする方法は当技術分野において周知である。supplement)を参照のこと)によって行うことができる。有用なアルゴリズムの一例はPILEUPである。alignments)を使用して関連配列の群に由来する多重配列アライメントを作成し、関連性および配列同一性パーセントを示す。該アライメントの作成に使用されるクラスタリング関連性を示すツリーまたはデンドログラム(dendogram)をプロットする。(1987))を簡素化したものを使用する。(1989)に記載の方法に類似の方法である。このプログラムは、それぞれ最大5,000ヌクレオチドまたはアミノ酸長の300までの配列をアライメントすることができる。マルチプルアライメント手順は、2個の最も類似する配列のペアワイズアライメントで開始され、2個のアライメント済み配列のクラスターが得られる。このクラスターを、次に最も関連している配列または、アライメント済み配列のクラスターに対してアライメントする。配列の2個のクラスターは、2個の個別の配列のペアワイズアライメントを単純に拡張することによってアライメントされる。一連の累進ペアワイズアライメントによって最終のアライメントを達成する。このプログラムは、特定の配列および、配列比較の領域に関するそれらのアミノ酸またはヌクレオチド座標を指定し、プログラムパラメータを指定することによって実行される。PILEUPを使用して、参照配列を他の試験配列と比較して、配列同一性パーセントの関連性を決定する。gaps)を使用する。(1984))から入手することができる。(1990)に記載されている。(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)から一般に利用可能である。このアルゴリズムは、データベース配列の同じ長さのワードとアライメントされた場合にいくつかの正値の閾値スコアTに適合するか、あるいはそれを満たすクエリ配列の長さWの短いワードを特定することによって高スコアの配列ペア(HSP)を最初に特定することを含む。これらの最初の近縁ワードヒットは、それらを含むより長いHSPを発見するための検索開始のシードとして機能する。そのワードヒットを各配列に沿って両方向に、累積のアラインメントスコアが増加しうる限り伸長する。ヌクレオチド配列の場合、パラメータM(適合残基ペアに対する褒賞スコア;常に>0)およびN(非適合残基に対する罰則スコア;常に<0)を使用して累積スコアを算出する。アミノ酸配列の場合は、スコアリングマトリックスを使用して累積スコアを算出する。各方向におけるワードヒットの伸長は以下の時点で停止させる:累積のアラインメントスコアがその最大達成値から量Xだけ減少したとき;累積スコアが、1個以上の負のスコアを有する残基のアラインメントの蓄積のために0以下になったとき;またはいずれかの配列の末端に達したとき。BLASTアルゴリズムパラメータW、T、およびXによってアライメントの感度および速度が決定される。BLASTNプログラム(ヌクレオチド配列用)では、デフォルトとして、ワード長(W)11、期待値(E)10、M=5、N=−4および両鎖の比較を使用する。(1989)を参照のこと)アライメント(B)50、期待値(E)10、M=5、N=−4、および両鎖の比較を使用する。(1993)を参照のこと)。probability)(P(N))であり、それは2つのヌクレオチドまたはアミノ酸配列間の適合が偶然生じる確率の指標を提供する。参照核酸と試験核酸の比較において最小合計確率が約0.2未満、より好ましくは約0.01未満、最も好ましくは約0.001未満であれば、該核酸は参照配列と類似であると見なされる。本明細書中で使用される用語「DNAセグメント」および「ポリヌクレオチド」とは、特定の生物種のトータルゲノムDNAからは単離されたDNA分子を表す。したがって、ポリペプチドをコードするDNAセグメントとは、1以上のコード配列を含有するが、該DNAセグメントの取得元の生物種のトータルゲノムDNAから実質的に単離されているか、あるいは精製されているDNAセグメントを表す。DNAセグメントおよびそのようなセグメントの小断片、ならびに組換えベクター、例えばプラスミド、コスミド、ファージミド、ファージ、ウイルス等も、用語「DNAセグメント」および「ポリヌクレオチド」の範囲内に含まれる。当業者に理解されるように、本発明のDNAセグメントには、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド等を発現するか、あるいはそれらを発現するように作り変えてよいゲノム配列、ゲノム外およびプラスミドによってコードされる配列および遺伝子操作された小さい遺伝子セグメントが含まれうる。そのようなセグメントは、天然に単離されるか、あるいは人の手によって合成的に改変してよい。本明細書中で使用される「単離された」とは、ポリヌクレオチドが他のコード配列から実質的に離れていること、および該DNAセグメントが、大部分の無関係のコードDNA、例えば大きい染色体断片または他の機能的遺伝子またはポリペプチドコード領域を含有しないことを意味する。当然ながら、これは元々単離されているDNAセグメントを表すが、人の手によって該セグメントに後に付加された遺伝子またはコード領域を排除しない。当業者に認識されるように、ポリヌクレオチドは一本鎖(コードまたはアンチセンス)または二本鎖であってよく、DNA(ゲノム、cDNAまたは合成)またはRNA分子であってよい。RNA分子には、イントロンを含有し、DNA分子と1対1様式で対応するHnRNA分子、およびイントロンを含有しないmRNA分子が含まれる。追加のコードまたは非コード配列は、その必要はないが、本発明のポリヌクレオチド内に存在してよく、ポリヌクレオチドは、その必要はないが、他の分子および/または支持材料に連結してよい。【0107】ポリヌクレオチドは、ネイティブの配列(すなわち、マイコバクテリウム抗原またはその一部分をコードする内因性配列)を含んでよく、あるいはそのような配列の変異体、または生物学的もしくは抗原機能的等価物を含んでよい。以下にさらに記載されるように、ポリヌクレオチド変異体に1以上の置換、付加、欠失および/または挿入を含有させて、好ましくは、コード対象のポリペプチドの免疫原性が、ネイティブの腫瘍タンパク質と比べて減少しないようにしてよい。コード対象のポリペプチドの免疫原性に対する効果は、一般に、本明細書中に記載のように評価してよい。用語「変異体」は異種起源の相同遺伝子をも包含する。追加の実施形態では、本発明は、本明細書中で開示される1以上の配列と同一または相補的な種々の長さの一連の連続する配列を含む、単離されたポリヌクレオチドおよびポリペプチドを提供する。本明細書中で開示される1以上の配列の少なくとも約15、20、30、40、50、75、100、150、200、300、400、500または1000またはそれ以上の連続ヌクレオチド、ならびにそれらの間のすべての中間の長さを含むポリヌクレオチドが本発明によって提供される。この関連で「中間の長さ」とは、引用された値の間の任意の長さ、例えば16、17、18、19、等;21、22、23、等;30、31、32、等;50、51、52、53、等;100、101、102、103、等;150、151、152、153、等;例えば200〜500;500〜1,000の間のすべての整数、等を意味することが容易に理解される。本発明のポリヌクレオチド、またはその断片を、コード配列自体の長さにかかわらず、他のDNA配列、例えばプロモーター、ポリアデニル化シグナル、追加の制限酵素部位、マルチクローニング部位、他のコードセグメント、等と組み合わせて、それらの全体の長さがかなり変動するようにしてよい。したがって、ほとんど任意の長さの核酸断片を使用してよく、トータルの長さは、好ましくは、意図される組換えDNAプロトコルにおける調製および使用の容易さによって制限されることが考慮される。トータルの長さが約10,000、約5,000、約3,000、約2,000、約1,000、約500、約200、約100、約50塩基対長、等(すべての中間の長さを含む)である例示的DNAセグメントは、本発明の多数の実行において有用であると予測される。【0110】さらに、遺伝暗号の縮重の結果として、本明細書中に記載のポリペプチドをコードする多数のヌクレオチド配列が存在することが当業者に理解される。これらのポリヌクレオチドのいくつかは、いずれかのネイティブの遺伝子のヌクレオチド配列に対して最小の相同性しか有さない。それにもかかわらず、コドン使用の差異に起因して変動するポリヌクレオチド、例えばヒトおよび/または霊長類のコドン選択に関して最適化されたポリヌクレオチドが本発明によって具体的に考慮される。本明細書中で提供されるポリヌクレオチド配列を含む遺伝子の対立遺伝子は本発明の範囲内である。対立遺伝子は、ヌクレオチドの1以上の突然変異、例えば欠失、付加および/または置換の結果として変更される内因性遺伝子である。その結果得られるmRNAおよびタンパク質は、その必要はないが、改変された構造または機能を有してよい。対立遺伝子は標準的技術(例えばハイブリダイゼーション、増幅および/またはデータベース配列比較)を使用して特定することができる。【0111】ポリヌクレオチドの特定および特徴付けポリヌクレオチドは、任意の種々の十分に確立されている技術を使用して、特定、調製および/または操作してよい。ポリヌクレオチドは、以下にさらに詳細に記載されるように、cDNAのマイクロアレイを腫瘍関連発現(すなわち、本明細書中で提供される代表的なアッセイを使用して測定された場合の、腫瘍における、正常組織より少なくとも2倍高い発現)に関してスクリーニングすることによって特定してよい。(1997)に記載されるように)実施してよい。本明細書中に記載のタンパク質を発現する細胞、例えば結核菌細胞から調製されたcDNAからポリヌクレオチドを増幅してよい。そのようなポリヌクレオチドは、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって増幅してよい。このアプローチでは、本明細書中で提供される配列に基づいて配列特異的プライマーを設計してよく、購入または合成してよい。本発明のポリヌクレオチドの増幅された部分を使用し、周知の技術を使用して好適なライブラリー(例えば結核菌cDNAライブラリー)から全長遺伝子を単離してよい。そのような技術には、増幅に適した1以上のポリヌクレオチドプローブまたはプライマーを使用してライブラリー(cDNAまたはゲノム)をスクリーニングすることが含まれる。好ましくは、ライブラリーをサイズで選択して大きい分子を含ませる。libraries)も好ましいかもしれない。ゲノムライブラリーはイントロンの取得および5’配列の伸長のために好ましい。【0113】ハイブリダイゼーション技術では、周知の技術を使用して(例えばニックトランスレーションまたは32Pでの末端標識によって)部分配列を標識してよい。(2000)を参照のこと)。ハイブリダイズするコロニーまたはプラークを選択し、増殖させ、追加の分析のためにDNAを単離する。cDNAクローンを解析して、例えば、該部分配列に由来するプライマーおよびベクターに由来するプライマーを使用するPCRによって追加の配列の量を決定してよい。制限酵素地図および部分配列を作成して、1以上の重複クローンを特定してよい。標準的技術を使用して完全配列を決定してよい。その技術は一連の欠失クローンを作成するステップを含んでよい。得られた重複配列を組み立てて、単一の連続配列にすることができる。周知の技術を使用して好適な断片をライゲートすることによって全長cDNA分子を作成することができる。部分cDNA配列から全長コード配列を取得するための多数の増幅技術が存在する。そのような技術では、概してPCRによって増幅を実施する。種々の市販のキットのいずれかを使用して増幅ステップを実施してよい。当技術分野において周知のソフトウェアを使用してプライマーを設計してよい。プライマーは、好ましくは22〜30ヌクレオチド長であり、少なくとも50%のGC含量を有し、約68°C〜72°Cの温度で標的配列にアニーリングする。増幅された領域は、上記のようにシークエンシングしてよく、重複配列を組み立てて連続配列にしてよい。(1988)を参照のこと)、その場合、制限酵素を使用して、遺伝子の既知領域の断片を作成する。該断片を分子内ライゲーションによって環化し、該既知領域に由来する種々のプライマーを用いるPCRの鋳型として使用する。代替のアプローチでは、リンカー配列に対するプライマーおよび既知領域に特異的なプライマーを用いる増幅によって部分配列に隣接する配列を回収してよい。増幅された配列を、典型的には、同リンカープライマーおよび該既知領域に特異的な第2のプライマーを用いる第2ラウンドの増幅に付する。該既知配列からの反対方向の伸長を開始させる2種のプライマーを使用するこの手順のバリエーションがWO96/38591に記載されている。別のそのような技術は「cDNA末端の高速増幅」またはRACEとして知られる。この技術には、内部プライマーおよび外部プライマーの使用が含まれ、外部プライマーはポリA領域またはベクター配列にハイブリダイズして、既知配列の5’および3’である配列を特定する。(1991))が含まれる。増幅を使用する他の方法を同様に使用して、全長cDNA配列を取得してよい。特定の場合、発現配列タグ(EST)データベースにおいて提供される、例えばGenBankから入手可能な配列の解析によって全長cDNA配列を取得することが可能である。BLAST検索)を使用して実施してよく、そのようなESTを使用して連続の全長配列を作成してよい。全長DNA配列はゲノム断片の解析によって取得してもよい。本発明の他の実施形態では、本発明のポリペプチド、または融合タンパク質もしくはその機能的等価物をコードするポリヌクレオチド配列またはその断片を組換えDNA分子中で使用して、適切な宿主細胞におけるポリペプチドの発現を導いてよい。遺伝暗号に特有の縮重に基づいて、実質的に同一または機能的に等価なアミノ酸配列をコードする他のDNA配列を生産してよく、これらの配列を使用して、所定のポリペプチドをクローニングし、発現させてよい。当業者に理解されるように、いくつかの場合には、非天然に存在するコドンを有する、ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を生産することが有益であるかもしれない。特定の原核生物または真核生物の宿主が好むコドンを選択して、タンパク質発現の割合を増加させるか、あるいは、所望の特性、例えば天然に存在する配列から作成された転写産物の半減期より長い半減期を有する組換えRNA転写産物を生産することができる。【0119】さらに、本発明のポリヌクレオチド配列は、当技術分野において一般に知られている方法を使用して遺伝子操作することができる。その目的は、ポリペプチドをコードする配列を種々の理由で変化させることであり、それには、非限定的に、クローニング、プロセシング、および/または遺伝子産物の発現を改変する変化が含まれる。ランダムな断片化によるDNAシャッフリングおよび遺伝子断片のPCRによる組み立ておよび合成オリゴヌクレオチドを使用して、該ヌクレオチド配列を遺伝子操作してよい。使用して、新規制限部位を挿入し、グリコシル化パターンを変化させ、コドン優先度を変更し、スプライシング変異体を生成し、あるいは突然変異を導入すること、等を行ってよい。本発明の別の実施形態では、天然、改変、または組換え核酸配列を異種性配列にライゲーションして、融合タンパク質をコードするようにしてよい。ポリペプチド活性のインヒビターに関してペプチドライブラリーをスクリーニングするために、市販の抗体によって認識できるキメラタンパク質をコードするようにすることが有用であるかもしれない。融合タンパク質を遺伝子操作して、ポリペプチドをコードする配列と異種性タンパク質配列の間に位置する切断部位を含有させて、該ポリペプチドが切断され、異種性部分から精製されるようにしてもよい。(1980)を参照のこと)。ポリペプチドのアミノ酸配列、またはその部分を合成する化学的方法を使用してタンパク質自体を生産してよい。CA)を使用して自動合成を達成してよい。(1983))または当技術分野において利用可能な他の同等の技術によって実質的に精製してよい。アミノ酸解析またはシークエンシング(例えばエドマン分解手順)によって合成ペプチドの組成を確認してよい。ポリペプチド、またはその任意の部分のアミノ酸配列を、直接合成中に改変し、ならびに/あるいは、化学的方法を使用して他のタンパク質、またはその任意の部分に由来する配列と組み合わせて、変異体ポリペプチドを作成してよい。所望のポリペプチドを発現させるために、該ポリペプチド、または機能的等価物をコードするヌクレオチド配列を適切な発現ベクター、すなわち挿入されたコード配列の転写および翻訳に必要なエレメントを含有するベクターに挿入してよい。当業者に周知の方法を使用して、目的のポリペプチドをコードする配列ならびに適切な転写および翻訳調節エレメントを含有する発現ベクターを構築してよい。vivo遺伝子組換えが含まれる。(毎年更新される)に記載されている。種々の発現ベクター/宿主系を利用して、ポリヌクレオチド配列を含有および発現させてよい。これらには、非限定的に、組換えバクテリオファージ、プラスミド、またはコスミドDNA発現ベクターで形質転換された微生物、例えば細菌;酵母発現ベクターで形質転換された酵母;ウイルス発現ベクター(例えばバキュロウイルス)で感染させた昆虫細胞系;ウイルス発現ベクター(例えばカリフラワーモザイクウイルス、CaMV;タバコモザイクウイルス、TMV)または細菌発現ベクター(例えばTiまたはpBR322プラスミド)で形質転換された植物細胞系;または動物細胞系が含まれる。sequences)」は、宿主細胞のタンパク質と相互作用して転写および翻訳を実行するベクターの非翻訳領域:エンハンサー、プロモーター、5’および3’非翻訳領域である。そのようなエレメントは強度および特異性において様々である。利用されるベクター系および宿主に応じて、任意の数の好適な転写および翻訳エレメント、例えば構成的および誘導性プロモーターを使用してよい。MD)のハイブリッドlacZプロモーター等を使用してよい。哺乳動物の細胞系では、哺乳動物の遺伝子または哺乳動物ウイルスに由来するプロモーターが概して好ましい。ポリペプチドをコードする複数コピーの配列を含有する細胞株を作製することが必要である場合、SV40またはEBVに基づくベクターを適切な選択マーカーと共に好都合に使用してよい。細菌系では、発現対象のポリペプチドに関して意図される用途に応じて、いくつかの発現ベクターを選択してよい。例として、例えば抗体を誘導するために大規模な量が必要である場合、容易に精製可能な融合タンパク質の大量発現を導くベクターを使用してよい。(1989));等が含まれる。Wis.)を使用して、グルタチオンS−トランスフェラーゼ(GST)との融合タンパク質として外来性ポリペプチドを発現させてもよい。一般に、そのような融合タンパク質は可溶性であり、グルタチオン−アガロースビーズへの吸着、その後の遊離グルタチオンの存在下での溶出によって溶解細胞から容易に精製することができる。そのような系で作成されるタンパク質が、ヘパリン、トロンビン、または第XA因子プロテアーゼ切断部位を含むように設計して、目的のクローニング対象ポリペプチドをGST部分から自在に遊離できるようにしてよい。cerevisiae)では、構成的または誘導性プロモーター、例えばα因子、アルコールオキシダーゼ、およびPGHを含有するいくつかのベクターを使用してよい。(1987)を参照のこと。植物の発現ベクターが使用される場合、多数のプロモーターのいずれかによってポリペプチドをコードする配列の発現を誘導してよい。