背景(はいけい)ストーリーデュエル・マスターズには、裏設定として超獣世界の物語が存在する。フレーバーテキストなどから連想できる内容が多い一方、それらを見るだけでは全く分からない裏設定があったりするため、全方位カードファイルなどを読んだ人にしか詳しいことは分からない場合が多い。味のある内容が多いので、濃いデュエマファンの方は注視してみると面白いだろう。舞台設定は「とある宇宙の、超獣達が住む惑星」。第1弾当初からこの惑星を中心に物語が進んでいる。漫画「ビクトリー」では勝太と断がデュエマして宇宙へ旅立ったときに1度確認されている。大きく世紀が進んでも、世界線が変わっても、舞台となる星は変わらず、文化も多少なりとも継承されているようである。背景ストーリーはエキスパンションと同様各シーズンごと(基本的に4弾ずつ)で区切られている。革命編、革命ファイナル、10万年後⇒新章〜超天篇の流れとなっている。基本セット〜聖拳編まではシーズン間での時間間隔は狭いが、転生編は前作の200年後と大きく時代が下った。それ以降は、転生編〜不死鳥編は1万年後と大きく時代が進んでいる一方で、極神編は不死鳥編の直接の続編と、シリーズ同士の時間間隔はその時ごとに大きく異なる。背景ストーリーは過去は基本拡張パック、コロコロコミックの販売促進ページ、および前方位カードファイル等の単行本において語られてきた。DMX-06以降、特別拡張パックや構築済みデッキ(デュエル・マスターズ)の中でも語られるようになった。背景ストーリーが語られる機会が多くなったことで、よりどういう物語が繰り広げられているのか分かりやすくなったといえる。漫画・アニメ『デュエル・マスターズ』シリーズのストーリー展開との繋がりは、基本セット〜革命ファイナルまでは希薄であった。凶死郎)のようにデザイン上漫画・アニメのキャラクターをモチーフにしたと思われる例、オリジンとアダムのように類似のモチーフを持つ例などはあったが、漫画・アニメから背景ストーリー世界への干渉が描写されることはほとんどなく、《囚われのパコネコ》などのごく一部のカードにおいて暗示される程度にとどまっていた。リュウセイや一部エグザイル・クリーチャーのように漫画・アニメ中にクリーチャーが登場した例もあったが、一方の背景ストーリーではこれらクリーチャーが漫画・アニメの世界に行ったり、そこのキャラクターと交流したりといった描写はなく、いわば「史実」としては扱われなかった。新章デュエル・マスターズ〜超天篇以降の背景ストーリーは、漫画・アニメのストーリー展開と重なるところが著しく大きくなった(漫画・アニメでデュエマが行われている時、背景ストーリー上ではそのデュエリストの切札クリーチャーが戦っている等)。双方の登場人物が干渉・交流しあったり、背景ストーリー上のクリーチャーが漫画・アニメの世界に移動したりするような描写も見られる(ジョーカーズ、マスターカード、デュエル・ウォーリア等に顕著)。再録で追加されたフレーバーテキストなどにより、過去の背景ストーリーの情報が追加・改変される事がある。DMBD-02に至っては、新カードを用いて戦国編のクライマックスに大きく関わる設定追加がなされている。当wikiに書かれている各シリーズの背景ストーリーの内容は、有志がフレーバーテキストから引用してまとめたものである。公式サイトのどこかにそうした記述があるわけではないことは留意したい。