研究グループは、濃尾平野(岐阜県から愛知県)の淡水魚オイカワの遺伝子をリアルタイムPCRという技術を用いて調査し,ほとんどの場所で琵琶湖産の外来遺伝子が見つかることを明らかにした。日本列島は複雑な地形によって水系が分断されており、地方によって淡水魚の種類や、同じ種でも遺伝子が大きく異なる。滋賀県の琵琶湖水系と岐阜県の長良川などの水系では、同種の淡水魚でも遺伝子が違うことが知られてきた。オイカワも琵琶湖以西と岐阜県以東では100万年レベルで地理的に隔離されてきたことが、すでに明らかにされている。琵琶湖産アユの放流時に混入した琵琶湖産オイカワの侵入によって、岐阜県の在来オイカワがいなくなってしまう恐れがある。そこで、リアルタイムPCRという簡便に遺伝子の違いを判定できる技術を用い、岐阜県から愛知県の43地点1318個体のオイカワについて、ミトコンドリアDNAの一部を調査した。その結果,土岐川には琵琶湖産の侵入は見られなかったものの、木曽三川流域では一部の小河川の上流を除いてほとんどの地域で琵琶湖産の遺伝子があった。濃尾平野のオイカワのほとんどは琵琶湖産との雑種であり、100万年以上前からこの地域に住む在来オイカワの純系は、土岐川と一部の小河川にしか残っていないと考えられた。