超大国神聖ブリタニア帝国が日本を占領し、日本は「エリア11」、日本人がイレヴンと呼ばれるようになり、名前と自由を奪われたまま7年が経過していた。人質として日本に送られていたブリタニア帝国の皇子ルルーシュは、戦後、正体を隠して学生として暮らしていた。レジスタンスとブリタニア軍の戦いに偶然巻き込まれ、謎の少女C.C.と出会ったルルーシュは、“ギアス”と呼ばれる絶対遵守の力を手に入れる。ギアスを手に入れた彼は、自分や妹ナナリーを捨てたブリタニア帝国を潰す時がついに訪れたと悟る。ルルーシュは仮面の反逆者ゼロとして反ブリタニアを掲げるレジスタンス・黒の騎士団を率い、暗躍を始める。幼馴染として共に過ごした枢木スザクは、イレヴンでありながら名誉ブリタニア人として、ブリタニア軍の兵士となっていた。新型兵器ランスロットのパイロットに抜擢されたスザクは、ブリタニア軍の要となっていく。ルルーシュ=ゼロとスザクは、やがてお互いの立場を知らないまま再会を果たす。反逆の意思を、友情が阻むジレンマ。今、運命の歯車が動き出す。ハイエボリューション地球上を覆う情報生命体・スカブコーラルと人類の戦いが巻き起こした世界の危機――サマー・オブ・ラブ。その危機から世界を救ったのは、アドロック・サーストンだった。英雄と讃えられるようになるアドロック。その真相を知るものは、最前線で戦ったごく一握りの人間だけだった。アドロックの残された息子レントンは、ビームス夫妻の養子となり、地方都市ベルフォレストで暮らしていた。14歳になり、鬱屈とした日々を送っていたレントンに運命の転機がやってくる。家を飛び出すレントン。そこからレントンは様々な人との出会い、別れを経験する。レントンが出会ったひとりは、ファシリティ・ガード隊長のホランド・ノヴァク。一時、ホランド率いるファシリティ・ガードに身を寄せていたレントンだが、結局わずかな時間でそこからも飛び出してしまった。レントンが出会ったもうひとりは、少数宗教ヴォダラクの少女。死に瀕した彼女を救うため、レントンは、再会したビームス夫妻の心配をよそに、奔走する。人々との出会いと別れは、レントンに大事なことを気づかせる。自分はなぜ、家出をしたのか。