倉賀野駅が終点となっているが、運転上は北藤岡駅から150メートルほど倉賀野寄りのところで高崎線に乗り入れ、全ての列車が高崎駅を起終点とする。この区間のダイヤには、平日と土休日の区別はなく、すべての日が同一のダイヤで運行される。車両は横2+1座席配列のキハ110・111形気動車が2-3両で使用される(車両については「使用車両」節も参照)。高崎駅間の区間列車が運行されている。2本程度の運行である。昼間の一部の2両編成の列車においてワンマン運転を行っている。この場合、無人駅では最前部の運転士横のドアから降りる必要があり、また発車ベルのある駅では、ベルが鳴らずに発車する。電車区間と同様に、ドアは自動式ではなく半自動式であり、乗り降りの際にはドア横のボタンを押す必要があり、ドア開閉の際にはドア上のチャイムが鳴動する。