被験試料中のヒトゲノムDNAを高感度に検出及び/又は定量する方法を提供すること。46のヒトAluサブファミリーのコンセンサス配列を代表する一つの「ヒトAluモデル配列」を同定し、このヒトAluモデル配列を用いてAlu検出用PCRプライマー・プローブ候補を選択する。次に、ヒトAlu配列に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド配列であって、且つ、ダイマーの形成を最小限に抑え得るオリゴヌクレオチド配列からなるプライマー・プローブセットを、独自のクライテリアを用いて選択する。element)の一種であり、ヒトを含む霊長類のゲノムに特異的に存在する反復配列である。RNA由来配列と、それらに挟まれたA-rich配列から構成されている。RNA由来配列はげっ歯類のゲノム中にも存在することが分かっている。最近の研究により、ヒトゲノム中のAlu配列は全てが同一の配列からなるものではなく、46のサブファミリーからなることが明らかにされている(非特許文献1)。Alu配列は、ヒトゲノム中に100万コピー以上存在し、ヒトゲノムの10%以上を占めることが知られている。ヒトゲノムの全長は約30億ヌクレオチド対であることから、単純に計算すると、ヒトゲノムDNA3000ヌクレオチド対につき平均1コピーのAlu配列が存在していることになる。重量に換算すると、一倍体のヒトゲノム全体の重さは3pgであることから、0.003fgのヒトゲノムDNAに平均1コピーのAlu配列が含まれると考えられる。このように、Alu配列はごく微量のヒトゲノムDNAにも必ず存在し、また、霊長類に特異的なヌクレオチド配列であることから、ヒト細胞の検出・定量のための理想的な標的であると考えられている。Alu配列を標的とした定量リアルタイムPCR法(以下、「Alu-qPCR」と称する場合がある)を用いてヒトゲノムを検出・定量する方法は、これまでに複数報告されている(例えば、特許文献1、非特許文献2等)。RESEARCH社製)が既に市販されている。Alu-qPCRを利用して、マウス等に異種移植したヒト幹細胞の生着・増殖の程度を確認できること(非特許文献3)、血中DNA濃度を測定して癌の診断ができること(非特許文献4)、法医学分野で使用される陳旧試料中のヒトゲノムDNAを検出できることが報告されている(非特許文献5)。これまでに報告されているAlu-qPCRはいずれも十分な感度を持つものではない。理論的には、リアルタイムPCRにより0.1fg程度のヒトゲノムDNAからAluを検出できるはずであるが、既知のAlu-qPCRでは数pg以上のヒトゲノムDNAが必要であるとされており(非特許文献5)、理論的な検出限界と比較して極めて低い感度しか得られていない。既知のAlu-qPCR用プライマーには、ヒト以外の生物種ゲノムの一部と同一のヌクレオチド配列が含まれており、他の生物種由来のゲノムDNAとヒトゲノムDNAとが混在したサンプルを用いた場合に、微量のAluを特異的に検出することは不可能であった。以上のことから、より高い感度と特異性を有するAlu-qPCRの開発が求められていた。本発明は、ヒトAlu検出用PCRプライマー対の設計方法や、それを用いて設計されたヒトAlu検出用PCRプライマー対や、該ヒトAlu検出用PCRプライマー対を用いて被験試料中のヒトゲノムDNAを検出及び/又は定量する方法等に関する。本発明は、ヒトAlu検出用PCRプローブの設計方法や、それを用いて設計されたヒトAlu検出用PCRプローブや、該ヒトAlu検出用PCRプローブ及び上記ヒトAlu検出用PCRプライマーを用いて、被験試料中のヒトゲノムDNAを検出及び/又は定量する方法等に関する。請求項1~4のいずれかに記載のヒトAlu検出用PCRプライマー対の設計方法により設計されたヒトAlu検出用PCRプライマー対。以下の(a)又は(a’)のフォワードプライマー及び(b)又は(b’)のリバースプライマーにより構成される、ヒトAlu検出用PCRプライマー対。配列番号18に示されるヌクレオチド配列からなるフォワードプライマー、及び配列番号19に示されるヌクレオチド配列からなるリバースプライマーにより構成される、請求項6記載のヒトAlu検出用PCRプライマー対。配列番号123に示されるヌクレオチド配列からなるフォワードプライマー、及び配列番号148に示されるヌクレオチド配列からなるリバースプライマーにより構成される、請求項6記載のヒトAlu検出用PCRプライマー対。被験試料より抽出されたDNAを鋳型として、請求項5~8のいずれかに記載のヒトAlu検出用PCRプライマー対を用いたPCRを行う工程を含む、前記被験試料中のヒトゲノムDNAを検出及び/又は定量する方法。被験試料が、非ヒト動物にヒト細胞を移植して作製された異種移植モデル動物由来の生体試料、又は古人骨由来の陳旧試料である、請求項9記載の方法。工程B’又はBにより複数のプローブが選択されたとき、以下のクライテリア12~15の少なくとも1つ又は2つ以上を満たすプローブを選択する工程Cをさらに含む、請求項11又は12記載のヒトAlu検出用PCRプローブの設計方法。請求項11~15のいずれかに記載のヒトAlu検出用PCRプローブの設計方法により設計された、ヒトAlu検出用PCRプローブ。配列番号37、39、42、47若しくは149に示されるヌクレオチド配列;又は配列番号37、39、42、47若しくは149に示されるヌクレオチド配列中の少なくとも連続する16ヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を含み、且つ、配列番号37、39、42、47若しくは149に示されるヌクレオチド配列において1若しくは数個のヌクレオチドが欠失、置換、若しくは付加されたヌクレオチド配列;からなるヒトAlu検出用PCRプローブ。配列番号42又は149に示されるヌクレオチド配列からなる、請求項17記載のヒトAlu検出用PCRプローブ。【請求項19】プローブの5’末端が蛍光物質により、3’末端がクエンチャー物質によりそれぞれ標識されている、請求項16~18のいずれかに記載のヒトAlu検出用PCRプローブ。請求項5~8のいずれかに記載のヒトAlu検出用PCRプライマー対と、請求項16~19のいずれかに記載のヒトAlu検出用PCRプローブとを備えた、ヒトAlu検出用PCRプライマー・プローブセット。請求項20記載のヒトAlu検出用PCRプライマー・プローブセットを用いて被験試料中のヒトゲノムDNAを検出及び/又は定量する方法であって、以下の(I)~(III)の工程を含む、方法。被験試料が、非ヒト動物にヒト細胞を移植して作製された異種移植モデル動物由来の生体試料、又は古人骨由来の陳旧試料である、請求項21記載の方法。請求項5~8のいずれかに記載のヒトAlu検出用PCRプライマー対及び/又は請求項16~18のいずれかに記載のヒトAlu検出用PCRプローブを備えた、ヒトゲノムDNA検出及び/又は定量用キット。ライセンスをご希望の方、特許の内容に興味を持たれた方は、下記「問合せ先」まで直接お問い合わせください。同じキーワードでJ-STORE内を検索することが出来ます。