収蔵・展示され、なかでも「装飾古墳室」は古代の造形美をわが国における美術の原点としてとらえた特徴ある施設です。伝来する文化財の保存・公開をしている東京の財団法人永青文庫と協定を結び、定期的に所蔵品を借り受け、熊本ゆかりの永青文庫の名品を常時展示しています。NHK熊本放送局の職員で、数多くの古美術品や現代美術作品を蒐集した今西菊松(1913年~1987年)による「今西コレクション」も有名。※「特別展」や「貸会場展」では、別途観覧料金を設定しております。