mailedit「とあるアミノ酸配列がある。NCBIに行ってblastを投げれば相同な物の他に、PUBMEDも引けるので、あえてローカルでBLAST検索をするっていう需要はあるのかな?釣った遺伝子はほとんど既に公共DBに(似たものが)登録されているだろうから、むしろそっちを使った方がいいようにも思える。相同なものを集めてクラスタリングして、そのメンバーに構造既知があれば構造・機能的な差を明らかにするにはいいのかな。研究室とかで共有フォルダを使ってデータ管理すると「このデータって、このPCに入っているデータと違うけど、、どっちが正しいの?」とか涙を見ることがあるそうな。版管理ができて、いつ更新されたのかが分かれば最高なのかもしれない。ここではFileMakerを使って配列管理と定期的な対Swiss-Prot配列検索結果も載せられるようにちょいと考えてみる。実用性は皆無だけどね。配列をPDBとかにすれば多少は使えるのかな。配列を収めるFileMakerがある。っで、版管理ができるとする。定期的に公共配列データに対してBLAST検索を実施して、その内容をFileMakerに入れる。可視化はFileMakerで行って、Clustalwの表示も可能とする。blast-2.2.26-x64-linux.tar.gzNetBlast検索対象な配列データ(Swiss-Prot,TrEMBL,PDB)をメンテナンスるのは大変。月一とか毎日で配列を逐次ダウンロードする必要がある。っが、このNetBlastはそのメンテナンスから解放してくれる。データベースの参照先をNCBIにしてくれているだけなんだけどね。Blast+いままでのをLegacyBlastと。