オプション前作に引き続き、全体のストーリーを複数部構成で分けるというスタイルが採られている。第12話までが第1シーズン(タケルの99日までの1回目のリミットまで)、第13話から第33話までが第2シーズン(タケルの2回目の消滅からの復活まで)、第34話から第49話までが第3シーズン(タケルが本当の意味で生き返るまで)となっている。メインストーリー完結後の第50話(最終話)は、次作『仮面ライダーエグゼイド』とコラボレートする特別編として位置付けられている。