クメール・ルージュは、プノンペンを追われ、親ベトナム(ヘン・サムリン)政権が成立した1979年以降も、中国やタイなどの支援をうけながら、カンボジア西部などを拠点に抵抗、シハヌーク派、ソン・サン派と反ベトナム三派連合を結成し、内戦が継続した。アメリカや日本を含む国際社会も、親ベトナム政権の正統性を認めなかった。1996年のイエン・サリ投降に始まるクメール・ルージュ幹部の投降などを経て、ようやく国際社会にクメール・ルージュ裁判の機運が盛り上がり始めた(ただし、カンボジア政府は、イエン・サリの恩赦を決定した。勧告、カンボジア政府の支援要請などを受けて、アナン事務総長は、クメール・ルージュ裁判問題を検討するための専門家パネルを設置、1999年に報告書が提出された。その後、国連とカンボジア政府との特別法廷に関する交渉は紆余曲折を経るが、2001年にカンボジア政府が特別法廷(ECCC)設置法を制定した後、2003年にカンボジア政府と国連がようやく合意に達し、これに基づいて2004年に設置法が改正された。