握り寿司は、人間の手で腐敗しやすい生鮮魚介類と酢飯を握る工程を行うものであり、その過程で雑菌が付着することは避けられない。生鮮魚介類を寿司種とする場合は、刺身と同様に厳しい鮮度・温度管理が行われるが、特に夏期においては握ったものをすぐ食べることが望ましい。米やネタに匂いが移る危険性があるので、臭いを発する強力な洗剤や殺菌薬などで手を洗うことは避け、寿司職人は用を足した後、丁寧に手洗いに努めているケースがある。酢(酢酸)には殺菌の効果がある。わさびをネタとシャリの間に挟むのは、鮮魚の運搬に時間がかかる時代に、殺菌剤として挟んでいたものの名残とされている。日本国外では、手で握る作業を不潔なものと見なし、職人が薄いゴム手袋やビニール手袋を嵌めることを求める規則がある場合がある。日本においては魚介を生食する料理の調理を素手で行うことは家庭でも行われているごく一般的な手法であるうえ、職人の微妙な手指の感覚を阻害するものであると見なされ、そのような習慣はない。日本国内でもスーパーマーケットなどで持ち帰りの寿司を作る場合や、回転寿司店では手袋を着用していることがある。