病原体(英:Pathogen)とは、本来、ヒト(またはそれ以外の動物、植物)の病気の原因になる実体、ないし外来性の因子を意味する言葉であった。その本体が何であるかについては長らく不明であったが、それを追究する過程で以下のような性質を持つことが次第に明らかになった。病原体は(肉眼的、および患者の外観からは)目に見えないものである。健康なヒトに、ある病気の病原体が作用すると、その病気を発症する。病原体が作用していないヒトにその病気は発症しない。