enciclopedia.us.es)。宣言は、離脱の理由として商業広告の危惧とコントロールの欠如を挙げた。他の参加者が、ウィキペディア復帰へ向けて交渉、説得を行ったが、復帰提案が完成する前に、エンサイクロペディア・リブレは投票で復帰を否決した。エンサイクロペディア・リブレは将来の統合の可能性は残し、交流を維持することを表明し、現在でも統合の可能性が議論されることがあるが、独立したままにとどまっている。この事件は英語版以外のウィキペディアの役割について、大きな議論の火付け役となった。これは非英語版のウィキペディア・コミュニティの要求によるいくつかの変更にも繋がった。プロジェクトはたびたび、記事を削除したり、不適切な内容を投稿したりする荒らしに見舞われた。通常、そういった荒らしによる荒らし行為は参加者達により速やかに修復されるため、一般には大きな問題とされることは少ない。英語版ではメインページのいたずら書きが何回も発生したため、メインページは管理者のみが更新できるよう保護措置が採られた。2002年3月、「24」というユーザー(この名前は彼のIPアドレスに因む)が、左傾的かつ物議を醸す編集をし始めた。白熱した議論は、何人かに「恐怖」とまで言わしめるようなものになり、多くの人々が侮辱と個人攻撃を受けた。メーリングリストでの長期間にわたる話し合いの結果、2002年4月、ジンボ・ウェールズは24をウィキペディアから排除した。ドイツの歴史に関して右傾的で物議を醸す編集を再三に渡って行い、ウィキペディアの歴史関連の執筆者達の多くに抗議を受けた利用者「Helga」は、メーリングリストにおいて話し合いが行われた結果、2002年9月に排除された。2003年11月、ロシア語版ウィキペディアでライセンス形態についての論争が基となり、一部の利用者がウィキペディアを出て別の百科事典プロジェクトを立ち上げるという分裂も起こった。この分裂は、ウィキペディアのメーリングリストなどに不満の表明がなされなかったこと、ロシア語版の主な利用者と他のプロジェクトの参加者との人的交流が薄いことや、ロシア語を解するユーザが少ないことなどから、2004年10月まで他の言語版の利用者には知られていなかった。分裂だけでなくこのように事態の把握が遅れたことを重く見て、ウィキペディアプロジェクトの多言語的展開と各言語話者の間の連携を強化すべきだとする指摘が一部では改めてなされている。ウィキペディア経歴論争を参照)[31]。この嘘の投稿を行った者は冗談のつもりで行ったと話しているが、このことが新聞などに掲載され問題となり、結局この投稿により当該投稿者は仕事を辞めることとなった。これにより、英語版ウィキペディアは登録ユーザー以外が新規記事投稿を行うことを制限し、記事の執筆などを遅延反映させこういった嘘の投稿に対抗するためのシステムを構築することになった。2006年には、著名人の項目をその人自らが修正するケースがあり、日本語版でも西和彦の項目を当人と思われる人物が積極的に編集して議論となったために保護されることとなった[32]。アメリカでは選挙の際に議員がライバル相手の記事を編集したりする場合もあり[33]、アメリカ合衆国議会からの編集に対し制限を科す措置が採られた。2007年1月には英語版ウィキペディアで、マイクロソフトがとある人物に対し「報酬を支払うからマイクロソフトの項目を修正してほしい」と打診していたことが発覚[34]。マイクロソフト側も「ウィキペディアで相違していると思われる記述があり、修正してもらいたかった」と認め、謝罪した。