contentJuliaでフローサイトメトリーのファイル(fcs)を触ってみたJuliabioinformaticsfcsGadfly.jlさわってみた系の記事です。先日、偶然フローサイトメトリーのファイル(fcs)をさわる機会がありました。これをJulia言語のFCSFilesというライブラリで開いてみようと思ったので一応記録。fileshttps://github.com/tlnagy/FCSFiles.jlフローサイトメトリーとはhttps://en.wikipedia.org/wiki/Flow_cytometry#/media/File:Cytometer.svg細胞のはいった液体を細く流して、個々の粒子を光学的に分析する測定手法だそうです。側方散乱やレーザー光によって生じた蛍光を検出する蛍光検出器がついているそうです。フローサイトメトリーJuliaとはコードをプリコンパイルすることによって、スクリプト言語でありながらC言語のような速度を実現するとされる新しい言語です。(ただし、作業中にプリコンパイルが入ってしまうことが多く、体感的にはそれほどの速さを感じません。files英語版Wikipediaの説明をご覧ください。テキストではなくバイナリっぽいので、非エンジニア勢は自分でいじろうとせず、ライブラリを使った方が無難そうです。使ってみるReadmeのとおりです。https://flowrepository.org/id/FR-FCM-ZZZ4に、フローサイトメトリーのテスト用ファイルが置いてあるので適当にダウンロードします。ymin=0))こうなります。ymin=0))こうなります。Julia言語は、Makieなど、面白い可視化ライブラリが多いですね。なんというか、言葉で表現しづらいですが、Julia言語は地球上でもっとも才能のある若者が集まっていて、人々の活発な才気の燦めきを感じることができるような、そんな雰囲気があります。それは傲慢であり幻想かもしれないのですが。いう意味で面白い言語だな〜と思いました。requestStockLike2@kojix2Rubyがすき。