町の主だった人々は宗教改革期以降、ルター派に改宗した。実際にマルティン・ルター自身がイェーナに滞在して説教を行ったという記録が残されている。現在も福音主義教会(ルター派)が主流を占める。イェーナは中部ドイツ福音主義教会ゲーラ=ヴァイマル教区に属している。19世紀以降ふたたび少数のローマ・カトリック信者が集まり、イェーナ最古の教会である聖ヨハン・バプティスト教会を再建して用いている。現在は他にメソディスト・バプティスト派の教会もおかれている。