連続爆弾テロ「虚空爆破(グラビトン)事件」の被害が拡大する第七学区。場所にも時間にも一貫性がなく、手掛かりすら残されていない犯行に、風紀委員(ジャッジメント)も警備員(アンチスキル)も手をこまねいていた。犯人の使っている能力は『量子変速(シンクロトロン)』。これだけの規模の爆発を起こせる能力者は「大能力(レベル4)」以上で、『書庫(バンク)』のデータに該当者は見当たらない。忙しい風紀委員の初春に相手をしてもらえない佐天を見かけた美琴は、彼女から「幻想御手(レベルアッパー)」という能力のレベルを上げる道具の話を聞く。「警備員(アンチスキル)」の仕事に遅刻した鉄装は、現場で人質にされてしまったり、巡回中に美琴たちに乗せられて一緒に遊びそうになってしまったりと失敗続き。同僚の黄泉川に、気持ちがたるんでると説教され、明日こそはと気合を入れたものの、次の日も失敗ばかりでどうにもうまくいかない。ぎにゲームセンターで、ひとりゲームをプレイする学生――鴻野江を見かける。以前も見かけたこと、自分の好きだったゲームをプレイしていたこともあって声をかけるが、鴻野江はプレイ途中で立ち去り、ひとり取り残されてしまう......。とある事情でインデックスとクラスメイトの土御門と青髪ピアスの三人と共に、ファストフード店に立ち寄ることになった上条。満員の店内で相席することになったのは、食い倒れた自称「魔法使い」の巫女さんだった。電車賃がなくて帰れないという彼女は、塾の先生だというスーツ姿の男たちとともに姿を消す。奇妙な出会いの帰り道、上条の前にステイル=マグヌスが現れる。監禁されている『吸血殺し(ディープブラッド)』――吸血鬼を殺す力を持った少女を助け出す手助けをしろ。ステイルは上条にそう告げる。『御使墜し(エンゼルフォール)』を止めるには、術者を倒すか、儀式場を壊すか、どちらかしかない。いくつかの不審な行動からミーシャが術者だと予測した上条と土御門は、彼女を追って上条家へと向かう。一足先に現地にたどり着いた二人が見たものは、刀夜が写る写真立て。その姿は、海の家で見たものとまったく同じで......。術の影響を受けないのは術者だけ。慌てて旅館へと戻った上条は、海辺で刀夜と対峙する。オカルトなどに手を染めたのかと詰問する上条に、刀夜は彼の不幸を取り除くために行なった過去の出来事を語り始める。そこに現れ、「標的」を抹消しようとするミーシャ。それを阻止しようとした神裂が、驚くべき事実を口にする――。『実験』の名のもとに次々と命を落としていく『妹達』。殺される運命を受け入れた彼女たちの姿と、なにより、過去の自分の行動により『実験』が成立している事実に、美琴は深く罪の意識を抱く。布束との再会を機に、美琴は計画に携わっている研究機関に対して、ただひとり、戦いを挑んだ。サイバーテロを仕掛け、直接、施設に忍び込み、打撃を与え続け――。そんな張りつめた戦いの裏側で、様子のおかしい美琴を心配する黒子。相談すらしてもらえない自分の無力さに悩みながらも、研究機関で相次ぐ不審火の報告を聞き、パトロールに出かけた彼女は、『幸運のカード』を探す子供たちと出会う。『最弱』の右拳によって、美琴のクローン『妹達』を巡る事件に幕が引かれ、再び平穏な日常が戻ってきた。寮監の厳しいチェックをくぐり抜け、美琴と黒子は時間外外出許可を取る。目的は、佐天の部屋で行われる勉強会(実はその本質は『鍋パーティ』なのだが)に参加するため。夕方の待ち合わせまで、それぞれの自由な時間を楽しむ。美琴は、『妹達』が収容されている、カエル顔の医師の病院を訪れていた――。『座標移動(ムーブポイント)』の能力を持つ少女・結標と対峙する美琴の姿を見、その言葉を聞いてしまった黒子。美琴の世界を守るべく、逃亡する結漂を追いつめ、戦うことを決意する。一瞬の攻防が勝敗を決する『空間移動(テレポート)』能力者同士の戦い。結託し、『樹形図の設計者(ツリーダイアグラム)』を復元を目論んでいるというその計画に、同じ高レベル能力者として黒子を誘う結標。大覇星祭でとある約束をとりつけ、ご機嫌な睡眠と素敵な夢を満喫する夜を送っている美琴。同室の黒子は、毎夜発せられる愛すべきお姉様の甘美なる寝言に身もだる、眠れぬ夜を送っていた。退院した一方通行(アクセラレータ)と打ち止め(ラストオーダー)は、芳川の知り合いの元に預けられることに。特殊な力を持つふたりが案内された先は、研究機関とは程遠い、ごく普通の教員--『警備員(アンチスキル)』黄泉川愛穂の家だった。散々なイタリア旅行から帰国した上条は、土御門や青髪と他愛のないバカ話に興じてみたり、不用意な一言から吹寄にバイオレンスな一撃を食らったりと、平和な日常を過ごしていた。そんな彼のもとに、美琴からある連絡が届く。今年もボーナス争奪戦の季節がやってきた。田中にパンツ食べさす計画会議、通称TPT会合が開催された。いくらなんでもパンツは食べないだろうと思われたが、入念な事前仕込みにより田中は究極の空腹状態を迎えていた。上野さんは、満を持して非常食兼用パンツ「パンティロッティ」を差し出した!!荒ぶる季節の乙女どもよ。ひと葉は山岸に迫ってみるも、簡単にあしらわれてしまう。お風呂でのぼせてしまった和紗は、新菜に介抱してもらうが、新菜の焚きつけるような口調に乗せられ険悪なム―ドに。ケンカになりそうになったその時、り香が止めに入り、とあることを提案する。私の夫の名前は惣一郎です。死んでしまいましたが、私の心の中に生きています。惣一郎さん、あなたとの楽しかった日々を、私は決して忘れません。押し入れで見つけた、私の高校時代の制服。懐かしさにかられて、ふと着てみたのが不幸の始まりでした。日曜の午後、仮装大会で盛りあがる一刻館。近所の居酒屋で、五代さんと坂本さんがアルバイトを始めました。土地のセールスをしているサラリーマン・佐保民夫(37)は、一件の契約も取れず、仕事をサボって昼間からサウナ通い。ナマケモノのような生活に憧れる佐保は、喪黒からもらったナマケモノの呪術人形を抱き、ますますナマケモノに近づいていく...。喪黒から高給アルバイト情報ばかりが載った雑誌をもらった大学生・筒井伸一(20)。アルバイト代で麻雀のツケを支払った筒井だが、調子に乗って「レートを上げた麻雀をやろう」と言い出す。その様子をヤクザが見ていて...。(48)に、喪黒は隣のビルで居眠りをしている窓際族の窓辺を引き合わせた。窓辺は日眞賀と瓜二つ。喪黒は、のんびりしたい日眞賀と、バリバリ働きたい窓辺とを入れ替えようとするが...。花屋の店員に恋するも、話しかけることすら出来ないフリーアルバイター・産名八太(21)。そんな産名のために、喪黒はロマンチックなお膳立てを設定する。月下美人の花が咲いたとき、産名は思い切って彼女に告白するのだが...。ゴルフが大好きだが下手クソのサラリーマン・白玉教一(44)は、喪黒から魔法のクラブをもらう。これを使うとスーパーショット連発で本人も周囲もビックリ。いつも自分を馬鹿にしていた部長の悔しがる姿を見て、白玉は悦に入るのだった。調子のいい高校生に出会ったんだ。どこかで見たことあるなぁと思ったら田中兄ちゃんの弟だった。私のために縁談を断るという三鷹さん。それがどうしてか、断りきれないと言ううちに、今度は突然のプロポーズです。...胸が苦しくて...。五代さんの就職を心配して、ゆかりお婆ちゃんが上京してきました。肝心の五代さんは、会社訪問が思わしくないみたい。宴会で奇声を上げたと思ったら、今度は泣きだして...。私...雨が降ると、思い出すことがあるんです。あのころはまだ高校生で、初めての恋に無我夢中。それなのにどうして今、惣一郎さんはいなんでしょう...。泣いてくれているんですね、空の雲も...。茜さす秋の時計坂を登っていくと、惣一郎さんのことを思い出します。白い犬を連れてきた時、夕陽に映えたあなたの姿に。今はその白が惣一郎さん。焼鳥の匂いにつられて、いなくなってしまうなんて...。会社の紹介状を持って、八神さんのお父様が再びお見えになりました。いえ、きっとそれでいいんですね...。あなたの仕事を決めるのは、あなた自身ですもの。それで結婚を決意したという三鷹さんは、私にお別れの言葉を残してくれました。あなたもどうか...お幸せに。あの、三鷹さん...。テレビプロダクション勤務の常仁一人(25)は、女性同伴という条件で同僚から食事に誘われる。彼女のいない常仁は、喪黒に女性を紹介してほしいと頼む。約束の日、常仁が連れて来た女性は、同僚たちも驚くほどの絶世の美女で...。部屋が汚いファッション・デザイナーの真知子(29)に、喪黒は家政婦としてキャサリンを紹介。彼女のおかげで部屋は片付き独立の話も決まるなど、良いことが続く。キャサリンがいると何も出来ない女になると思った真知子は、彼女を追い出してしまう。会社でも家庭でも心の休まる時がないサラリーマンの須藤(45)。喪黒は須藤をストレスから解放させるために、短期間だけのホームレス生活を紹介した。毎日のんびり暮らす須藤に、喪黒は社会復帰を勧めるのだが...。家が手狭になったサラリーマンの宇佐木(39)は、喪黒の提案で家族を田舎に住ませ、自分は東京の家から通勤することに。ある週末、宇佐木は仕事で田舎の自宅に帰れないと電話をするが、何度かけても誰も出ず宇佐木は不安になる。