(基地)に創設された3自衛隊で初の特殊部隊だ。陸海両用の各種特殊作戦部隊とされ、陸上自衛隊の特殊作戦群と同様、質技量ともに一般隊員をはるかに上回っている。外国船舶に対する臨検があるが、近年では日本人拉致を公然と行う北朝鮮政府への対応の必要性や、国際協力としての海賊対処のための活動も挙げられる。(海上自衛隊ソマリア派遣部隊物語)また、海上自衛隊にはレーダーなどを用いて海峡などを行き交う外国艦船の監視警戒を行なう「警備所」があり、重要施設を敵軍のゲリラ・コマンドゥ攻撃から警備するためにも特殊部隊の必要性が議論されていたなかでのSBU創設であった。直接のきっかけは『不審船事件』と自衛隊史上初の海上警備行動の発令だった!1999年に発生した不審船(工作船)事件が大きくかかわっている。当時の工作船事件の詳しい解説は以下のページで行った。