[善悪の彼岸]のエンディングから一年後。主人公、シオン・ウヅキは自分の所属する組織、ヴェクター・インダストリーがグノーシス現象の原因に深くかかわっている事に気づいてしまう。そこでヴェクターを退社した彼女は反U.M.N.を謳う地下組織“スキエンティア”と手を組みヴェクターの企みを明るみにしようと独自に活動を始めるが、そんな時KOS-MOS開発計画の中止が決定したという話を耳にする。開発が中止されるKOS-MOSの代わりとして謎のアンドロイド、T-elos(テロス)が現れる。T-elosの陰にちらつく様々な疑惑と陰謀。宇宙の――人類の未来はどこへ向かうのか。