プロトコルクローニング操作IMCは、コンピュータ上でクローニング実験のシミュレーション(インシリコ実験)を実行することができます。インシリコ実験の結果生成される生成物はそのまま次のインシリコ実験に使用することができます。IMCでは制限酵素によるDNAの断片化、PCR増幅、ライゲーション、ゲル電気泳動などの一連のクローニング実験をシミュレートできます。これを「インシリコクローニング」実験と呼んでいます。これらのクローニング実験は環状DNAに対応しています。環状ゲノムの任意の部位で継ぎ目なくクローニング実験が可能です。この機能はGenomeTravelerにも実装されています。Artisteer.。