フルダイブ機能を排除しAR機能を最大限に広げた次世代デバイス≪オーグマー≫が爆発的にヒットした。その人気を牽引したのは≪オーディナル・スケール≫という専用ARMMORPG。アスナたちもプレイするそのゲームに、キリトも参戦しようとするが......。2022年、次世代ゲーム《ナーヴギア》が開発され、仮想空間へのフルダイブが実現した。《ナーヴギア》初の本格的なVRMMORPG「ソードアート・オンライン(SAO)」は世界の注目を浴び、「SAO」正式サービス開始日、プレイヤーのひとりであるキリトは仮想世界を満喫する。「SAO」の開発者・茅場明彦は、全てのプレイヤーたちにこう宣言する。このゲームはクリアするまで脱出不能、そしてゲームオーバーは現実での死を意味する、と。予選第一回戦で勝利したキリトの戦いぶりを見て、「本物か?」と問いかけてきたボロマント姿の男。《SAO》に存在した殺人ギルド、《ラフィン・コフィン》のタトゥーをしたその男は、キリトに「いつか殺す」と言い残し、姿を消した。ボロマントの男との接触で、《SAO》での死闘を思い出したキリトは、そのトラウマに苦しめられる。そんな中、互いに予選を勝ち進んだキリトとシノンが、Fブロック決勝で対戦するが......。菊岡から呼び出された和人は、日本で唯一プロゲーマーが存在する人気のVRゲーム《ガンゲイル・オンライン(GGO)》にまつわる、奇妙な事件について聞かされる。《GGO》の有力プレイヤー2名が、《死銃(デス・ガン)》を名乗るプレイヤーにゲーム内で銃撃された後、いずれも謎の死をとげたというのだが......。ボロマントの男は《SAO》からの生還者で、殺し合いを繰り広げた相手かもしれない......。そんな思いにとらわれ苦悩を端々ににじませるキリトを、妹の直葉は心配する。キリトへのいら立ちが収まらない詩乃は、恭二を相手にキリトの悪口をまくし立て、大会本戦で倒すことを誓う。シノンのクールな戦いぶりに憧れめいた感情を抱く恭二は、いつになく熱くなっている詩乃を彼女らしくないと感じるのだった。アスナは《SAO》屈指のギルド≪血盟騎士団≫の副団長として最前線に立ち、攻略は第五十九層まで進んでいた。ンスターが侵入できない町の中《圏内》でカインズという名の男性プレイヤーが死亡した。ところ、デュエルによる《PK(プレイヤーキル)》は不可能な状況だった。事件の調査に乗り出す。アスナとパーティーを組んだキリトは、第74層の迷宮を突破してボス部屋を発見する。2人は攻略情報を得ようとするものの、手強そうなボスの姿を目にするや即座に撤退。引き返した≪安全エリア≫で、≪SAO≫随一の巨大ギルド≪軍≫の一隊と遭遇する。隊を率いる男・コーバッツの要求に応じ、キリトは気前よくボス部屋までの情報を提供。同時に、安易にボスへ挑まないよう忠告するが、コーバッツはキリトの言葉に耳を貸さず......。エギルの店に呼び出された和人は、エギルが差し出したVRMMORPG「アルヴヘイム・オンライン(ALO)」のキャプチャ画像に目を奪われる。その画像にはアスナと思しき女性が映っていたのだ。《ALO》の開発会社は須郷が所属するレクトだと知り、和人はアスナがゲームの中に囚われていると確信。キリトの名で《ALO》にログインしたところ、新しく作成したキャラクターはなぜか《SAO》のデータを引き継いでいた。《BoB》本戦に《死銃》とボロマントの男が出場していると考えるキリトは、本戦開始までの時間を利用してシノンに情報交換を持ちかけ、参加者を探ろうとする。予選第一回戦の後、様子がおかしくなったキリトを見て何か訳アリだと察していたシノンは、事情を話すようキリトに迫り、彼が《SAO》からの生還者であることを知る。そのような中、いよいよ大会本戦の火蓋が切って落とされ、直径10kmの広大なフィールドを舞台にした、30名のプレイヤーによるバトルロイヤルが始まる。