ネットワークのレイアウトCytoscapeによるネットワーク可視化Cytoscapeは1990年代から継続して開発されるネットワーク可視化ツールです。タンパク質相互作用ネットワークを表示するために作られたのでCytoscape(当時はNetscapeブラウザが隆盛だった)と名付けられました。画像が美しいので次第に多くのユーザに使われ、JavaScriptによるウェブ版もできました。使われているか確認してください。環境確認バッチファイルが用意されています。インストールしましょう。Oracleは無償サポートを廃止するため、あまりお薦めしません。AdoptOpenJDKをインストールする際に、JAVA_HOME等を自動設定するスクリプトをONにすると楽です。ネットワークの読み込み初期画面でサンプル例を選ぶとすぐにネットワークを見られます。自前のデータはタブ区切りテキストやExcelファイルからでも読み込め、Excelの場合は頂点とするカラムを指定できます。yFilesレイアウトとあるのは、yFilesという描画パッケージに基づくもの。アトリビュートと呼ばれる特徴(次数などの中心度)に基づいてソートすると便利。次数の大きな頂点や次数相関をみられる。力学モデルに基づくレイアウト。Prefuseとは同名の描画Javaパッケージのこと。Metabolomics.JPDisclaimers。