超大国ブリタニア帝国に占領された日本=エリア11。そこに生きる二人の少年、ルルーシュとスザク。「ギアス」の力を手に入れ、世界を壊そうとするルルーシュ。ナイトメアフレーム「ランスロット」を操り、世界に理想と真実を求めるスザク。二人の対照的な生き方は、やがて帝国を揺るがす大きなうねりとなっていく。テレビシリーズ全50話を劇場3部に再編集。全編新規アフレコにて、堂々の復活。仮面の反逆者ゼロとして、反ブリタニア勢力・黒の騎士団を増強していくルルーシュと、第3皇女ユーフェミアの騎士に任じられるスザク。それぞれに力をつけていく二人に運命の転機が訪れる。エリア11副総督としてユーフェミアが行政特区「日本」の発足を発表したのだ。行政特区日本の実現は、黒の騎士団の存在意義の消失を意味する。状況を打開するため、ルルーシュはユーフェミアとの面会を試みる。守りたいもののために決めた覚悟。世界最大の国家・神聖ブリタニア帝国と黒の騎士団が激突する。それはルルーシュ=仮面の男ゼロの計略通りであった。唯一の計算外がルルーシュを惑わせる。第2皇子シュナイゼルは、黒の騎士団に接触。彼らの統制を揺るがすゼロの秘密を扇や藤堂たちに明かす。戦乱は一層激しくなり、あらゆる人々の怒りや悲しみ、執着や願いを飲みこんでいく。未来のために今、なすべきことは何か。それはゼロ・レクイエム。憎しみで塗り込められた旧時代を葬り去り、新たな時代を拓くための祈り。ルルーシュとスザクの物語は衝撃の明日を迎える。すべてはルルーシュとスザクの約束の為に。さよならスザク、さらば戦いの日々。ナナリーは生きていた。最悪の敵としてルルーシュの前に現れた。恐るべきは策士シュナイゼル。ゼロレクイエムを成就させる為に。窮地の中で、ロロにある取引を申し出たルルーシュ。そんな絶対的に不利な状況の中、宿敵であるギルフォードの前に、ついにゼロが姿を現して...。V.V.によって復活したジェレミア・ゴットバルト伯爵がトウキョウ租界に現れた。トウキョウ租界の決戦は多くの犠牲者を出してしまった。その混乱を突くかの如く、そのイカルガにブリタニアの特使が訪れた。世界は変貌を遂げようとしていた。超合集国とブリタニア帝国。今、ルルーシュ変貌の秘密が明かされる...。戦場と化したバベルタワー内で激戦を繰り広げる黒の騎士団の前に出現した謎のナイトメアフレーム。その脅威の戦闘力に黒の騎士団は、絶体絶命の窮地に追い込まれて...。バベルタワーの大混乱に乗じて黒の騎士団残存部隊は、脱出に成功した。復活したゼロは、「合衆国日本」の再建を宣言する。それに対し、捕らえていた黒の騎士団主要メンバーの処刑を通告するブリタニア軍。その処刑までに残された時間は後わずかだが、監視の目があるために自由に動けないルルーシュは...。