この訊問の様子は、高杉晋作あての手紙に詳細に語られている。それによると要点は二つで、第一は安政三年十二月に梅田源次郎(雲浜)が長州へ下向した際にひそかに面会しているが、何を話し合ったのかということであり、第二は、御所内に落文(おとしぶみ)があり、その筆跡が松陰のものに似ていると梅田雲浜などが言っているが、これについて覚えがあるかということであった。長州の人ともいろいろ面識ができたので一度長州を訪ねたいと思ってやって来たのだということで、禅を学べなど学問的な話をしたにすぎない。梅田は尊大な性格で他人を見下すところがあり、私はその人柄が好きでなく、彼と行動を共にする気は全くないと答えている。内に投じればいざ知らず、自分でそのようなことはしない。その間は幽囚の身で、隣家にさえ行っていないことは萩中の人が知っていることである。他人にさせるような卑怯(ひきょう)なまねもしないし、やるなら自分で堂々と事を行なうと主張。落文というけれど一体どういう内容で、どのような紙に書かれたものなのかと、逆に問い正す。このため奉行が落文の数行を読み聞かせ、紙は竪(たて)の継立紙(つぎたてがみ)であると答えたのに対して、松陰は、私はいつも藍(あい)色の罫(けい)を引いた紙に楷書(かいしょ)で書くので、それ以外ならば私のものではない。「非なり非なり」と強く否定する。以上で終わるならば、幕府も松陰にさしたる罪状を認めるわけにいかなかったであろうが、その後の松陰の申し立てが彼の運命を決することになる。私は梅田などと行動を共にしようとは思わない。私は私でもっと別のことを行なってきたと述べる。その後の様子は、高杉への手紙によると次の通りである。「奉行亦耳を傾けて曰く、『是れ鞫問(きくもん・罪を問いただすこと)の及ぶ所に非ざるなり。然れども汝一箇の心赤(赤心・まごころのこと)、汝の為めに細かに聴かん、縷述を厭(いと)はざるなり』と。余乃ち感謝再拝し、因って応接書(外国との外交文書)を諳誦し逐一弁駁(べんばく・相手の意見を攻撃すること)す。奉行色を動かして曰く、『汝蟄居し国事を詳知するは怪しむべきなり』。余曰く、『寅(松陰のこと)の親戚読書憂国の者三数人あり、常に寅の志に感じ、寅の為めに百方探索し以て報知を致す。是れ寅の国事を知る所以なり。寅死罪二あり、皆當に自主すべし。他人に連及する心甚だ之れを惧(おそ)る、敢へて陳ぜざるなり』、奉行温慰して曰く、『是れ大罪なきなり、之れを陳ずるを妨げず』。述べ、後日委細に究明ということになり、伝馬町の獄舎に下されるのである。