「戦争のない世界を作るって言ってたじゃないか!」アラタの叫びにセレディは、戦争は決してなくなることはない、と断言する。世界を変えることができるのは、オーバーロードを持つものであり、一緒に世界を変えようというセレディ。アラタはオーバーロードを解除し、セレディを倒すために最後の力を振り絞る!アラタを援護するムラク、ヒカル、ハルキ。ドットブラスライザーの強烈な一撃がディ・エゼルディに叩きこまれる――!「あいつを止めなきゃ!」コントロールポッドを飛び出し、セカンドワールドへと向かうアラタ。ところが、セレディは想像を絶する姿となっていた...。新しい朝を迎えたその日、アラタの決断に全員が驚きを隠せずにいた。生徒たちはそれぞれの決意を胸に、新たな道を歩み出す――。第36話「最終決戦」2013年12月18日放送セレディがウォータイムの開始を告げた。世界連合軍、ワールドセイバー双方にくだされた指令は、セカンドワールド侵入者の排除。攻撃目標としてモニターに映しだされたのは玲奈だった!「セレディの命令など聞く必要はない」ハルキの指示のもと玲奈を救出するためアラタたちは再びセカンドワールドへと出撃する。立ちはだかるカイトのLBXを撃破した直後、アラタは得体の知れない気配を感じる。その瞬間、ドットブラスライザー・ジーエクストが突然の攻撃を受けた。それは、セレディへの恨みを晴らすために現れたキョウジのグルゼオンだった。オーバーロードを発動したキョウジの攻撃に圧倒されるアラタ。その時、ドットブラスライザー・ジーエクストを守ろうとしたゲンドウのオーヴェインが、グルゼオンに破壊された!コントロールポッドにガスが充満し、ゲンドウの命を奪い去る。怒りが頂点に達したアラタは、ついにオーバーロードを発動させた!だがそこに、今度はディ・エゼルディが立ちはだかる――!第35話「箱の中の戦争(リアルウォーズ)」2013年12月11日放送セレディの攻撃によって、世界連合軍の多数のLBXが破壊された。同時に、ロストしたプレイヤーのコントロールポッドにガスが充満し、無数の悲鳴が飛び交う!その様子に言葉を失い呆然とする玲奈やジン、そしてアラタたち。ワールドセイバーとの激しい戦いを繰り広げる中、ウォータイムの終了が告げられた――。生き残った者達は、すぐにロストしたプレイヤーのコントロールポッドに駆け寄るが、そのハッチは開くことはなかった・・・。仲間の死を目の当たりにして、誰もがセレディとの戦いに恐怖を感じていた。オーバーロードの影響で極限状態のアラタは、それでもオーバーロードを使ってセレディと戦おうとする。ジェノック司令室で一人佇む玲奈の前に、不意にキョウジが現れた。「美都博士のところ、行けるぜ」キョウジの言葉に不信感をあらわにする玲奈。それでも、玲奈はキョウジに案内され、セカンドワールド内部へと進む。その頃、セレディは次のウォータイムを始めようとしていた。その攻撃目標は、美都玲奈であった!!第34話「本当の戦い」2013年12月4日放送アラタが目を覚ますと、そこにはジェノックのメンバーが揃っていた。「カイトは!?」カイトとのバトルを思い出したアラタだったが、カイトがワールドセイバーの一員になったことを知りショックを受ける。仲間だったカイトとは戦いたくない。誰もがそう思っていた・・・。セレディに勝つためにはオーバーロードが必要だと言い張るアラタに、ジンはオーバーロードを続けると精神崩壊の危険性があると伝える。翌日、セレディがウォータイムの開始を告げた。戦いの場所は、ロストエリア!美都博士の命を救うためにもワールドセイバーとの戦いは避けられない。世界連合軍とワールドセイバーとのバトルが始まった!ドラガンゼイドの進化型・サイロンガーダーに狙われたキャサリンを助けるため、リクヤ、ロイ、アカネの3人がロストした。その瞬間、3人のコントロールポッドから煙が立ち込め、悲鳴が聞こえる!ロストすると毒ガスが発生するセレディの罠だった!その様子を見て不敵に微笑むセレディ。神威島がセレディたちによって占拠された!潜水艦から現れた無数の兵士たちに取り囲まれ、銃を突きつけられるアラタたち。セカンドワールドを24時間稼働させ、ウォータイムの開始と終了はすべて自分の意志で決定するというセレディ。それは生徒たちに必要以上の緊張状態を強いるだけではなく、セカンドワールドの一部となっている美都博士の命の危険もあった。そんな中、ドル・ガルーダの爆発とともに消え去ったと思われていた3つのパラサイトキーは、パーフェクトマスターキーとしてファントムの中に存在していることが判明した!ロストエリアへと向かうセレディをドットブラスライザーで追うアラタ。その行く手をファントムが阻む!オーバーロードを発動させて戦うアラタだが、次々と増援されるワールドセイバーのLBXを相手に、体が限界に近づく。その時、バル・スパロスがアラタの前に現れた。「僕はセレディ先生についていく」カイトはワールドセイバーの一員となってしまった――!ロストエリアへと侵入したセレディは、美都博士の姿を確認した。セレディはついにアンダーバランスを手に入れた!!第32話「世界が変わる時」2013年11月20日放送テロを正当化するセレディに激しい怒りを覚えるアラタは、ドットブラスライザーで連続攻撃をくりだすが、ファントムはそれをことごとく躱す。「アラタ!合体だ!」サクヤの声に素早く反応するアラタ。ドットブラスライザーは、ドットフェニックスと合体して「ドットブラスライザー・ジーエクスト」となった!ドットブラスライザー・ジーエクストの必殺ファンクション「真刀・カムイ」がファントムを狙う。その巨大なビームソードはドル・ガルーダの船体を切り裂いた!そのままドル・ガルーダは大爆発を起こし、3つのパラサイトキーも消え去る――。パラサイトキーは消えてしまったが、美都博士を救出する方法を模索するアラタたち。セカンドワールドが必要なくなれば、学園の存在意義もなくなってしまう。存続させる方法を考える。セレディとエゼルダームの生徒たちは退学処分となった。「頼むみんな!力を貸してくれ!」全校生徒に向けた校内放送で、アラタは力の限り叫んだ。エゼルダームとの戦いを決めたアラタたちは、全仮想国の生徒たちに協力を呼びかける。集まった各国の小隊長たちを前に作戦を説明するハルキ。地上に配置したロシウス、アラビスタなどの部隊が敵LBXを陽動。その間にジェノックとハーネスの全小隊が、エゼルダームの空中空母ドル・ガルーダにクラフトキャリアから上陸する「奇襲降下ミッション」だ。生徒だけによる戦いの準備は夜を徹して行われ、その熱気は衰えることなく決戦のウォータイムを迎える――。ロストエリアに近づいたドル・ガルーダから次々とLBXが発進していき、ジェノックとハーネスの各小隊が着艦に成功する。ところが、ドットブラスライザーの前にグルゼオンが現れた!グルゼオンのパワーに圧倒されるドットブラスライザー。キョウジは、オーバーロードを発動していた!その時、サクヤが開発したドットブラスライザー専用支援機「ドットフェニックス」が、グルゼオンに強力な一撃を与えた!!第30話「セレディの正体」2013年11月6日放送リクヤのLBXが綾部によって持ち去られた。セレディ、そして綾部さえも、世界中で爆破事件や誘拐事件を起こしているテロリスト集団「ワールドセイバー」の一員だったことが判明した。はじめとした機密情報が記録された「アンダーバランス」。校内放送を使って、セカンドワールドを支配者層から世界を解放すると言い放つセレディ。セレディは驚愕の事実を玲奈に突きつけける。教師となった理由は、神威島で消息を断った父親、美都英輔の手がかりを探すためだった・・・。セカンドワールドを守る意味があるのか?生徒たちの間に不安と疑念が入り混じり、何を信じていいのか分からない状態になっていた。アラタでさえもウォータイムへの参加に戸惑いを隠せない。「俺たちは俺たちの戦いを戦う。自分たちの判断で」ムラクの言葉にアラタの気持ちが揺れる。バイオレットデビル」2013年10月30日放送ムラクたちのジェノックへの配属をアラタだけではなくクラス全体が歓迎した。自分が製作したガウンタ・イゼルファーが、アラタたちのLBXに負けたことがメカニックとして許せないカゲトは、誰の力も借りずムラクのための新型機体を開発すると言い放つ。入学以来、カゲトのメカニックとしての技術力に注目していたキヨカは、本音で語り合うことでカゲトの心を開き、その開発に協力する。数日後、ウォータイムのブリーフィングに遅れてきたカゲトが見せたのは、ついに完成したLBXマグナオルタス!今回のミッションは、エゼルダームの拠点となってしまった、旧ローズシティ、要塞『ジーク・ギガンテス』の制圧。第1・第3、そしてマグナオルタスを手にムラクたち第6小隊が出動した。ところが、主要部隊がいないと思われていたジーク・ギガンテスにキョウジたちのLBXが姿を現す!リクヤのLBXにパラサイトキーが存在することを知ったキョウジたちが、一斉に攻撃をしかける。リクヤのLBXを必死で守るジェノック各機。多くの戦力を失ったロシウスは、当面の間、領地の防衛に専念することになった。そんな矢先、ロシウスの拠点・ローズシティにバンデットが現れた!狙いは、パラサイトキーを持つワタルのLBX。ロシウスの生徒たちが倒される中、残ったグレゴリー小隊とムラク小隊、そしてワタルが必死に応戦する。その時、セレディが操作する謎のLBXによってワタルのLBXは破壊され、パラサイトキーが奪われてしまった!バンデット壊滅のためローズシティに向かっていたアラタたちは、ローズシティの所有権が移ったという情報から、バンデットの正体がエゼルダームであったことを知る。学園全体に動揺が広がり、ウォータイム終了後、各仮想国の司令官が集まる。「こんなことが認められるんですか!」クロスキー司令官がジョセフィーヌに詰め寄るが、子供による代理戦争であるセカンドワールドの事実を世間に公表するというセレディの脅迫によって、エゼルダームの行為は正式に認められてしまった。情勢が大きく変わるなか、ジェノックに新たな生徒たちが配属される。ダンボール戦機・テレビ。