三城の中で中心的な役割を果たしていた根小屋城は、城山の標高320mに位置する戦国時代の典型的な尾根城です。当地方でも最大の規模を誇る根知城は、信濃の国に対する越後側の最前線基地として重要な役割を担いました。城から眺めると、西に姫川、東から北に根知川が流れており、天然の堀をなしています。根知城はこの恵まれた自然条件を最大限に活用して築かれており、戦国時代の山城および館城の特徴をよく留めています。根知城の築城年代は明らかではありませんが、文献などからは上杉謙信以前の時代まで遡ることができます。城主は禰智(ねち)氏・村上氏・堀氏などが歴任したとされ、上杉景勝の時期には同盟関係にあった武田勝頼の弟、仁科盛信が根知城勤番を勤めました。入った堀清重は、慶長4(1599)年の上杉遺民一揆の際に根知城を廃し、糸魚川市一の宮に清崎城を築いたといわれています。現在見られる要害堅固な根知城の遺構は、村上義清が城主の時代に整えられたといわれています。義清は信濃の葛尾城主でしたが、甲斐の武田信玄に破れ、天文22(1553)年上杉謙信に援助を求めて来ました。永禄8(1565)年、謙信は義清を根知城主に任命し、根知城の守りを固めました。義清は、ついに信濃の地に戻ることはなく、根知城で亡くなりました。殿屋敷と称する郭跡を中心に、郭跡17、削平地201、掘切16、堅堀15というように大規模な城郭跡を残しており、新潟県の史跡に指定されています。あり登山道(急な登りもあります。