ピースウォーカー攻略GEMANIフルトン回収した敵兵や捕虜の配置ミッション中にフルトン回収システムによって回収した敵兵や捕虜は最初は待機室に送られる。そこから、各班への異動を行い、マザーベースを発展させていく。それぞれ、剣、レンチ、ナイフ&フォーク、カプセル、ファイルが目印となっている。研究開発班等の働きによって、武器やアイテムを強化、改良したり、新たな武器やアイテムを開発することができる。開発には、GMP(軍資金)が必要となり、開発するものによって異なる。開発する場合、条件が満たされていないと、開発ができない。ヘリ)も、ここで確認が可能。損傷している場合は、残り耐久値も確認できる。他者との戦闘アドホックモード等で、他の人との対戦が可能。ルールは、デスマッチや拠点制圧など。他の傭兵部隊(つまりは他の人のマザーベース)に、アイテムを送ることができる。届いた時の音楽まで設定可能。マザーベースの状態の確認マザーベースの現在の様々な情報が閲覧できる、いわゆるデータベース。他の紛争地域に、実戦部隊のスタッフを送り込んで、戦わせることができる。八つまで部隊を編成することが可能で、一つの部隊には八つのユニットを配置可能。部隊には、実戦部隊のスタッフ以外にも、大型兵器も投入可能。勝利すれば、GMPや新たなスタッフの入手、兵士の成長が行われるが、失敗すれば、兵器は壊れ、兵士は負傷、最悪死亡する。ちなみに、成功しても、体力がなくなれば上記のことはある。様々なアクセスポイントから、兵士を募ることが可能。志願兵を仲間にするために、CQCによって気絶させる必要がある。兵士の交換アイテム配達のように、スタッフも交換可能。交換する兵士は、トレード待機室に異動させておく必要がある。メタルギアZEKEメタルギアを開発することができる。ヒューイを研究開発班に入れておくことが条件。各AI記憶版を集めることで完成させることができる。以上のことが、マザーベースでできること。アイテムの開発、対戦しかできないが、ストーリーを進めることによって、できることが増える。