仮想マシンを移行した。上で動作していたものです。カーネルをゲストに使用すると時刻が進んでしまったり、遅れてしまったりする現象があります(このあたりはcoLinuxやXenなど、ハードウェアエミュレーションではなく準仮想化的アプローチのほうがホストとの時刻同期は正確です)。時刻同期機能(※2)の設定を行ったところ、今回のケースでは他のシステムと最大でも2~3秒程度のズレの範囲で維持できるようになりました(実際のところ、先走ったり遅れたりはしています...)。