根の先にできる膿の袋が大きくなると、ちょうどそれに相当する歯ぐきに"にきび"のようなふくらみができて膿が外へ出てくることがあります。クラウン(かぶせ)や、中のコア(芯)を外してもう一度根管内の拡大や洗浄を行いたいところですが、歯質が少なくなって再治療ができないときなどはエンドドンティック・マイクロサージェリーの出番です。当該歯の根尖相当部を最小限に切開し、マイクロインスツルメントを使用して清掃します。再発防止のため、根尖を一部カットします。マイクロスコープやマイクロミラーを用いて、歯の根の先から逆に根管を形成します。アメリカ発の特効薬であるMTAという特殊な薬剤で充填(逆根管充填)します。この空洞部にしっかり骨ができるよう、代替骨を埋めて特殊な保護膜でカバーします。最後は創部を縫合し、治癒を待ちます。