社伝によれば、寛平元年(889)真鶴岬の三ツ石に毎夜不思議な光が現れて海上を照らしました。平井の翁という人物が磯に出たところ、1隻の屋形船が漂着し、中に12体の木像と書状があったので、これを祀って鎮守としたことに始まるとされます。文和元年(1352)平井浄玄が浜に漂着した船にあった古仏像を祀ったとも伝えられます。古くは貴宮(きのみや)大明神と称しましたが、明治元年(1868)貴船神社と改称しました。明治6年(1873)郷社に列格。同10年(1877)真鶴の地主神である市倉明神、同18年(1885)淡島神社を合祀しました。大正12年(1923)関東大震災により社殿等全壊。復興に当たって境内を拡張し、昭和10年(1935)本殿を石段上の現在地に遷しました。同38年(1963)鉄筋コンクリート造の現社殿が完成、旧本殿は祖霊社とされました。7月27~28日に行われる例大祭「貴船まつり」は勇壮華麗な海上渡御で知られています。御朱印は社務所でいただきました。