闇ギルド「冥府の門」との激闘、そして育ての親である<火竜イグニール>との哀しい別れを経たナツは、更に強くなるべく、相棒のハッピーを連れて修行の旅へ出た。「妖精の尻尾(フェアリーテイル)」のマスター・マカロフは、何の前触れもなく一方的にギルド解散命令を出し、自身も行方をくらましてしまう。それから約1年・・・、ルーシィは記者見習いの仕事をしながら、大陸中に散らばったかつての仲間たちの情報を集めていた。惑星クレイから“使徒”を名乗るディフライダーたちが地球に降り立った。全てを滅ぼす“破壊の竜神ギーゼ”。ヴァンガードファイターたちよ、今こそ立ち上がれ。