見比べると、少なくとも構成は違ったのだろうと思っています。大きいと思われる、バイナリパッケージの置き場のftp://ftp.netbsd.org/pub/NetBSD/packages/current-packages/とftp://ftp.netbsd.org/pub/pkgsrc/packages/はホスト上で実態が同じディレクトリになっていました。ミラーにとっては大変なだけだから変えるべき、ということをだいぶ前に挙げていたのですが、それと今回の修正とが関連あるのかどうかはわかりません。結局個別に聞かないとわからないでしょう、という意味です。ftp://ftp.netbsd.org/pub/pkgsrc/のミラーIndex(es):DateThread。