国際情勢が緊迫する1960年代、強力なテレパシー能力を持つ青年チャールズが、金属を自在に操れるエリックとめぐり合う。ミュータントとして人類と闘うべきか共存すべきか、異なる信念を抱きながらも友情を深めたふたりは、世界各地のミュータントを仲間に迎え入れていく。戦時中にエリックの母親を殺した元ナチスの科学者セバスチャンが、ミュータント集団“ヘルファイアークラブ”を結成。セバスチャンが悪魔のごとき計画を実行に移したとき、チャールズとエリックはその野望の阻止に挑むが、過酷な運命は彼らの絆を引き裂き、人類との“共存”か“支配”か、という正反対の道へと導いていくのだった......。ポイント●X-MEN3部作の序章、すべての起源が明かされる!すべては、ここから始まった......。最新VFXを駆使したスペクタクルアクションと、各キャラクターが負う宿命と葛藤を描くドラマティックな悲劇。