核酸の突出末端は酵素によって平滑末端にすることができる。酵素によって平滑化後の配列が変わることがあるので注意。突出末端を平滑化するには、次のような酵素活性を利用する。合成活性と分解活性によって、生成される末端の配列が異なってくるので、断片のライゲーション時には注意が必要である。エキソヌクレアーゼ活性が同時に進行する。ポリメラーゼによるFill-inのためのdNTPが必要。(キットなら、バッファーは同梱されている。)5'→3'活性(▼部分)でfill-inされる。3'→5'エキソヌクレアーゼ活性(X部分)で削りこまれる。NucleaseはDNAやRNAの一本鎖部分を特異的に切断するエンドヌクレアーゼである。一本鎖である突出末端や、ループ部分を切断することができる。International。