電子密度図を描いてみるメッシュで電子密度図を描く動画を作成してみるPyMOLの使い方お絵描きプログラムの決定版、PyMOLの使い方を研究してみます。このプログラムは高機能な上に、PyMOLコマンドラインを使うのでとっつきにくいですが、基本を学べばそんなに難しくないと思います。このページではVer.1.1を基にして解説しています。GUIウィンドウで構成されています。GUI操作メニューなどはここから行います。コマンドラインやコンソールも備えています。PDBファイルやマップの読み込み、イメージの保存、各種設定などを行う際に使います。GUIビュワーとオブジェクトを操作するパネル、フレーム情報などで構成されています。図を描くときにはオブジェクトパネルとコマンドラインを駆使することになります。オブジェクトパネルに表示されているのは、座標オブジェクト、選択オブジェクト、マップなどがあります。そのうち、選択オブジェクトはselectコマンドで選択された原子の集まりです。描画の制御はオブジェクト名の右側のボタンで行います。167というように表記します。selection-expression原子を選択するときに使用する式です。使うと思われる一部を載せておきます。selectionsで確認できます。PyMOLのドキュメントでselection-expressionと示されている部分にはこの式を使います。セレクタ選択の基本となる単位です。このセレクタと後述する演算子で原子を選択していきます。対象とするオブジェクトを指定する場合はオブジェクト名を直接指定します。LYK残基名や残基番号は列挙することができます。コンマを含む式には括弧が必要になります。演算子selectionを組み合わせて複雑な選択を行うことができます。Prot2)Prot2のGLCの周囲4Å以内のProt1が選択される。GLCの周りの接触面のSurfaceを描きたい場合に使う。Macros)選択マクロを使用することで原子の選択をスラッシュで区切ったシンプルな書式で行うことができます。caと同じ効果があります。書式は以下の通りです。ID/残基番号/原子名このようになってますが、前および後ろは省略できるようです。ID/残基番号というように使用することができます。残基範囲の指定(12-18など)も使用することができます。SEGIDはあまり使う人はいないと(勝手に思ってますが)思いますが、CNSなどで使うATOMレコード末尾の部分で最大4文字まで指定できるそうです。まとめて選択するときに便利かもしれません。使わないときは省略可能です。/protA//a/12-18というようにスラッシュを続ければ省略できます。電子密度図を描いてみるPyMOLでは簡単に電子密度図を描くことができます。必要なものは以下のファイルです。FFT以上が揃ったらファイルを読み込んでおきます。ここではマップオブジェクトを2fofcとします。PDBを読み込んで電子密度を描くまでの手順はチュートリアルで解説しています。メッシュで電子密度図を描くisomeshコマンドを使います。図を描く基準となるSelection。Selection式でもSelection名でも可。あるメッシュオブジェクトを読み込む(1)か、新規作成(0)か。carveで調節できます。carve=2で描いたものは以下のようになりました。2これらの値を調節することで余計な電子密度が描かれなくなります。動画を作成してみるPyMOLは動画も簡単に作れます。右の図はX軸とY軸で回してみたものです。はじめの80フレームでY軸で1周させて続く80フレームでX軸で1周させています。x160movie.roll(1,80,1)movie.roll(81,160,1,"x")で作成できます。全部で160フレームなのでレンダリングすると結構時間がかかります(まあ、画像のサイズが小さいので10分程度ですが)。動画の作成を参考にしてみてください。