喫茶店ラビットハウスに住み込みで働くココアは、実家に写真付きの手紙を出そうと言い出します。喫茶店の一人娘・チノは恥ずかしがってカメラから逃げてしまいます。ラビットハウスに現れた白いフワフワしたお化け......それは自宅から逃げてきたシャロでした。なんでも彼女の家で怪現象が起こっていると言うのです。翌日、リゼや千夜にも相談して、シャロの家を訪れることになり......。美術の授業で絵を描いていたココアと千夜は、帰り道にチノとマヤとメグに出会います。彼女たちは写生大会と創作ダンスがあるのだと言います。ココアと千夜も協力して、まずは絵になるものを探しに行くことにしました。季節は巡り、みんなももうすぐ進級します。進級祝いに、とリゼに誘われて優雅なアフタヌーンティーを楽しみました。その翌日、なぜか妙にココアが張り切りだします。......はずなのですが待ちぼうけ。姉を探しに外へ飛び出したココアですが、なかなか見つかりません。一方のモカは公園でうさぎをもふもふしているのでした。朝からモカとパン作り勝負をしたココア。二人ともパンを作りすぎてしまったので、みんなで湖畔へピクニックに行くことになりました。幼い頃から姉に負け続きのココアは悔しさで落ち込んでしまっていて......。手洗いに慣れているシャロに指導してもらって、みんなで洗っていくのですが、喫茶店の制服には所々ほつれが......。そこでチノは制服のリニューアルを提案しました。ココアとケンカしたという千夜。クラス替えをまったく気にしていないココアにむすっとしてしまったそうなのです。話を聴いたシャロはリゼとチノに相談します。チノはラビットハウス、千夜は甘兎庵の跡継ぎ。ふたつのお店はライバルで深い因縁があったようなのですが、いったい何があったのでしょうか。ココアとリゼはシャロに話を聞きつつ、その因縁について調べていきます。部活動の助っ人として活躍するリゼ。彼女を応援していたシャロは、リゼから一緒に部活の練習に参加しようと誘われました。様々な部活を巡るなかで、伝説の『ミス・エメラルド』という人物の噂を耳にして......。リゼの誘いでココアたちは山に遊びに来ました。そこで、みんなで協力して釣りや山菜取りに行くことになりました。ココアは偶然、壁の絵から“シスト”という宝探しゲームの地図を見つけました。ココアはチマメ隊を引き連れて街を探索します。地図に記された謎を解きつつ隠された宝物を探す、4人の冒険が幕を開けます。この春から高校に通うべく新しい街にやってきたココア。道に迷って偶然に喫茶ラビットハウスに入るが、実はそこが彼女が住み込むことになっていた喫茶店だった。ラビットハウスの一人娘・チノ、アルバイトのリゼともすぐに打ち解け、ココアの賑やかな新生活が始まる。新しい学校への登校中にココアは和服の女の子千夜と出会う。和菓子に奇抜な名前をつける趣味を持っていたり、通う高校が同じだったりする千夜とすぐに打ち解けたココアは、早速休日にチノ、リゼと共にパン作りを始める。カップを買いにきたココアたちは、リゼの学校の後輩で、千夜と幼なじみのシャロと出会う。そんな中シャロがいかがわしい店で働いているのではないかと心配する千夜のため、ココアたちはシャロのバイト先に潜入することに。カフェ・ド・マンシーというコーヒー占いを見たココアは、チノにやり方を教えてもらいチノ・リゼ・ティッピーの運勢を占う。その後なぜかココア身に次々と不幸な事が起こっていき...。学校の球技大会のために千夜と練習をするというココアは、なぜか浮かない顔をしながら先にバイトを上がって公園に向かう。バドミントンの練習のために遅れて公園に行ったチノとリゼは、広場で倒れているココアと千夜を発見する。ココアが帰宅するとチノの同級生、マヤとメグがラビットハウスの制服姿で店の手伝いをしていた。マヤとメグはすぐにココアやリゼとも仲良くなるが、それを見ていたチノはなぜかもやもやする気持ちを抱き始める。チノの様子が普段と違うことに気付いたリゼ。ココアに聞いてみると、チノが楽しみにしていたパズルをほぼ完成させてしまったのが原因だった。姉失格だとショックを受けたココアは店を飛び出してしまい...。温泉プールに遊びに来たココア達は、シャロがリゼに泳ぎ方を教えたり、息止め勝負をしたりとプールを満喫していた。チノが歩いて帰っていると、公園の方から原稿用紙で作られた紙飛行機が飛んできた。その紙飛行機は小説家の仕事を辞めたという青山ブルーマウンテンのもので、チノはそんな彼女をラビットハウスに連れてくる。千夜の家でテスト前の勉強合宿をしているココアがラビットハウスにいないある日、マヤとメグがチノの家にお泊りに来る。店の手伝いをするチノ・マヤ・メグをみたリゼは3人合わせて「チマメ」と命名する。クリスマスマーケットでの買い物中に、ココア達はクリスマスパーティーの計画を立てる。クリスマス当日、ココア達にマヤ、メグ、青山さんも加わり賑やかなクリスパーティーが始まる。登校中にココアの異変に気付いたチノ。ココアは高熱で、リゼや千夜がお見舞いに来てくれたがなかなか熱が下がらなかった。夜になって切れてしまった風邪薬を求めチノは一人で雪道に出ていく...。喫茶店ラビットハウスへやってきたココア。うさぎの看板に釣られて入ったこのお店こそが、彼女が下宿することになる場所でした。リゼや千夜、シャロたちとすぐに仲良くなったココアはすっかり“木組みの街”の一員に。ラビットハウスの一人娘であるチノのことは本当の妹のように可愛いがっています。して迎えた二度目の夏。今年もチノたちと、たくさんの思い出を作りたいココアですが、神妙な表情で、キャリーケースを持って駅のホームにたたずんでいます。ココアはいったいどこへ......?マヤとメグも遊びに来てくれて楽しい時間が流れますが、ココアが抜けてどこかちょっぴり賑やかさの足りないラビットハウス。そんな中、チノは少しだけ勇気を出して、みんなを花火大会に誘ってみることにしたのでした。