バイオテクノロジー・データサイエンス、研究留学を中心に発信。22塩基ほどの小さな核酸ですが、生命科学において非常に重要な役割を担っています。この記事では、主にマイクロRNAの実験に携わる方に向けて、執筆時点で利用可能なデータベースやウェブツールをまとめました。まとめmiRNAの配列とアノテーションmiRBasemiRBaseはmiRNAの主要なリポジトリーで、全ての種の全ての既知miRNA配列とそのアノテーションが収集されています。https://youtu.be/K0jbUEHnjL8RfamRfamはRNAアノテーションのための統一システムで、miRNAファミリーについても情報が収集されています。(イントロンなど)にあるmiRNAとその宿主遺伝子に関する情報を宿主とするように設計された。構造ツールマイクロRNAの二次および三次構造は、特異的結合タンパク質による認識や他のRNAとの相互作用に重要です。代表的なmiRNA構造予測ツールにはViennaRNAとRNAstructureが知られています。マイクロRNAの発見ツール新規miRNAの発見は複雑ですが、さらなる生命現象の理解に向けて必須です。この目的のために様々なツールが開発されてきました。MiRscanMiRscanは線虫における保存されたmiRNAの同定のための使いやすいツールです。miRNAFoldmiRNAFoldはゲノム中のmiRNAを大規模に予測するための迅速なアルゴリズムです。(RNA-seq)データに基づいて新規miRNAを同定するいくつかのツールもあります。ChIPBaseChIPBaseはmiRNAを含む小分子RNAを制御する転写因子についての情報が集まっています。miRNAの標的予測TargetScanTargetScanは、配列の一致性に基づくマイクロRNAの標的となる遺伝子を予測するウェブツールです。PITAPITAもTargetScanと同様、有名な標的遺伝子予測ツールです。DIANA-TarBaseDIANA-TarBaseは実験的にマイクロRNAの標的であることが確かめられた遺伝子についてのデータベースです。miRecordsmiRecordsは実験的に確認されたmiRNAの標的遺伝子だけでなく、上記の予測ツールが出す標的予測遺伝子をまとめて表示できるツールです。miRNAと表現型との関連HMDDHMDDはキュレーション済みのヒト疾患関連miRNAを集めたデータベースです。miRCancermiRCancerは、がんとマイクロRNAについてのデータベースです。SM2miRSM2miRでは化合物とmiRNAについての包括的なデータを得ることができます。ENCORIENCORI(旧starBase)はmiRNA相互作用ネットワーク解析は一般的な研究方向であり,多くのデータベースは特定の型の相互作用を記録する。頻繁に使用されるmiRNA相互作用データベースは、miRNAと他のRNAおよびceRNAネットワークとの相互作用に関するいくつかのデータセットを統合する。関するデータベースです。ExoCarta細胞外miRNAは臨床応用に向けたバイオマーカーの有力な候補です。(ExoCartaはエクソソームに関しての情報源)。miRGatormiRGatorは、次世代シークエンサーによるマイクロRNA解析や、マイクロRNAの発現量などについてのポータルサイトです。まとめ最後に今回の内容をまとめます。ポータルサイト】生命医学をハックするをお読みいただきありがとうございました。生命科学研究は、研究手法が大きく前進したこととコンピューターの発達なども相まって、かつてないほどの勢いで知識の整備が進んでいます。ない方や、未来を担う学生さんに向けた情報発信をしています。2週間に1回のペースで、サイトの更新情報や、それらをまとめた解説記事をニュースレターとして発行しています。メールアドレスの登録は無料で、もちろんいつでも解除することができます。サイト名の「ハックする」には、分かってきたことを駆使し、それを応用して、病気の治療や研究などにさらに活用していこうという意味があります。切り傷や擦り傷といったケガの応急処置や三角巾の使い方について、この記事ではまとめました。新しくキャリアプランというカテゴリーを新設しました。この期間は12記事を投稿しました。3部門の個人・団体に授与されました。組織を透明化してより深くまで観察するということが、生命科学研究の現場で徐々に現実のものとなっています。【失敗原因の考察も】アガロースゲル電気泳動法は核酸のサイズを利用して分離する方法で、世界中の研究室で毎日行われています。病院を受診するとかかる医療費について、なるべく簡単に、でもなるべく網羅的に基礎を解説します。ついても、学術論文を生命科学トップのCell関連誌に筆頭著者として掲載。目指す学生の方に向けてお届けします。@biomedicalhacksサイトの記事をもとに加筆した月2回のニュースレターもメールで好評配信中。医学・生命科学の総合メディア。バイオテクノロジー・データサイエンス、研究留学を中心に発信。