組み込みXMLデータベースは、特定の機能を提供するシステムの一部に組み込んで使うことも可能だ。System)のようなシステムを構築する際、そのストレージ部分としてXMLデータベースを使うのは有効だろう。XHTMLで記述された文書をそのまま格納できるだけでなく、メタ情報も同時に扱える。仮にXHTMLが採用できず、従来のHTMLを用いる場合でも、変換は容易である。画像などのバイナリデータを格納することも可能なので、すべてのデータをXMLデータベースに一元化できる。ほかにもXMLデータベースを製品に組み込んだ事例として、ワークフロー管理システムがある。詳細については以下の記事「XMLデータベース“NeoCore”活用事例(1)」を参照してほしいが、ワークフローという常に変化する宿命にある業務アプリケーションでは、早くからデータ構造の変更に強いXMLデータベースが活用されているのだ。XMLデータベース“NeoCore”活用事例(1)~ワークフロー管理システムに必要な非定型データはXMLネイティブ・データベースでなければ扱えなかった~あまり表に出てこないが、パッケージソフトの機能を強化するためにXMLデータベースを組み込むというケースは、電子カルテや自動組版という分野でも増えてきている。今後は組み込み用途での使われ方はさらに増えていくだろう。