プログラミングPythonでファイルの読み込みや書き込みをする際にはopen関数を使うのが基本ですが、下に挙げるような少し複雑な操作をしたい場合には頭を抱えることになります。標準入力からも読み込みたい、ただし指定したときにはファイルからも読み込んでほしい。プログラミングPythonスクリプト内で外部プログラムを呼び出して解析を実行することが多々あるのですが、プログラムの中には出力先を指定するオプションがなくカレントディレクトリに結果を出力することを想定しているものがあります。プログラミングpythonでディレクトリ(フォルダ)下のファイルを一括で変更して通し番号を振るスクリプトを作ったので備忘録を兼ねてまとめます。バイオインフォマティクス複数のNewick形式の系統樹から樹形が同じものを抽出する必要に駆られたので備忘録を兼ねたまとめです。Python入門書で読んだきり忘れていた問題に、この度出くわしたので備忘録を兼ねてまとめておこうと思います。以下のようなPythonのコードを書いていました。バイオインフォマティクス与えられた配列ファイルをプログラムで処理する際に、ファイルのフォーマットを調べておきたいという場合がたまにあります。プログラミング新しい環境に変わるたびに必要なパッケージなどをインストール作業が段々と苦痛になってきたので、シェルスクリプト(bash)で自動化することにしました。Python依存関係を手作業で解消するのが面倒だったのでPythonにやってもらうことしました。「退屈なことはPythonにやらせよう」ですね。環境はUbuntuを想定しています。PythonPythonのmultiprocessingモジュールを試そうとしたらエラーが発生してしまったという話。問題のコードは下の通りです。PCPythonのスクリプト中で、ディレクトリ(フォルダ)が空かどうか確認してから処理を行いたいことがたまにあります。そこで、簡単に調べたところosモジュールのlistdir関数を使う方法と、globモジュールのglob関数を利用する方法があるようでした。PCオーソログ推定プログラム「OrthoFinder」は、推定したオーソロググループ配列を使用してそのまま系統樹作成まで行うことができます。詳しくはGithubのページに詳しい説明がありますのでご覧ください。プログラミングプログラムで自動で配列を集めてきたり、トリミングなどの処理を行ったりした場合に、予期せず全く同じ配列ファイルが違う名前で紛れてしまうことがあります。私のやり方がまずいのかもしれませんが。プログラミングFASTAファイルの配列が途中で改行され、複数行に渡っている場合があります。通常は問題ないのですがたまに不便なときがあるので、Biopythonを使って不要な改行を削除し配列行を一行にします。完成形のコードは以下のとおりです。バイオインフォマティクスGenbankファイル中のCDS情報から遺伝子のアミノ酸配列を抽出し、遺伝子ごとのアミノ酸配列が記載されたFASTAファイルを作ったまとめです。Genbankファイルの扱いはBiopythonを利用すると簡単です。PythonPythonは初心者にも分かりやすくノンプログラマーの身としてはとてもありがたい言語なのですが、変数と文字列を組み合わせる方法については、Perlなどの方が便利かなあと感じることが多々あります。プログラミングとあるプログラムをインストールしようとしたところ、Perlのモジュールが依存関係として指定されていました。Perlのインストールコマンドといえばcpanmですが、不慣れな身としては可能な限り使用を避けたかったのです。Pythonclassの初期化の際にあらかじめ出力ファイルを作っておき、他のメソッドがそのファイルに追記する形で利用したら便利かなという状況に出くわしました。Notebook上でRを利用できるようにしました。Rの開発環境としてはRStudioが有名ですが、私のノートPCだと画面が小さいので4分割画面を活かせないんですよね⋯⋯。NotebookにRを入れてみたハナシプロフィール取り留めのないブログですがお役に立てれば幸いです。(7)月別アーカイブスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。