Watersで効率的に修正した残基の温度因子をリセットするもっとCOOT!基本のキから急に飛びますが、COOTのもうちょっと実践的な使い方をメモしていきます。古いバージョンだと機能が不足している場合があるかもしれないので試したバージョン番号も記述しておきます(示したバージョンより古い場合でも使えるものもあると思います)。Distanceです。Zoneでモデル修正をするときには距離の値は変わりませんが、この機能を使うと、修正しながら距離を確認することができます。使い方に癖がありますが、以下のように使います。Distance]をクリックで選択状態に入ります対象となる2点の原子をクリック。Zoneでの移動中の分子中の原子を選択する」ということです。移動中状態でない場合は選択できません。Zone]中などでも使えるかもしれません。Toolsダイアログが開きます。OXTなどがこちらに移動しました。その他、以前のバージョンでは分散していた機能が、まとめて使えるなったものです。今後のバージョンではこのあたりが充実してくる予感。Moleculeのなどがありましたので、いくつか試してみました。Ligandsリガンドと思われる電子密度を探してくれます。この機能を使うためにはあらかじめリガンド分子を読み込んでおく必要があります。対象となるマップマスクとして使用する分子(通常はタンパク分子ですね)既に置いてある水分子をマスクとするか無視するか検索するリガンド分子(複数可のようです)とFlexible検索を行うかマップのシグマレベルです。置いていたリガンド分子で試してみたところ、2つ見付けて、ひとつはまあまあの位置(もともとが怪しいのですが)、ひとつはヘンなところでした。分子構造をFlexibleとして検索できますが、これには分子のCIFライブラリが必要になりますので特殊な場合はMAKECIFで作成してください。Flexible検索は単純検索に比べて少し時間がかかるようです。Transペプチド結合のCisとTransを変換することができます。Peptideよりも大きく変化します。Here対象となる電子密度にヘリックスを置きます。どの程度役に立つのかは不明。[Modelling]にあるところが開発途上な感じがします。build1716COOTを使用していると突然プログラムがクラッシュすることがあります。この際のダメージを最小限に食い止めるためには時々ファイルを保存することぐらいしかないと思いますが、もうひとつ被害を食い止める方法があります。それがバックアップファイルです。同じディレクトリでずっと作業をしているとCOOT終了時に「古いバックアップファイルがたまったが削除してよいか?」というようなことを聞かれることがあります。これがバックアップファイル群です。古いファイルは置いておいてもそんなに意味はないと思いますが、最新のものはクラッシュしたときの救世主になります。モデリングで分子を操作したときごとに現在のディレクトリのcoot-backup以下に保存されます。ファイル名は、_disk_data_dobuo_mutant_CCP4i_090629-4_refmac1.pdb_Mon_Jun_29_14:51:53_2009_modification_0.pdb.gzというような名前になるはずです。クラッシュしたときの最後の修正はこれをgunzipで展開してから使えば元に戻すことができるはずです。Waters]コマンドです。このコマンドは拾った水分子に対して条件を指定することで余分な水分子をチェックまたは削除してしまうという強力なツールです。指定でき、必要に応じてパーシャルまたは0のoccupancyを持つものを無視することもできます。AND/ORにも対応!参考までに私の使い方の例を載せておきます。Waters]で水を拾う。データの状況にもよりますが私は大体、Fo-Fcマップを使い、シグマレベルは3、最短距離は2.3Åで最長距離は3.3Åにしています。このあたりはお好みで。続いて通常通りチェックして追加するなり減らすなりします。REFMACなどを流す。ここまでを満足できるぐらいまで繰り返します。このあたりは通常通り。Watersの出番です。温度因子が60以上(データによって適当に)のものと、2Fo-Fcのシグマレベルが0.8以下のものを削除。削除するのが怖い場合はCheckしてから。それだけでだいぶ余計なものが削除されるはずなので、距離が2.3Å-3.3Åから外れるような水分子をCheckして、不要なら削除していきます。Infoから変更することが可能ですが、それを自動的に行ってしまう設定があります。20)というようにすれば動かした残基の温度因子の値をリセットすることができます。この設定を行って以降の移動に対して有効です。無効にするには0を指定します(ディフォルト)。