サラとシンはノーラら反統合同盟軍に捕らわれてしましました。頑なに口を閉ざすシンにノーラは自身が統合軍から受けた事を話します。「統合の名のもとにお前達が女子供に何をしてきた」と。「『統合』は正しい」という自分の信念が揺らぐシン。そこにターナー博士も捕虜に加わってしまいました。サラにとって因縁の場所で、3人の前にハスフォード博士が現れます。サラにとって忌まわしい過去の掟を破った出来事を皆の前で話し始めるのでした。博士の狙いは、サラの感情を昂らせ、鳥の人の首を呼び出すことでした。感情が不安定になったサラの周囲で岩が浮遊し始めたところに、イワノフとフォッカーが乱入し、首を呼び出すことに失敗する。フォカーは行方不明者の捜索のため、空中給油機による補給を受けていましたが、そこをイワノフのSV-51に襲われ、空中戦に突入ていたのでした。被弾したフォッカーのVF-0が、サラやシン達のいる場所に不時着します。シンは、空中を浮遊する大型の遺跡に飛ぶ乗ると、サラをそこに抱え上げて反統合同盟軍の囲みから脱出したのでした。ターナー博士は、フォッカーにより、VF-0の爆発に紛れて脱出するのでした。マヤン島の密林に逃げ込んだ二組はぞれぞれ別行動をとっています。ターナーとフォッカーは、久しぶりの二人きりの時間で昔の思いをぶつけます。その中で、恋仲だった二人が別れた理由が、「ハスフォード博士のところに弟子入りしようとしたターナーをフォッカーが止めなかったことであった」ことが明らかになるのでした。森を抜ける直前でターナーは地雷を踏んでしまいました。彼女を救うためにフォッカーは地雷処理を行うのでした。最初は互いの感情がぶつかっていた二人ですが、やがて正直な気持ちを話せるようになり、元の鞘に戻るのでした。サラとシンも密林の中を進んで行きます。途中VF-0の不時着機を見つけますが、パイロットは既に死亡していました。逃避行のなかで互いの事を話す二人は、しだいに距離を縮めていくのでした。互いの考えがぶつける二人でしたが、シンは森の生命力を感じた時、サラの歌がマヤンの森のためであることを感じ、サラを愛おしく思う自分の気持ちに気付くのでした。寄り添う二人の影の形が、鳥の人の形に似ていると思いませんか?細かいところの作画まで、配慮がなされている作品ですね。マオは手術が無事終わりますが意識が戻りません。村長のヌトゥクら島民により夜通し行われた「プキヌハ」の儀式により意識を取り戻しました。それぞれの相手への理解を深め、マオの意識も戻ったところで、反統合同盟軍は、マヤン島に気化爆弾を投下し、緑豊かな森をクレーターに変えてしまう。