Dictionary内で見つからなかったよく使う化合物をモノマーライブラリに登録したいCOOTクックブック既に全てを把握できないほどの機能が追加されつつあるCOOT。ここではターゲットをCOOTに絞ってクックブックを作成してみます。これまでのページはリファレンス的に機能を網羅していましたが、クックブックでは機能を軸に解説していきます。思い付いたときに少しずつ追加していこうと思います。構造解析全般のTipsに関しては構造解析クックブックを参照してください。input解法たまたま日本語ファイル名のディレクトリで作業しているときに気づいたのですが、日本語のディレクトリ以下(例えば、論文準備というディレクトリ)でCOOTを起動してファイルを開こうとするとエンコーディングのエラーと思われるメッセージが出力され、日本語ディレクトリが見えなくなります。そんな時はエラーメッセージで指摘されているように環境変数G_FILENAME_ENCODINGにファイル名のエンコーディングを指定します。utf-8とセットしてからCOOTを再起動します(cshの場合。G_FILENAME_ENCODING=utf-8)。これで日本語ファイルも扱えるはずです。scriptingで変更するようです。他にも結構GUIがない機能が多いみたいです。Scriptingダイアログを開いてCommandを実行します。2)で変更されます(すべてのマップが対象)。ディフォルトは1みたいです。ポインター(中心のピンクの箱)から周辺の原子までの距離などを使うことができます。状況に使い分けることが使いこなしへのポイントです。Distances]を使うのがよいでしょう。Distances]の表示範囲距離が異なっています(3.6Åおよび3.2Å)ので注意して下さい。Distanceという機能もありますので使ってみてください。対称で発生させたタンパク分子の近くに配置した水分子を元の分子の周りに配置し直したい解法Extensionsのコマンドを使います。Protein]このコマンドを使うとファイル単位で処理を行うことができます。PDB登録する前にはしておきたい処理ですね。residuesメソッドを組み合わせると便利です。atoms]を選択することで、不完全な残基の一覧がボタンになったダイアログを表示することができます。residuesメソッドを組み合わせます。0)と入力しEnterで実行します。Loop]を使います。Loopコマンドはあと数残基つなぎたい、というときに便利なコマンドですが、すでに組み上がっているモデルに対しても使用することができます。refineでなかなかAllowedにならないという場合にも有効な気がします。loop?をONにして実行すると、この場合残基30-34を組み直してくれます。組み上がっている構造を参照するらしく、電子密度のみから組み上げるよりはきれいになる感じです。私の場合2.8Åの結構悪いめのデータで試しましたが60%ぐらいの割合でラマチャンドランプロットが改善されました。手動でなかなかうまくいかないっていう時には試してみる価値はあると思います。リガンド定義済みのリガンドを読み込みたい問題リガンドをモデリングするのに低分子を読み込みたい。その分子は標準のライブラリ($CLIB_MON/mon_lib.list)に定義されているようだ。Library..]で化合物名から検索して読み込みます。上記の方法では読み込めなかった問題PDBを見ているとそのリガンドの3文字コードが登録されているようなのだが、新しいためか標準のライブラリからは読み込めない。Dictionaryを調べます。ExpoからPDBファイルまたはSMILES記法を取得してインポートします。Dictionaryから取得することになります。Depot)で検索して取得します。Expoを使っています)。その後、方法が二つあります。SMILES記法をコピーする化合物の説明にSMILESという項目があります。[SMILES...]に張り付ければCOOTが化合物を構成し、必要なCIFも作成するようです。Angles]が使用できませんが、SMILESから生成すると使用可能なようです。PDBファイルを取得する登録されている化合物のPDBを取得します。精密化にはCIFファイルも必要となるのですが、ここから取得したCIFファイルではエラーが出たので、結局CCP4のMAKECIFを使いました。MAKECIFではなくDundee大学のPRODRGサーバーを使うこともできます。Dictionaryを検索しても見つからず、PDBファイルやSMILESがわからない。運がよければUppsala大学のHic-Upで見つかるかもしれません。解説ややこしい化合物などの場合、以前にPDBが作成されていない可能性があります。その時は似た化合物を元に自分で作成するか、CCP4のSKETCHER、PRODRGサーバーのSKETCHERなどを使って作成します。SMILES記法を理解しているならSMILESで作成するという方法もあります。PDBが作成できれば後は上の方法と同様CIFファイルをMAKECIFまたはPRODRGで作成すればインポートできます。Monomer]で読み込みたい。元のPDBファイルからMAKECIFでCIFファイルを作成し、CCP4のモノマーライブラリに追加します。追加方法は以下の手順で行います。追加するCIFファイルを$CLIBD_MONディレクトリにコピーします。この時、TRE.cifなら$CLIBD_MON/t/にコピーします。$CLIBD_MON/list/mon_lib_list.cifに化合物の説明を記述します。.という行を追加します。MONOMERSセクションに追加してください。化合物ID(通常は3文字コードでよさそう。ここでは二糖類なのでD-saccharide。