自体をアップデート時に上書きされないように安全にカスタマイズする方法は用意されていないと思います。そのような機能はないと思います。実装することが多いように思います。よる機能拡張には対応していないように思います。いうことで、機能拡張するためには、当該ファイルを直接書き換えることになりますが、ご心配されている通りアップデートでその修正内容は消えてしまいます。ポイントを加えてもらって、元のソースコードの修正を行うことなく、機能追加を実現できるとよいと思います。ポイントを組み込んでもらえるかも知れません。メンテナンスしていますので、そちらも訪れてみてください。