失ったが家康により再興された。本尊の薬師如来像は秘仏で住職一代につき一回のみのご開帳となっている。多くの仏像が安置されている。本堂の内陣と内陣の奥に安置されている仏像は間近で拝見できる。内陣奥に安置されている仏像はどれも秀逸。湖東三山は紅葉の名所ということもあり、紅葉のピーク時は混雑するので避けたほうが良い。諸仏を拝見するのであればオフシーズンだと人もまばらで、古刹らしい佇まいを見せる。有名な観音正寺の北側、同じ繖山(きぬがさやま)の山裾に石馬寺はある。山裾とはいえ駐車場から長く苔むした石段を20分ほど登った所にあるので容易とは言えない。通称「馬の寺」とも呼ばれ、聖徳太子が開基と伝えられている。太子がこの山の山麓に馬をつないで、山上まで自ら登りこの山の地形を観察し下山すると馬が沼に沈み石になったのだという。その霊験をみて感動した聖徳太子が寺を建立したのが石馬寺の始まりという。境内はひっそりと静かに佇んでおり当時の面影を窺い知ることはできないが、今は石段を登り右手の庫裏にて受付をすると庫裏を通って宝物庫へ案内頂ける。