1913年(大正2年)12月7日:酒田線(現在の陸羽西線)が古口駅まで開通。1915年(大正4年)11月1日:新庄線(現在の陸羽東線)が瀬見駅まで開通。1986年(昭和61年)11月1日:車扱貨物・荷物の取り扱いを廃止(旅客駅となる)。1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により、東日本旅客鉄道の駅となる。1998年(平成10年)9月7日:この日を持って旧駅舎での営業を終了。10月10日:2階建ての仮駅舎で営業開始[2]。2014年(平成26年)8月23日:発車メロディに「新庄まつり囃子」を採用。陸羽東線は5番線を介して狭軌レールがつながっているため直通可)。そのため当駅の構造は、1・2番線(山形方面)と3・4番線(秋田、酒田方面)が頭端式ホームで向き合う変則的なものになっている。5番線は2・4番線の東側にある。この構造に由来して、階段を使わずに各乗り場間の行き来が可能であり、バリアフリーとなっている。秋田駅や山形駅のような新幹線乗換改札口はない(このため、モバイルSuicaで当駅改札を入場した乗客以外は新幹線乗車後に検札がある)。2008年3月、有人改札口と在来線ホームとの境目にモバイルSuica専用の自動改札機が設置された(通常のSuicaには対応していない)。除く構内東側の一帯は新庄運転区である。新庄運転区には蒸気機関車の転車台が使用可能な状態で残されており、陸羽東線にてSLの臨時運行が行われる年もある。車庫になっており、そのうち北側にはレンガ造りの車庫がある。貨物も取り扱っており、駅西口北側に1面2線の貨物ホームや貨車仕分け線が広がっていた。そこでは有蓋車など奥羽本線を行き来する貨物列車が停車する風景がよく見られた。施設、広大な空き地などが貨物施設の遺構である。