http://biokids.org/2f763e.htmlチュートリアル実際に使い方に慣れるためにPyMOLを使って残基に2Fo-Fcマップを表示させてみます。目指す図は、バックボーンはリボン図、表示させたい残基をスティックで表示してそれに電子密度を重ねるという単純なものですが、PyMOLで絵を描く基本動作なので理解すれば応用することが可能だと思います。ファイルの読み込みまずはファイルを読み込みます。2Fo-Fc電子密度図です。電子密度図はXPLOR(CNS)フォーマットまたは、CCP4、BRIX(O)フォーマットが使用可能なようです。FFT参考までに今回使用した、PDBファイルと作成したマップファイルはこれです。PDBから取得して作成しました。CCP4形式マップファイル(3MBほど;bzip2圧縮してます)まずPDBファイルを読み込みます。GUIメニューの[File]->[Open]で読み込みます。ファイル選択ダイアログから適当なPDBファイルを選択してください。続いて同様に、2FoFcマップを読み込みます。CCP4形式のマップファイルなら拡張子.ccp4、XPLORなら.xplorにしておく必要があるので注意してください。これらのファイルを読み込んだ後、PDBファイルと2fofcファイルがオブジェクトパネルに表示されているはずです。この例ではPDBから取得した2DSYを用いて話を進めます。分子の色分けこのタンパクではNHEという分子が配位しているのが観測されていますので、そのあたりの電子密度を描くことを目標にしてみますが、まず、基本的な図を描くことから始めます。このタンパクは非対称単位中に4分子入っていますので、これらを色分けして表示させます。オブジェクト2dsyの[H]をクリックするとHide:ウィンドウが開くので、[everything]をクリックするとタンパク全体が消えます。これは実際に消されたのではなく、表示されていないだけですのでご安心を。続いて、[S]をクリックしてShow:ダイアログから[cartoon]をクリックしてください。これで全ての分子がリボン図で表示されたと思います。リボン図になったら分子ごとに色を変えてみましょう。c)]をクリックします。これで色分けして表示されます。適当な角度にしてイメージとして保存しましょう。As]->[PNG]で行います。これで表示された通りのイメージがPNG形式で保存されました。この図は編集用の描画なので、よく見るとギザギザが目立ったり影がなかったりしてちょっと荒いです。論文などに使うような高品質なイメージにするにはレイトレーシングを行います。レイトレーシングはPyMOL内部のレンダラまたはPOV-Rayを用いて行えますが、ここではPyMOL内部レンダラを用います。GUIの[Display]->[Quality]のオプションで速度優先か画質優先かを選択することができます。Performance]を選択します。GUIで行えることが多いので(コマンドラインを使うこともありますが)、いろいろいじってみるといいかもしれません。オプションを選択した後、レイトレーシングをします。GUIの下にある入力ボックスまたは、Viewerの下のPyMOL>の行、PyMOLコマンドラインを使います。GUI、Viewerのどちらのコマンドラインでもいいので、rayと入力してEnterを押すとレイトレーシングが始まります。rayと表記しますので覚えておいてください。この表記中のPyMOL>はコマンドプロンプトを表すので入力しないようにしてください。PyMOLでは大文字小文字は区別するようなので正確に入力してください。するとレイトレーシングされた高品質な画像が表示されると思います。As]->[PNG]で保存しておきます。全体図が描けたので単量体を描いてみることにします。Cを選択して、その分子を中心に持ってきます。原子を選択する際の文法はPyMOLを使ってみようのSelection式を参照してください。後は先ほどと同様に全体を消して、molCを表示させます。2dsyの[H]->[everything]、続いて(molC)の[S]->[cartoon]で表示されます。選択されている状態表示が邪魔な時は(molC)と表示されている部分をクリックすれば表示が消えます。これで、単量体が表示されましたが、単色では芸がないので少しアレンジします。(molC)の[C]で色を変更できるので適当に変化させてみましょう。Cには低分子が配位しているので表示させます。1001で選択すると(nhe)がオブジェクトパネルに追加されますので、[S]->[sticks]で表示させると化合物が表示されます。element]で原子種ごとに色を設定することができます。二次構造での色分け化合物も表示されましたがまだ平凡なので、ここでヘリックスとストランドの色を変えてみます。ss]でも色分けすることが可能ですが、他の方法を紹介します。二次構造を指定することで選択して色を付けます。Cこれでヘリックスのみの(hel)、ストランドのみの(str)オブジェクトができたはずです。後は同様に[C]で色を変更します。お気に入りの図ができたらレイトレーシングして保存してください。GUIの[Display]->[Background]で変えることができます。基本的な分子の描画ができたので電子密度を重ねてみます。ここまできたら電子密度図を描くのは簡単です。この分子はNHEとTRP40がスタッキングしているのでそのあたりを描いてみます。TRP40の電子密度を描くこのままではTRP40の側鎖が描かれていないので、(w40)の[S]->[sticks]で表示させます。最後に(nhe)を[A]->[center]で中心に持ってくれば完成!なお、電子密度mesh1とmesh2も[C]で色を変更できるので試してみてください。