橋上とホーム両方に冷暖房付きの待合室を有し、橋上には市民ギャラリーや市民サービスセンターもある。6:30の間の改札はインターホンを使用しての対応となっている[2]。改装された現在の駅舎は東京駅の赤レンガ駅舎をモチーフにしたデザインで、「ミニ東京駅」とも呼ばれる[3]。これは、大正時代に竣工した東京駅・丸の内口駅舎の建築時、深谷に所在する日本煉瓦製造で製造された煉瓦が70km以上離れた東京駅まで鉄道輸送されて使われた史実に因む[3][4]。この深谷駅舎自体はレンガ構造ではなく、コンクリート壁面の一面にレンガ風のタイルを貼ることによって東京駅に似せている[3]。これはレンガが線路上に剥落する可能性が指摘されたためである。本物のレンガではないものの夜間ライトアップ時を含めて人気は高く、撮影する地元利用者や遠方から訪れる鉄道ファン・観光客が絶えない。改築時には約35億円が投じられた[5]。ホーム有効長は15両編成に対応しており、朝の当駅始発と夜の当駅止まりの列車、輸送障害時に急遽岡部駅または本庄駅で折り返す列車は15両編成で発着する。前述の列車を除きすべて籠原駅で連結・切り離しを行う。2017年度末までは、1番線は有効長は14両で、普通・快速列車では10両編成のみ入線が可能だった[6]。まり列車は変わりなく、定期列車で15両編成のまま岡部駅や本庄駅で折り返す列車の新規設定もない。通常は上り列車が1番線、下り列車が2番線を使用するが、3番線は臨時用の下り待避線となっている(2010年12月3日までは、定期列車で3番線から高崎方面に向かう設定があった)。この3番線は大宮方面への折り返しにも対応しているため、21時過ぎ(土曜・休日は20時台終わり)に1編成が当駅到着後停泊となり、翌朝の折り返し始発として平日6時台の上り上野行き(土曜・休日は7時台の上野東京ライン)として運用されている。高崎方面から向かう上り列車は待避ができない。2006年(平成18年)4月1日から、発車メロディが深谷ねぎのイメージソング『おねぎのマーチ』に変更された。3番線は朝の当駅始発上り列車が使用する。湘南新宿ラインの列車は新宿駅を経由して大船駅から、上野東京ラインの列車は上野駅を経由して東京駅から東海道線へ直通する。利用状況2017年(平成29年)度の1日平均乗車人員は10,051人である。近年の1日の平均乗車人員の推移は以下の通りである。北口には深谷出身である渋沢栄一(日本煉瓦製造会社の設立など日本近代産業の指導者)の像が鎮座する。現在の高架駅舎以前の旧駅舎があった場所の周辺は花壇として整備されている。岡部シャトル便(南岡経由)」は岡部駅発は深谷駅に乗り入れるが、岡部駅行は乗り入れない(市役所前発)。川本経由花園シャトル便」は花園総合支所発は深谷駅に乗り入れるが、花園総合支所行は乗り入れない(駅近くの第二庁舎前から乗車可)南口ロータリーに、Ario深谷シャトルバス(無料)が発着する。あったが、2010年11月より南口ロータリー発着に変更された。成田空港線は2014年11月16日をもって運行休止となっている。「ウイングライナー号(大阪・京都~川越・熊谷・深谷)」は2015年12月10日をもって廃止された。2016年2月4日時点のオリジナルよりアーカイブ。