教育の振興および生涯学習の推進を中核とした豊かな人間性を備えた創造的な人材の育成、学術、スポーツおよび文化の振興並びに科学技術の総合的な振興を図るとともに、宗教に関する行政事務を適切に行うことを任務とする(文部科学省設置法3条)。健常者スポーツ(障害者スポーツは厚生労働省管轄)の振興に関する事項をつかさどる。関する行政機関だった旧文部省と科学技術行政を総合的に推進する行政機関で旧総理府の外局だった旧科学技術庁とが統合されて誕生した。