韓半島がこのように南北に分断されたことで、在日同胞社会においても否応なくその影響を受けざるを得なくなる。同胞社会にもイデオロギーによる分断が持ち込まれたのである。その影響は韓国動乱(6.25動乱。日本では朝鮮戦争と呼ぱれる戦争)をきっかけに、決定的なものとなるのである。1950年6月25日北側の侵攻によって引き起こされたこの戦争は、南北に大きなダメージを与えただけではなく、同族同士の戦争ということで、在日同胞の人々の中に大きな悲しみと傷痕、そして、不信感を残す結果となった。この時、民団では641名(京都22名)の志願制による青年学生義勇軍を編成し、国連軍(UN)に編入され、仁川上陸作戦に参加、北側と一戦を交えた。その後、民団と朝総聯は互いの「祖国」を持ちながら、それぞれのイデオロギー政策の中で、在日同胞を軸に不毛な争いと競争を繰り広げることになった。