「悪夢の突入作戦」です。プロトデビルン殲滅を狙ったスターゲイザー作戦は失敗に終わり、バサラたちは捕虜として敵基地に収容されます。ゲペルニッチによって声が出せなくなったバサラに代わり、ガムリンを失ったショックから立ち直ったミレーヌの歌とグババの活躍により牢を抜け出した一同は、奪われたバルキリーを取り戻すため格納庫へ向かいます。そんな彼らの前にガビルが立ちはだかりますが、生還を果たしたガムリンのスピリチア吸収装置を使った奮戦により、これを退けます。してバルキリーを取り戻した一同が敵の戦闘艦を奪って脱出を図る中、マクロス5の市民たちを目覚めさせるべくバサラは基地に捕らわれていた彼らに向けて唄いかけます。バサラの歌によって生気を取り戻す人々たちでしたが、彼らを閉じ込めている巨大な装置が作動し甦ったスピリチアを再び奪lていくのでした。このゲペルニッチのスピリチアファーム計画を目の当たりにしながらも、為す術のない一同は怒りに震えながら、市民を残し敵基地を後にするのでした。スターゲイザー作戦の終了時刻を過ぎたことから、バトル7は無線封鎖を解除し、作戦の成否と参加者の安否確認の通信を試みます。オペレーターたちがフォールド通信でスターゲイザーへ呼びかけますが応答はなく、その声はブリッジに虚しく響き渡るのでした。バサラはマックス救出のため洞窟内に突入しましたが、2人も敵に完全に包囲されてしまいました。そんなバサラたちと、反応弾で消滅した母艦スターゲイザーの周囲に漂う作戦の生存者たちに向けて、ゲペルニッチは投降を呼びかけました。さんとか生き残り投降した者は12名でした。彼らの前に姿を現したゲペルニッチの姿を目にしたイリーナ・早川は、ゲペルニッチに地球統合軍の幕僚ギュンター参謀であると呼びかけるのでした。彼の声に応ることなくゲペルニッチは捕虜となったバサラたちに向けて粛々と語りかけ、不適な笑みを浮かべながら彼が進めているスピリチアファーム計画について語るのでした。それは、バサラの歌と人間を使ってスピリチアの生産と搾取を永遠に繰り返すという、プロトデビルンの夢のためのプロジェクトででた。自分の歌を使った利己的な計画に反発するバサラを危険視するゲペルニッチは、不思議な力でバサラの声そのものを封じ込めました。マクロス7船団を全滅させられたくなければ、自らの指示に従うようにと生存者たちを脅します。冷静なマックスは、人間を滅ぼしてはスピリチアファームができないはずだと指摘し、脅迫には屈しない姿勢を示すのでした。声を封じられ独房に幽閉されたバサラが、為す術もなく声ならぬ声をあげていた頃、別の牢に入れられた捕虜たちの間には絶望感が広がりつつありました。希望を失っていないマックスは、バサラの歌で洗脳された多くの敵兵士を味方につけるという大胆な作戦を皆に提案しました。ガムリンの件で自責の念に駆られるミレーヌは、マックスの励ましを受け、自分の責務を全うするために唄い始めました。ミレーヌの歌声にバロータ軍の兵士らが気を取られている隙に、通気孔を伝って管制室に潜入したグババは、牢のキーを手に入れることに成功しました。死んだと思われていたガムリンは、猛吹雪に覆われるバロータ第4惑星の戦場跡には、バルキリーから投げ出され、雪に埋もれていました。意識を取り戻したガムリンは、バロータ軍の基地を目指して歩き始めます。グババが手に入れたキーによって牢を抜け出したマックスは、二手に分けた兵士たちで同時に2箇所の管制室を占拠し、敵の反撃を封じ込めます。続いて鹵獲されたバルキリーを奪い返すため格納庫の場所を探り始めるのでした。マックスらとは別行動をとっていたサウンドフォースの3人は、独房に捕らわれていたバサラの救出に成功します。自由と声を取り戻したバサラは、ミレーヌの歌が心に響いたと彼女の健闘を讃えるのでした。マックス率いる一団とサウンドフォースは合流を果たし、格納庫へと急ぎます。同じ頃、バロータ軍の基地まで辿り着いたガムリンは、見張りの兵士を倒して武器を手に入れていました。捕虜脱走の報せを受けたゲペルニッチは、ガビルを鎮圧に向かわせます。格納庫へ辿り着いたバサラたちの前に立ち塞がるガビルにたいして、敵のバルキリーを奪ったガムリンが立ち向かいます。ガビルは怒りを露につつ、すぐさまガムリンに襲いかかりますが、偶然にも作動したガムリン機のスピリチア吸収装置がガビルの生命エネルギーを奪い取り、あえなく敗退してしまいました。バルキリーを取り戻したマックスたちは、敵の戦闘艦を奪うことでバロータ軍基地からの脱出を図る。一方でバサラは逃走中に見つけた装置に捕らわれたマクロス5の市民たちを覚醒させるべく、彼らに向けて唄い始めていました。バサラの歌によってスピリチアを取り戻したマクロス5の市民たちは、次々と昏睡状態から目覚めていくのですが、次の瞬間、目覚めた人々は彼らを捕らえる巨大な装置によって、再びスピリチアを奪われてしまうのでした。スピリチアファームという恐るべき計画の実行を目の当たりにしたマックスは、やむを得ず捕らわれたマクロス5の市民たちを残して強行突破による脱出を図ります。市民たちから奪い取ったスピリチアによって甦ったガビルは、辛酸を舐めさせられたガムリンに対し、激しい憎悪を燃やすのでした。