もの魔道書の内容を頭の中に収めているため、常人の一五%しか脳を使えないインデックス。完全記憶能力を持つがゆえに、その記憶をきっかり一年周期で消さなければ、彼女は死んでしまう。その事実を知らされた上条の元に、神裂から連絡が入る。タイムリミットは午前0時。それを過ぎてしまえば、インデックスは死んでしまう。その前に別れを済ましておくように、と。高熱と激痛にうなされるインデックスを前に、何とか記憶を消さずにすむ方法を探る上条。その努力もむなしく、彼の前にステイルと神裂が現れる。上条にインデックスを救う術はあるのか──。