数十から百数十マイクロモルのアンモニア態窒素は車軸藻の生育を著しく促進するが、通常、共存する硝酸化成菌により酸化されて定量的に硝酸となりその際多量の酸素がアンモニアの酸化のため消費され(4NH+4+902->4HNO3+6H2O)酸欠状態となる上、培地のpHを著しく低下させまた菌の増殖とそれを捕食する動物の繁殖などにより水質を悪化させ、藻の死滅を招くことがある。少量のアンモニアは生育を正常に促進するがアンモニアを主要な窒素源としたとき、急激に成長して死んでしまうことがある。このことは亜硝酸の生成の可能性も含めて、MnとZnの濃度(嫌気状態で増加することが多い)に対する感受性と似たところがあり、車軸藻の生態と関係しているのかもしれない。mM注:(*)車軸藻の種類により異なる。分子細胞生物学サーバ。