参院幹事長時代の2017年6月にはテロ等準備罪法案の成立に尽力した。委員会採決を省略して本会議ですぐに採決する「中間報告」による法案成立に踏み切り法案を成立させ、参院自民党の存在感を示した[8][9]。同年8月の第3次安倍第3次改造内閣では吉田が推薦する2名を含む4名の参議院議員が入閣したが、これには安倍がテロ等準備罪法案等での吉田の働きを考慮した結果であるとされる[10][11]。吉田は党内では平成研究会(当時は額賀派)に所属したが、2018年初頭には求心力が低下していた派閥会長の額賀福志郎に退任を強く求め、額賀の退任と竹下亘の派閥会長就任を主導した[12][13]。石破茂を支持する意向を示すと、青木の意向を汲み、参院竹下派を石破支持でまとめた。この際吉田は「親分を裏切ったら、一生人を裏切る人間とみられる。心情的には安倍首相を支持したいが、私にはできない」と複雑な心境を漏らしたとされる[14][15]。長野県選挙区から立候補をしないことを表明する[16]。その後も比例代表での立候補を模索していたが、2019年4月23日、1年以上前に転倒し右足を痛め、その後回復が思わしくなく不調を抱えていたことから精密検査を行った結果、手術を要する脳腫瘍を患っていることが発覚した。このため選挙運動ができないとして立候補を見送り、政界からの引退を表明した[17]。就任したが[19]、直後の10月26日午後、呼吸不全のため東京都内の病院で死去[20]。