改訂第2版(以下、DRY解析教本2)の目次が出版社のページから公開された。その目次を見ての通り、Level1(準備編)、Level2(実践編)、Level3(応用編)の三編構成で、第1版と大きな構成に変化はない。大きくは、Level2にメタゲノム解析、アッセンブル解析が加わって、Level3が総取っ替えされたといえば適切だろうか。この本に関わるtweetは、このハッシュタグを付けて是非。大きな変更点が実はそれ以外にある。Level2の一番最後(p331-338)に付録「CWLがあれば、DRY解析はもう怖くない」がある。CWLについて日本語でコンパクトに解説してくれて、非常に有用である。実はすごいのはここだけでない。Level2で紹介した全てのワークフローが、CWLで書かれたWorkflowとしてこの記事のサポートサイトで公開されている。cloneしてきて自分にとって必要なように書き換えさえすれば、CWLを使ったNGSデータ解析が割と手間が少なくできる。残念ながら、HISAT2-Stringtieによるワークフローは、DRY解析教本2には収録されなかった。Meetupにて、自分の課題として取り組んだ。ツール・ワークフロー作成環境を試してみた」)ので、そちらを参照。このエントリは、その後の顛末を。codingで書いてもらったのはHISAT2のmappingの部分からなので、その前のindexを作成する必要がある。メジャーな生物だとすでにindexを直接ダウンロードできたりするが、いつもそうであるとは限らない。FASTA形式のゲノム配列ファイルをゲットしてそれに対してindexを作成する。cloneしてありがたく利用させていただく。それをつかってHISAT2のmappingを実行する。並列化されていないことに気が付いたので、pitagora-cwl/tools/samtools/sam2bam/samtools_sam2bam.cwlを以下のように改変して並列化可能なように。view)も並列で動くようになった。これを使っていくつかのFASTQに対して実行し、複数のGTFを作成することができた。mergeでそれらのGTFを束ねるプログラムもCWLで、ともう一つ作成してもらったCWLを動かそうとした。テキストファイルの中に書いたファイルというのがうまくCWL内から見られていないようで。今日のところはここで力尽きました(続く)。