手術の長所は早く確実に治ることです。これはバセドウ病の治療として一番古くから行われていました。20世紀のはじめにルゴールが使われるまでは、手術後に死亡する人が多く、治療を行う方も受ける方も大変勇気がいりました。術前にルゴールを使用するようになって、手術後の死亡はなくなり安全なものとなりました。非常に希ですが、手術には、出血、声のかすれ、カラスまがりなどの合併症が起こることがあります。キズが残ることや入院する必要があることなどの短所もあります。長所としては確実に早く治ること、甲状腺の腫れがなくなることです。甲状腺の腫れが大きいとき、シコリを触れがんが疑われるとき、早く治りたいとき、クスリをしっかり飲めないとき、クスリで治療した後に再発したとき、クスリで副作用のあるときなどの場合、手術に適しています。手術は若い人に適しています。どこまでを若いというかは難しいのですが、15~39歳までと考えています。50歳以上は原則として手術は勧めません。シコリのある場合は50歳以上でも手術を勧めるときがあります。40歳代はどちらでもよいので、患者さんとよく相談して決めます。成長期にある子どもは、手術をしないでクスリで治療します。最近では、術後の再発を避けるために残す甲状腺組織を少なくする傾向にあります。ほとんどの場合は、甲状腺を全部切除する全摘術です。したがって術後に甲状腺機能低下症になります。この場合は、甲状腺ホルモン剤を飲めば心配ありません。