トレッド・ストーン作戦」の第1号として世に送り出されたジェイソン・ボーンは、ある任務がきっかけで記憶を喪失し、知らずして任務を放棄する形となった為、CIAから追われる身となった。事態の収拾の為、総責任者のアボットがコンクリンに刺客を放ち暗殺。「ブラックブライアー作戦」が開始される。闇に葬られたはずの「トレッドストーン作戦」の存在を嗅ぎつけ、内容を世間に暴露しようとする。ボーンは新聞記事を見て、ロスに接触したが、CIAに尾行されていた為、守りながら、その場から逃走を図るも、ロスはCIAのスナイパーに射殺されてしまう。ボーンがロスの死の直前に聞いたのは「トレッド・ストーン作戦」の発展版「ブラック・ブライヤー(黒薔薇)作戦」が進行中という情報だった。ロスに接触した際、存在をCIAに察知されてしまったボーンは、またしてもCIAに命を狙われる羽目になり、ボーンは、自分を追う者の正体と自分が誰であるかを捜し求めて、再び動き始める。[ALT-DESIGN@clip].。