root前に紹介したTextClipperのクリップツールの一つclipfileを作者の吉村隆樹さんがバージョンアップしてくださいました(2018/11/28)。前のバージョンを使っている方は新しいバージョンにしてください。ここからバージョンアップ版をダウンロードして解凍してできたclipfile.ctaファイルをtextclip7962フォルダ中に上書き保存するだけです。以前のバージョンでは保存日時の年号が正しく入らなかったのですが、今回のバージョンアップで2018がちゃんと入るようになりました。吉村さんによると典型的な2000年問題だったそうです。バージョンアップをお願いして数時間で新バージョンを作ってアップロードしてくださいました。吉村さん、どうもありがとうございました。以下では先日紹介したTextClipperのクリップツールclipfileの使い方をもうすこし詳しく紹介しておきます。1)まずTextClipperをここからダウンロードしてダウンロードしたzipファイルを解凍してください。解凍してできたフォルダがtextclip7962という名前になります。Filesのフォルダには入れないでください。このプログラムを使用するには7-zip32.dllが必要です(バックアップ時)のでここから取得してください。2)ここまでの作業でtextclip7962というフォルダができました。バージョン番号がフォルダ名になっていますね。TextClipper本体はこのフォルダの中にあるtextclip.exeです。これをダブルクリックするとTextClipperが起動します。次にclipfileというクリップツール(TextClipperの機能拡張のようなものです)をインストールしましょう。Readerで表示しているpdfファイルなど、任意のソフトで表示しているテキストを選択し、それを規定の名前のテキストファイルTc_txt.txtに次々と保存できるツールです。一つのテキストファイルに、保存日時と出典、および保存時に追加できる任意のキーワードとともに保存してくれます。新しくクリップしたテキストはもとのテキストファイルの末尾に追加されます。これを使うと、ネットサーフィンで見つけたテキストをキーワード付きでテキストファイルで保存できますので、あとで秀丸など適当なテキストエディタでgrep検索して簡単に探し出すことができます。保存するときに将来検索の時に思いつきそうな、「選択したテキストには含まれないキーワード」を追加しておけるので、後々の検索時に探しもれが少なくなるのもこのツールの便利な点です。3)では、clipfileを使えるようにしましょう。以下のurlからクリップツールのclipfileを選んでダウンロードします。http://takaki.la.coocan.jp/freesoft/textclipper/ここをクリックしてダウンロードしてもいいと思います。clipfile.zipがダウンロードできますので、前に紹介した7-Zipなどのソフトで解凍します。解凍してできたclipfile.ctaというファイルを上の2)でできたtextclip7962のフォルダにドラッグして移動させます。これでclipfileを使う準備ができました。4)TextClipperを起動して、clipfileを使ってみましょう。TextClipperを起動します。開いてでてくるメニューでクリップツールキーをAlt+cなど好きなキーの組み合わせに設定します。これでAlt+Cを押したらクリップツールが動くように設定できました。5)では、実際にテキストを適当に選んでスクラップブックのようにテキストファイルに保存してみましょう。TextClipperを起動しておいてください。そのあと、ブラウザなどで適当なサイトを訪れて、保存したいテキストを選択し、さっき決めておいたクリップツールキー(Altをおして同時にCを押す)を押します。すると下の画像のようにポップアップメニューが開いて一番上に「TextFileに追加」がありますのでこれを選択します。するとキーワード入力のポップアップ画面が開きますので、あとで検索に便利なキーワードを入れます。複数入れても構いません。自由に入力しましょう。保存ボタンをおして完了です。Tc_text.textという名前のファイルに上の選択した部分が出典の一部、日時、キーワードとともに保存されているはずです。うまく保存できたかどうかをtextclip7962フォルダ内にできているTc_txt.textというファイルを開いて確認しましょう。出典、日付、キーワード、クリップしたテキストの順に保存されていたら成功です(下図参照)。上の例では、私の去年の学会でのランチョンセミナーの講演動画がでているYouTubeのページにあるテキストをクリップしたテキストの後に、今しがたクリップした論文のテキストが追加されています。N型糖鎖、先天性グリコシル化異常症などとあるのは、さきほどつけたキーワードです。その下にクリップしたテキストが保存されているのがわかります。このように、ちょっと気になったテキストを、どんどんクリップして蓄積しておき、あとで秀丸エディタなどのテキストエディタのgrep検索機能で検索します。grep機能についているタグジャンプ機能を使えば該当するクリップしたテキスト全文のある場所に容易にジャンプすることができます。テキストファイルのサイズが大きくなってきたら、Tc_text.textファイルの名称をTc_text1.txtなどすきな名前に変更します。次にclipfileツールでクリップしたら、自動的にまっさらなTc_txt.txtファイルができてそこに保存されますので、またゼロからクリップがはじめられます。grep検索したら何年にもわたって蓄積したデータを一瞬で検索できて便利です。データはテキストファイルですので、加工も活用もきわめて簡単です。英語論文の例文集の作成、アイデアメモの作成などいろいろな用途につかえるすばらしいツールですので是非活用してみてください。写真は福岡で撮影したイチョウです。きれいに黄葉しています。秋も深まってきました。root前回紹介した英語論文用の例文集に使えるAntConcはテキストファイルやhtmlファイルを扱いますが、最も身近な英語の例文集の素材はpdfファイルだと思います。そこで今回は英語の例文集の作成のために重宝する、「pdfファイルをテキストファイルに変換する方法」を紹介します。Readerなどでpdfを開いて、textファイルとして保存する方法は、pdfファイルが数百、数千ある場合は手作業では対応できません。こんな場合は、Acrobatなどで複数のpdfファイルを一つのpdfファイルに結合してからtextファイルに変換するという方法もありますが、そんなめんどうくさいことをしなくてもpdftotextという無料ソフトを使えば一括で複数のpdfファイルをそれぞれ別のテキストファイルに変換でますので、やってみましょう。linux用のものを選んでダウンロードしてインストールします。linuxではsudoコマンドでpopplerをダウンロードしてインストールできますし、Mac版もアプリストアからダウンロードできるはずです。7のPCの場合については、ここに詳しいインストールの仕方が書いた記事がでているのを見つけました。丁寧に書いてありますのでそのよく読んでインストールしてください。私もこの記事のとおりにインストールして利用しています。私はCドライブ直下にpoppler-0.68.0というフォルダ(ダウンロードしたPopplerの圧縮ファイルを解凍(解凍ソフトは註1をみてください)してできるフォルダ名のままコピーしただけです)を作り、その直下にあるbinフォルダ(binaryフォルダの意味で、実行ファイルが入っているフォルダのことです)に自分の必要なpdfファイルを集めてテキストファイルに変換しています。ダウンロードしたpoppler-data-0.4.9.tar.gzファイルを解凍したもの。註1参照)をおいてください。あとは以下のコマンドを記述したバッチファイルをテキストファイルエディタで作ることが必要です。%%i.txt)このコマンドをテキストファイルエディタにうちこみ、できたファイルに適当な名前(pdf2txt.batとかすきな名前)をつけて保存します。保存のときデフォルトではテキストファイルで保存されれウため、pdf2txt.txtになりますのでファイル名の変更でpdf2txt.batにするか、保存時に.batで保存してください。保存場所はpdftotextのあるフォルダ(上の例ではbinフォルダ)にします。あとは、変換したいpdfファイルを上のbinフォルダにコピーして、コマンドプロンプトでpdf2txt.batファイルを実行するだけです。日本語のファイルも英語のファイルもともにテキストファイルに変換されます。weightというエラーが出るかもしれませんが無視してよいようです。不都合があったら教えてください。)以下はコマンドプロンプトが初めての人むけの簡単な説明です(註2参照)。バッチファイルというのはwindowsのコマンドプロンプト(windows7では「すべてのプログラム」の部分をみていくと、アクセサリフォルダの下にあります。windows10では下の図の左端の写真ようにシステムツールの下にあります。)でファイル名を入力してエンターを押すと、ファイル内に書いてあるコマンドを逐次実行するというものです。矢印のコマンドプロンプトをクリックして起動するとき右クリックで、管理者として実行を選んで起動しておくと管理者としてログインしていないときにおこるトラブルをさけられますので注意してください。今回のバッチファイルは以下のような内容で動きました。doの部分)というものです。コマンドプロンプトを上に説明したように起動すると、黒いバックに白い字の画面が開きます(上の真ん中の図)自分の今いるディレクトリ(フォルダ)の名前が表示されています。..(cdとうって、ピリオドを二回うちます)というコマンド(これはディレクトリを上に登って行くコマンドです)を何回かうってディレクトリをC:¥>にします。dirとうつとディレクトリやファイルの一覧が表示されます。poppくらいまでをタイプしてあとはタブキーを押してください。poppler-0.68.0と自動入力されます。(このタブ補完の機能はlinuxで重宝するのですがWindowsのコマンドプロンプトでも利用できますので活用してください。enterキーを押すとC:¥poppler-0.68.0>と表示されてディレクトリを移動したのがわかります。ここでdirとうってenterを押すとディレクトリ内のファイルとフォルダが表示されます。プログラムファイルのあるbinのフォルダ(ディレクトリ)があるのを確認してください。binとうってenterを押すとbinのディレクトリに移動します。C:¥poppler-0.68.0\binとなっていたら成功です(上の右端の図)。dirとうってenterをおします。これでこのbinフォルダ内にあるすべてのファイルとフォルダが表示されます。あとはそこにコピーしてあるバッチファイルpdf2txt.batを実行する(コマンドラインにpdf2txtとうってenterを押す)と、自動的にファイル名のついたtxtファイルができあがります。して一括でpdfファイルをテキストファイルに変換したら、あとはこれらのテキストファイルをAntConcに読み込んでコーパスとして論文を書くときに参照すればいいわけです。テキストファイルですから、テキストファイルを一括検索して、検索結果にタグジャンプして参照できるgrepコマンドも使えます。適当な、grepコマンドが使えるエディタ(たとえば有料ですが秀逸なエディタでおすすめの秀丸エディタ)でpdfの内容を串刺し検索するのもよいですね。pdfgrepというソフトもあって、これを使えばpdfファイルのままでgrepができるそうです。これはまだ使っていません。windows版をダウンロードしてさきほどのbinファイルにコピーしておけば、コマンドプロンプトで使えるのですが、linux版とちがって検索語がハイライトしなかったりしてまだ使いこなせていません。興味のある方は使ってみてください。註1:圧縮ファイルの解凍には私は7-zipを使っています。圧縮解凍はこれでできます。註2:パスの通し方とかは説明しないでpdftotextを使う方法を説明していますので、良く知っている方はパスを通して適当な場所にpdftotextをおいて使ってください。root京都でひらかれた大学の同窓会にでかけたりして更新が遅くなりました。京都は快晴で、まだもみじの季節ではなかったですが美しかったです。観光客が多いこと多いこと。スペイン語や中国語、韓国語、さらにはノルウエーの旗を立てた団体もみかけました。昨年の分子生物学会のランチョンセミナーの中でAntConcというフリーソフトウエアの紹介をしました。英文を書くときに自分専用の例文集を作っておいて、それが簡単に検索できればとても役立ちます。前回紹介したTextClipperで役にたちそうな例文をテキストファイルに集めておいて、AntConcというフリーウエアでコンコーダンス検索してヒットした例文を参考に英語を書く方法を紹介します。自分の関係分野の論文のpdfをテキストファイルに変換して集めておき、それをAntConcで検索してもいいわけです。pdfをテキスト化するには、pdfをAcrobatなどで開いておいてtextファイル形式で保存するのも一つのやり方ですが、一斉にpdfをテキスト化するならLinuxやWindows、macなどにあるpdftotextといったソフトを使うのが便利です。ウインドウズにもこれが含まれているLooperというソフトがありますのでそれを使うといいでしょう。これについては次回紹介します。それではAntConcの使い方の解説をはじめます。AntConcはコンコーダンスソフトウエアという種類のソフトウエアで、検索語を入力するとテキストファイルからその単語を拾い出し、文中に含まれるその単語の前後をふくめて表示してくれるソフトです。単語の文中での出現頻度などその他の様々な情報もわかります。linux)にあったソフト(無料です)をダウンロードします。ここのリンクをご覧ください。AntConcのホームページには、YouTubeの解説動画や日本語の解説pdf(バージョン3.2,2の解説ですがとても参考になります)などへのリンクもありますので適宜参照するといいでしょう。ダウンロードしたファイルは実行ファイルなのでダブルクリックして起動します。詳細な使い方は先生のhelpファイルのpdfがあるのでダウンロードしてみてください。写真はダブルクリックして起動した直後の画面です。起動時にはConcordanceタブが開いています。Fileメニューが上にあります。File(s)を選んで検索したいファイル(複数選択可能です)を読み込みます。(下の図)複数のファイルを読み込んで串刺し検索もできます。Dirを選ぶと、フォルダ(あるいはDirectory)内にあるすべてのテキストファイル(とかhtmlファイル)を検索してくれます。して必要なファイルを開いてやると以下のような画面になります。下の写真は私達の論文(AkiyoshiさんのCGGDBデータベースについての論文をpdfからテキストファイルにしたものでcggdb.txtという名称にしました)を開いたところです。Filesというところに検索するファイル名が表示されます。複数選択した時は選択したすべてのファイルが列挙されます。resultという単語を検索することにします。Termの部分にresultといれて検索窓の下にあるStartボタンを押して検索してみましょう。(このとき右にあるwordsにチェックをいれています(下図参照)。単語としてのresultが検索されます。6個ヒットしています。注意したいのはWordsにチェックを入れた状態で、resultを検索するとresultsは検索されないことです。Wordsのチェックを外してresultとして検索すると、resultだけでなくresultsもresultedもresultingもひっかかってきます。(下図)ヒット数が57となっているのがわかると思います。Context)どのように使われているかが表示されています。この表示を略してKWIC表示といいます。結果の表示法は、いろいろ下のメニューで変更可能です。Sizeはデフォルトで50文字(腱索キーワードの前後50文字ずつ)となっていますが、これは増やしたり減らしたりできます。表示を左右に広げてみるとよくわかります。Sortとあるのは、検索結果のソートボタンです。2が同じ右の単語の場合は、キーワードの二番目の単語でさらにソートします。3は三番目の単語でさらにソートとなります。1以下の部分を下向きの矢印ボタンを何回かクリックして、下の図のようにかえて、Sortボタンを押してください。すると検索キーワードの左の単語で再ソートされますので、resultの前にくる単語がわかります。次にKWIC画面で表示されている原文をみてみましょう。みたいヒット行の青字で表示されているキーワードをクリックしてみましょう。Viewタブが開いてそこに表示されます。Locationという部分の上下の矢印をクリックすると、前や後のresultを含む原文が表示されます。View画面で動かせるようにしておくと、マウスの中央ホイールをくるくるまわして前後のresultを表視することもできます。皆さんもご自分でつくったテキストファイルやテキストファイル群をこのソフトで開いて遊んでみてください。長くなったので今回はここで止めます。次回はAntConcのその他の機能と、どうやってpdfからtextファイルを作るかについてpdftotextの使い方を紹介したいと思います。写真は元寇のとき筥崎宮が避難していた場所を訪れたときのものです。いい天気で気持ちがよかったです。バス停をおりると案内板があって、650mほどのぼりの道を行くと古い社があって記念碑がたっていました。最後の写真は帰りの川面です。波紋がきらきらと川底に映えてハヤも泳いでいました。このへんはホタルも初夏には見られます。TextClipperの紹介です。(ハーティー・ラダー)というソフトをご存知ですか?このソフトのサイトにある文章をそのまま引用させてもらいます。「だれでもみんな人に伝えたい「こころ」があります。開発した文章入力用のソフトウエアです。ハーティーラダーは、文章の作成やメール、そしてWindows操作を支援するソフトウェアです。E-mailのやりとりができます。ホームページを見たり、ワードやエクセルなど一般のアプリケーションの操作もできます。私たちも心を込めて作っています。2011年に公開したマイボイスというソフトを使うことで、自分の声での読み上げができるようになっています。このHeartyLadderがあなたの『心の架け橋(HeartyLadder)』になればうれしいです。ハーティー・ラダー・サポーターのぺ―ジhttp://heartyladder.net/xoops/をみるとこれが、物凄いソフトだということがわかります。着実に進んでいるのを拝見して頭がさがりました。http://heartyladder.net/xoops/modules/whatsnew/ハーティー・ラダーの開発者は吉村隆樹さん。以下に紹介するTextClipperの開発者でもあります。まなつのみかんにある、ブログをご覧ください。このまなつのみかんのHeartyLadderの記述は古いようなので、上にあるリンクをご覧ください。HeartyLadderも無料で公開されています。昔は150万円くらいした視線入力装置が2014年に12000円くらいで入手できるようになったそうで、この視線入力装置を使うためのソフトHeartyAiと、このHeartyLadderと組み合わせるとよいとのことです。以下に説明のpdfがありますのでご覧ください。http://heartyladder.net//upload/takaki/hearty/HeartyAi.pdf関連した新聞記事もリンクが切れるかもしれませんが、ご覧ください。https://mainichi.jp/articles/20180331/k00/00m/020/106000cさて、TextClipperです。これは以下のページにある吉村さんの説明を引用しますと、こんなソフトです。http://takaki.la.coocan.jp/freesoft/textclipper/「TextClipperについて本プログラムはテキストのデータベースです。某ユーザーさん曰くテキストのデータベースなんてかたぐるしく言わずに、「アイデアクリップ」とか「アイデアメモ」なんて紹介するともっとユーザーが増えると思います。多くのテキストをツリー構造で管理します。データーベースというと、データの入力が結構大変です。テキストのデータベースになると、テキストファイルを読み込んだり、ソフトを切り替えてコピー&ペーストを繰り返してと言うことになるでしょう。このソフトではそういう作業は必要としません。世はインターネットブーム。ネットサーフィンに興じている人も多いでしょう。そこで得た情報はどうやって管理しておられるでしょうか。この部分の文章はとっておきたいと思っても、すぐに簡単には保存できないと思います。このソフトを常駐させておくと、ネットスケープやインターネットエクスプローラで保存したい部分を反転して後はボタンを1つ押すだけです。タイトルを付けたりする必要もいっさいありません。プログラミングやネットサーフィンをしながら手間をかけることなく自然とデータベースにデータが蓄積されていく感じです。これより簡単な保存方法はないでしょう。その逆のデータベース化したテキストを利用するときも、簡単に使用中のワープロやエディタ、通信ソフトにペーストできます。本プログラムはいろんな場面で応用できると思います。私はこのソフトのクリップツールという機能拡張を主に使っています。ネットサーフインしていてこれはと思ったテキストをキーワードをつけて(つけなくてもいいです)、どんどん一つのテキストファイル(Tc_txt.txtという名前のテキストファイルです)に保存していくことができます。新しくクリップしたテキストはこのテキストファイルの最後尾にクリップした日時、簡単な出典表記、自分でつけたキーワード(なしでもOKです)とともに追記されていきます。してテキストデータベースを構築しておけば、あれはなんだったっけと思いだせないときにも、保存したテキストファイルをgrepソフトなどで検索したら一発で該当テキストをみつけられます。キーワードを保存時に追加しておけばなおさら検索は容易になります。保存には自分で保存用キーを設定することもできます。私はたとえばshift+Cにして保存しています(12月1日追記:すみませんshift+Cでは大文字のCを入れる時にクリップツールが起動してしまいだめです。alt+Cとか、shiftのダブルクリック+Cとかにしてください。)が、キーコンビネーションは環境設定メニューの、キー割当から設定できます。Wordやpdfリーダー(Acrobatなど)、ブラウザで表示したテキストなど任意のソース中のテキストファイルを保存することができます。一つの決まったファイルにクリップするごとに付け足されていきますので、このクリップをどんどんつづけていけば、結構充実したテキストデータベースができます。このクリップツールは以前、吉村さんにお願いして作ってもらったものですが、大変便利です。野村さんとあるものをダウンロードして解凍してできたファイルclipfile.ctaを、TextClipperフォルダに入れると使えるようになります。私はこんなツールがあったら良いなぁとうお願いをしただけです。プログラムは木谷さんと吉村さんです。私の去年のランチョンセミナーで、論文の例文集をつくっておいて、それをコンコーダンスソフトで検索して、英文執筆に役立てると言う話をしました。その例文集の作成にもピッタリのソフトですので、お試しください。その際、改行の処理とかが必要になるかもしれませんが、いろいろ工夫してみてください。(12月2日追記:clipfileの使い方についてさらに詳しく説明しましたのでここを次にご覧ください。)(註1:Xoopsはこのブログで使っているWordPressのような、コンテントマネジメントシステムCMSというもので、研究室の内部ホームページで必要な資料を共有する、連絡をするなどに活用していたこともあります。いろんなレンタルサーバーで使えるので活用するのもいいかもしれません。私達は、MicrosoftのOneNoteに変えてしまったので今は使っていません。OneNoteで各人の実験結果を毎日報告してもらい、進捗状況を把握しコメントする、通勤電車の中で各メンバーの進捗状況を確認してコメントする、情報を共有する、などの使い方をしていましたが、これは役立ちました。root今日は私が使っているいくつかのソフトを紹介します。画面の静止画像をキャプチャするソフトです。これはWinShotを使っています。昔からあるソフトですが私のwindows10環境、windows7環境で作動しています。(残念ながらwindows10ではヘルプはでません)。起動して範囲を指定してスクリーンキャプチャするには、デフォルトではAlt+PrintScreenを押します。範囲指定の十字が出てきますので、マウスを左クリックしてドラッグして範囲を決定してクリックするとクリップボードに範囲の画面がjpgで保存されます。ビットマップ保存、jpeg保存などを、アクティブウインドウ、デスクトップ、台形範囲指定、などで保存できます。保存先のフォルダの指定ももちろんできます。このソフトは教材のスライドに資料として使いたい画像を挿入するのに使っていました。Professionalならスナップショットツール)を利用して必要な図や表をクリップボードにコピーして、パワーポイントファイルにペーストします。以上くらいにした上で、キャプチャしたい範囲を指定してキャプチャするのがいいです。100%でやると、できた画像はスクリーンに投影すると解像度が悪くてぎざぎざが目立って使い物になりません。パワーポイントで投影したときに図の画質が十分になるためには、pdfの表示倍率を高くしてキャプチャすると覚えておいてください。話がそれましたが、上で紹介したソフトWinShotには、さらに定期実行キャプチャというのもあって、指定した秒の間隔で、デスクトップやアクティブウインドウ、指定した台形範囲などを定期的にキャプチャして一か所のフォルダにビットマップかjpegで保存してくれるモード(ファイルに自動ナンバリングもできる)もあります。これも重宝しています。定期的にキャプチャした画像をまとめてpdfにしたりするのも簡単にできますから、この機能の応用範囲は広いです。Studioとかいうソフトが有名なようです。一度ダウンロードして使ってみようと思いますので次回に報告します。次回にはクリップボードにコピーしたテキストファイルをどんどん集めていくソフトの紹介もしますのでお楽しみに。写真は散歩コースの途中でみかけた萩の花です。秋も深まってきました。rootこのブログではプレプリントサーバーの活用について紹介してきました。いつも多数のアクセスありがとうございます。写真は近所でみかけたくずの花です。秋も深まってきました。何度もNIHのVideoCastを紹介していますが、数日前に米国のポスドクの現状とポスドクとしての能力、存在感をアピールするのにプレプリントを発表することが薦められるという講演があったので紹介しておきます。author(筆頭著者)の論文を発表するのに要する期間が、これまでになく長くなっており、論文が少ないので研究費を獲得したり、次の職を得るのに困難を覚えるポスドクが増えているのに対する対策、そして査読する能力をどのように向上させるかなどを扱っている、興味深い講演でした。講演のスライドはここをクリックするとダウンロードできます。ブラウザChromeかInternetExplorerでアクセスしてください。青字で閲覧のみとか書いてありますが、スライドはダウンロードできます(開いたページの「ファイル」をクリックして開き、「形式を指定してダウンロード」を選んで、Powerpointやpdfなど好きな形式でダウンロードしてください。講演は高画質でダウンロードできますので、たとえば1240kの高画質でダウンロードして、適当なメディアプレーヤーでみればゆっくり講演を聴講できますのでお試しください。ハイビジョンの高画質のムービーでもみられるメディアプレイヤーとして、私はMPC-BEというフリーソフトを使っています。California―に属していてプレプリントの利用を推奨するとともに、ポスドクのキャリアパスについても研究している方です。講演にもありますが、論文に要求されるデータ量が激増していいます。paperがでたが今では平均4-5年と論文の出版が遅れるようになっているようです。これは論文として出版されるために必要な実験量が昔の倍以上になっていることも原因であり、以下の論文で具体的に実証されています。1Cなどどある場合のA,B,Cなどの数―を数えてそれにTableの数などを加えて算出してます(註1)。下の論文やこのビデオをみてもらうとデータがありますのでご覧ください。実験量が増えたことで、論文として完成するのに時間がかかり、ポスドクや院生が論文をだすのが遅くなってしまうわけです。これは日本で多い5年プロジェクトなどでも経験しますが、ポスドクや院生や研究者にとって深刻な問題です。それをどうして救うかというのがこの講演の内容です。プレプリントを活用できるというのがこの講演の一つのメッセージです。(註1:私見ですが、さらにグラフの場合、統計処理するためサンプルのサイズN=30とかになることがよくありますので、一つのパネルといってもそこには本当に多数の実験が繰り返されている場合があり、これをカウントするともっと実験量が増えると思います)。https://doi.org/10.1073/pnas.1511912112プレプリントのメリットは、いろいろあります。去年あたりから、グラントの申請や業績報告書にプレプリントを掲載することができる組織が激増しています。就職活動や研究報告、新しい研究費の申請のときに、業績としてプレプリントが使えるようになっているわけです。2016)でもプレプリントが利用できます。Organization.”といった具合です。HMMIなど大手のグラント母体もそういう方針になっています。これもASAPbioのページにリストがあります。プレプリントについては以下のページ(ここをクリック)がまとまっています。preprintについて投稿してみた人の経験がこのリンクに動画と画像で紹介されています。プレプリントサーバーは以前にも紹介しましたが、最新のプレプリントサーバーのリストがありますのでご覧ください。Preprints:ServerListというページです。ここにリンクがあります。プレプリントを公開すると学会の講演のように、研究者の存在感を示すことができます。フィートバックがくるので論文を改善できます。bioRxivの場合は10%ほどにコメントがつくようです。他の人にコメントをみられたくないという人も多くて、そんな人は著者にemailしてきたり、twitterやFacebookなどのSNSでコメントをくれるようです。プレプリントサーバーのコメントは公開前にチェックが入っているので炎上とかなないようです。雑誌の編集者はプレプリントをみていますので、プレプリントをみてうちの雑誌に投稿してくださいといってくることinvitationも結構あるそうです。研究の早い段階でプレプリントをみて連絡してくる共同研究者が見かる例も多いそうです。いつどんな研究をしたかを、公開のプレプリントサーバーに記録としてのこせる(doiもプレプリントに付与されますし、プレプリントの引用を許している雑誌も増えています)上に、バージョン管理もできる。就職や研究費(グラント)申請の時、研究者としての生産性を示すことができる。これは上にも述べました。今までは論文を投稿してからアクセプトされるまでは業績や研究成果に載せられないことが多かったのですが、プレプリントを業績として認める組織が増えているので大きなメリットです。なによりも発見を加速させることができるのが最大のメリットでしょう。scooped!というのが最大の不安なのではないでしょうか。これは簡単にはやれないと思われます。論文の内容をプレプリントでみて、それをもとにもっとよい論文を書くというのですが、これをやるのはほぼ不可能だと思います。アイデアとか実験とかはプレプリントに書かれており、投稿日もバージョンも公開されているので剽窃は困難です。アイデアや方法、結果のクレジットを早々ととって、研究成果を共有するメリットのほうがいまや大きくなってきているようです。物理とかコンピュータサイエンスの分野でのプレプリントの経験から、scoopするのが困難でリスクをともなうことは明らかなことだと思います。その他の考える不安点も講演で議論されていますのでご覧ください。どの雑誌がプレプリントへの投稿前の掲載を許可しているかは、ここをごらんください。プレプリントの雑誌会というのもネット上にいろいろあるのでその紹介やレフリーのコメントなどを公開する動きが加速しているという話も講演にあります。root前回はRとRstudioの紹介をしました。commanderと、RコマンダーのプラグインであるEZRをインストールする方法を紹介しようと、最新版のRを使って紹介記事を書いていたのですが何故かEZRのインストールがうまくいきませんでした。コマンダー)をRstudioからインストールしたあと、EZRをRstudioからインストールする時うまくいきませんでした。解決したのでうまくいったRコマンダーとEZRをインストール法を紹介しておきます。前回紹介した方法でRをインストールし、次にRstudioをインストールします。次にRstudioを起動してRcmdrをインストールします。やり方は、Rコマンダーのインストール:右下のpane(パネルのようなもの)からpackagesタブを選びます。libraryのパッケージがすでに存在するのがわかります。commanderなどのパッケージ(Rcmdrなど)はありません。これをインストールするのが今回の作業です。右下パネルのInstallタブをクリックします。すると新しいウインドウが開いてpackagesという部分にカーソルが点滅していますので、そこにrcmdrといれてみましょう。ポップアップがでてきてRcmdr以下、RcmdrMiscとかRcmdrPlugin.aRnovaなどがずらーっと一覧ででてきます。下ののほうにRcmrPlugin.EZRもありますね。Rcmdrを選択します。depencenciesのチェックがはいっているので、そのままにします。Installボタンを押します。すると左下のコンソールpaneにいろいろいろ赤字で表示がはじまり、packagesを次々と解凍してインストールしているのがわかります。結構な時間がかかると思いますが終わるまで気長に待ちましょう。赤字でいろいろ経過が表示され、その後、カーソルが点滅してすすまなくなったように見えますが、5分も放置しておくと次にすすむようでパッケージの解凍などに時間がかかるようです。どこそこ、というパッケージの保存場所の表示がでたら終わりです。終わると右下のPane{パネル)に前にはなかった様々なパッケージがあるのがわかります。パッケージの表示パネルにRcmdrとRcmdrMiscが表示されているのを確認してください。commanderを起動。details.という赤字のメッセージでRstudioのコンソール画面は止まるので、Rstudioのウインドウを最小化して画面をみると、「Rcmdrが利用する次のパッケージがありません」というメッセージのでているポップアップウインドウがあり、「これらのパッケージをインストールしますか?」ときいてくるので、はいをクリック。すると、「ないパッケージをインストールする」という画面がでるので、CRANの指定でOKを押します。Rstudioにもどって見ていると、つぎつぎと赤字でインストールがすすみます。インストールが成功すると>の印がコンソールにでますので、インストール終了です。うちこんでエンターを押すと、Rコマンダーのポップアップウインドウが自動で開きます(日本語です)。コマンダーのメニューのツール(ヘルプの左)をクリックして、Rcmdrプラグインのロードをクリックします。(ここが大事なのですが、この段階で、Rstudioの右下のPackageのパネルでRcmdrPlugin.EZRにチェックが入っていないことを確認してください。Rにロードされていませんので注意してください。RcmdrPlugin.EZRの順にRstudioの右下パネルでチェックをいれて、Rコマンダーを立ちあげていました。するとEZRがこのプラグインのロードに表示されない=RコマンダーからEZRが使えないという不具合が起こります。pluginにチェックが入っていないことを確認してください。上の図のようにプラグインにEZRが選択されて表示されているので、OKをクリックします。するとRコマンダーを再起動しないとプラグインを利用できません、再起動しますか?(下図)ときいてくるので「はい」をクリックします。再起動するとEZRの画面がでます(下図)。Rstudioとは別のウインドウに表示されるので注意してください。メニューの一番右に「標準メニュー」というのがでていたら成功です。ここに本来のRコマンダーのメニューがあつまっていて、Rコマンダープラスアルファの機能がその他のメニューから使えます。解析結果のグラフなどはRstudioのplotパネルではなく独自のポップアップパネルにでてきます。Rstudioにもどってみると、右下のパネルのPackageのところのRcmdrPlugin.EZRにチェックが入りました。EZRを閉じるときには、Rコマンダーのメニューから閉じて、その後、Rstudioを閉じてください。その他のRstudioについての注意:1)RstudioではLinuxとおなじようにTab補完機能が使えます。コンソールでlibrary(Rとうちこんでtabキーを押すと、RcmdrとかRcmdrPlugin.EZRとかの候補がポップアップしますので、適当なのを選んでエンターをおせば入力の手間がはぶけます。これは便利な機能です。commanderが起動している状態でRstudioを終了するときの注意。Rstudioでquitコマンドをいれても永遠に終わらないので困ります。コマンダーが終了できないためです。sessionsが永遠に続くのです。3)インストールしたパッケージは、ドキュメントのフォルダにあります(windows7以上の場合)。まっさらにRをしたいときは、Rをアンインストールした後、このドキュメントフォルダ内の、Rフォルダを削除しないとパッケージは残ります。4)Rstudioでは4つのpaneが表示されるといろんなところに書いてあります。左上のソースエディタが表示されていない人が多いのではないでしょうか。presentationsと並んである画面にあるViewerのチェックをいれると表示されるようになります。一つよくあるのは、ソースエディタが隠れていて見当たらないケースです。この場合は、sourceと書いてあるのでわかります。その部分をマウスでドラッグして拡げればソースエディタが見えるようになります。root台風の大きな被害が各地で報道されていましたが、今度は大きな地震にみまわれてしまいました。被災した皆様に心からお見舞い申し上げます。救出作業や停電やライフラインの復旧など、様々な活動に日夜尽力されておられる皆様に心から感謝いたします。ESRを使っていた皆さんへのお知らせです。Quantum最新版への移行が必要になりましたね。Quantumベースの最新版になったため、自動更新にしている方は今までESRで利用していた古いアドオンがほとんど使えなくなっていると思います。手動で更新したら、せっかくESRにして使い続けていたESRでしか動かなかった古いアドオンが使えなくなってしまいますので気をつけてください。ScrapBookとかです。ScrapBookは便利なアドオンですので、最新のFirefoxに対応してもらいたいものです。要望はあるようですがなかなか開発されないようです。Dictionaryはすぐに最新版に対応してもらって本当に良かったと思います。Firefox版とChrome版のありかを念のためにリンクしておきます。戻し方を書いておきます。古いFirefoxではセキュリティーアップデートが継続されませんので、使い続けることはおすすめできません。それでたとえばScrapBookの場合だったら、データを書きだすなどしてこれ以降は古いバージョンのFirefoxを使わないのがよいでしょう。最新版に自動アップグレードされてしまって、古いアドオンをどうしても使う必要がある(バックアップのためなど)ときの対処法を書いておきます。(私のwindows10ではうまくいきましたがその他のシステムでは試していません)1)新しいFirefox(60番台のESR版)では今まで使っていた多くのアドオンが使えなくなっています。記憶させていたログイン情報とかパスワードとかはちゃんと自動アップデートされたFirefoxに記憶されているでしょうか。念のため、ログイン情報やパスワードがちゃんと新しいFirefoxに移行されているかどうかを確認してください。このFirefoxをこれからいじりますので、これらが消えてしまうと大変です。念をいれて、以下のやり方が失敗した時に備えて、私はログイン名とパスワードを表示した画面をデジカメで撮影しておきました(パスワードなどを書きだすアドオンが動いておればそれで書きだしてもいいです)。古いFirefoxに戻しましょう。ESR版のFirefoxを起動し、ヘルプメニューにあるトラブルシューティング情報という項目をクリックしてみてください。プロファイルフォルダへのリンクがあるのでクリックしてプロファイルフォルダの場所を開いてください。Firefoxはプロファイル(profile)フォルダというフォルダにログイン情報とかブックマークとか、アドオンの情報などすべてを集めていますので、これさえあればトラブルがおこっても大丈夫、ちゃんと動いていた時のFirefoxに戻すことができます。どこか好きなところにこのプロファイルフォルダを中身ごと全部コピーしてバックアップとしてとっておきます。これがあれば最悪、自動アップグレードした状態へもどれます。3)古いFirefoxに戻すやり方は簡単です。ESRのインストーラー(以下にありかを書いておきます)を使って、インストールします。デフォルトでインストールすれば、古いバージョンが復活するはずです。必要なアドオンを起動して、使え困りまりますので、ツール、オプション、詳細と選択して、更新をクリックし、更新を自動的にインストールするのチェックを外して自動インストールしないようにしておきましょう。自動更新される前のFirefoxESR版ですが、昔インストールしたときのインストーラファイルがあればそれを使います。なければ以下のftpサイトからダウンロードできます。Mac版、Windows版、Linux版など昔のものから最新のものまでいろいろそろっていますので、必要なインストーラーをダウンロードして、インストールすると、更新される前のバージョンに戻ります。ひとつ前のバージョン52.9.0esrはここにあります。win64のディレクトリをクリックして開いたフォルダからダウンロードできます(win32は32ビット版)これは前にインストールしてあったScrapBookが使えますが、停止されておりaddonのインストールメニューから探して再インストールする必要があります。古いもの52.7.3esrもここにあります。これはインストールするとすぐにScrapBookが使えます。覚えておくといいのはプロファイルフォルダの管理のことです。Quantum以前のFirefoxでしか試していません。うまくいかないかもしれませんので注意してください。パソコンにFirefoxをインストールしたとき、もとのパソコンの情報をそっくり引き継ぐのは新しくインストールしたFirefoxのプロファイルフォルダの中身を、前のパソコンのプロファイルフォルダの中身にそっくり置き換えれば可能です。私が退官するときに古いパソコンのFirefoxの設定をプロファイルフォルダのコピーで別のパソコンへ移しました。詳しく書くと以下のとおりです。新しくFirefoxをインストールしてできたprofileフォルダの場所を上と同様にヘルプメニューのトラブルシューティング情報から探します。探し出したプロファイルフォルダの中身を全部消去します。空にしたプロファイルフォルダをクリックして開き、そこに先ほどコピーしておいた設定を移行したいFirefoxからコピーしておいたプロファイルフォルダの中身を全部選択して丸ごとコピーするといいです。すると、昔のFirefoxがよみがえります。写真は道端に咲いていた月見草です。root試験が終わって夏休みを満喫している学生さんも多いかと思います。新学期が始まる前によんでみるとよい本をいくつか紹介しておきます。著)は、私の大学二年生向けの細胞生物学の講義の参考書に紹介していましたが、とてもわかりやすい本で、生物学専攻でない物理や化学専攻の大学1,2年生におすすめの入門書です。生命科学関係の学生にもおすすめで、私のラボの院生も読んでとても参考になったといっていました。こちらも生物学演習の学生さんに薦めていましたが、linux入門には最高の本だと思います。linuxが必要かというところからはじまって、最後は気象衛星ひまわりの画像をダウンロードして画像をつなげてムービーをつくるところまで勉強できます。私も読みながらコマンドを実行しながら読み進んでいくと、ちゃんとムービーをつくることが出来ました。ubuntuのlinuxを使えばコマンドもすべて本のとおり打ち込めば実行できますので是非お読みください。以下の講演会(平成27年度NGSハンズオン講習会)のビデオ、テキストをみれば、biolinuxをvirtualboxでwindowsにインストールして動かし、この本の実習を行えるだけではなく、簡単なバイオ系ソフトをlinuxで動かしてみることもできます(リンクの事前予習資料一覧のpdfから始めてください。インストールの仕方のスライドもリンクにあります。丁寧なスライドですのでだれでもbiolinuxがインストールできます)。biolinuxをインストールするやり方は詳細にこのページのリンクにありますので、そのとおりやれば簡単にできます。ハードディスクの空容量は十分確保してからはじめてください。平成27年度の講演会では、シェルスクリプト入門、pythonやperl入門、Rの入門などいろいろな講義が動画とテキスト付で公開されています。私も通勤電車のなかで全部視聴して大変勉強になりました。その後の講習会は段々と上級者向けへ内容がシフトしていますのではじめるなら27年度の講習会からかなと思います。このブルーバックスをbiolinuxを動かしながら読んでいくときの注意点です。biolinuxではこの本の285ページのコマンドは作動しません。この本はシエルがbashなのですが、biolinuxはシェルがzshなのが原因です。matchというエラーを返してくるのです。nonomatchとうって実行しておくと、285ページのコマンドもbiolinuxで動きます。zshとbashの違いについてはたとえばここに詳しく書かれています。サミュエル・スターンバーグ著)もおすすめです。ゲノム編集の開発だけでなく、その正しい応用を目指すスタンスが強調されているとてもわかりやすい本です。組織特異的にゲノム編集をするのはどうしたらよいのかなども紹介されていて、ゲノム編集について考えるための必読文献です。Doudnaさんの講演はいっぱいネットにありますがたとえば去年のこの動画などはいかがでしょうか。CRISPRタンパク質を使ってそれから逃れるといった最新の話題もとりあげられています(2017年の講演)。英語字幕をYouTubeでオンにしたら聞き取りやすいと思います。新しい講演は以下のものです。Lectureでの講演です。2018の受賞講演です。これもYouTubeで字幕オンでみるとよいでしょう。root13日未明のペルセウス座流星群、皆さんはご覧になったでしょうか?星空をながめるときには星座早見盤ソフト(プラネタリウムソフト)があるととても便利です。(プラネタリウムソフトの代表格)です。Windows、Linuxなどで動きます。日本語化されているのでボタンの説明などほとんど日本語でつかえます。プラネタリウムでも使われているソフトということで機能満載です。ここからバージョン0.18.2をダウンロードして起動するとデフォルトの星空の表示場所はTokyoになっています。フランスのパリでした)(もし起動しないときは註1を参照してください。起動してすぐにプログラムが終了してしまう方は註2をご覧ください)。星空を表示する都市を選ぶことができ、KyotoとかFukuokaとか日本のほとんどの都市がリストにあるので自分のいる場所に近い都市を選んでそれをデフォルトに設定しましょう。(デフォルトに設定を忘れると次回起動時、またパリの空がでてきます。)GPSで自分の観察する場所の緯度と経度を調べて入力する(註3参照)ともっと正確な空の表示になります。カーソルを画面左下へもっていくと縦メニューがでます。画面下へもっていくと横メニューがでます。この二つのメニューにあるボタンでソフトを捜査します。カーソルをメニューのアイコンにあわせると日本語でアイコンの説明がでますので、いろいろさわって遊んでみてください。簡単な使い方を以下に書いておきます。起動したらまずF6キーを押すか、画面の左にマウスカーソルを置くと表示される縦のメニューの一番上(現在位置)を押しましょう(下図)。これで使用する場所を設定します。観測場所というメニューが開くので地図の右にあるリストから英語名の地名を選びます(FukuokaとかKyotoとか)。現在の場所をデフォルトに設定のチェックをいれて閉じます。正確な現在位置を使いたい場合は、緯度と経度の数値をいれます。高度を入れることもできます。(Geographicaなどを使ってみてください)。次にさっそく夜空をみてみましょう。F5を押すか、画面左にポップあっぷする縦むきのメニュー(縦向きに項目が並んでいる)の上から二つ目をクリックして、日付とj時刻、ユリウス日というメニューを表示します(下図)。左で西暦と月、日、右のユリウス日で時刻を選びます。数字の上下の矢印を押すと数値が自由に増減できます。これでたとえば2018年8月13日、1時10分とかを選ぶと、その日時の空が表示されます。次に星座の名前などが表示されるように、マウスカーソルを画面下に移動、表示される横向きのメニュー(横向きに項目が並んでいる)の一番左(星座線)と二番目(星座名)をクリックします。これで星座の名前と、形がわかるようになります(下図)。マウスカーソルを動かすと、北や南、北東その他、自分の見たい方向を表示できますし、天頂にむかって表示を変えることも自由自在です。