退職し、家庭中心の生活を送っていたブースとブレナン。ところがある日、ブースの遺体が見つかったという知らせが入り、ブレナンはジェファソニアンに駆けつける。ミラーは、ブースが犯罪に関与したと主張する。第2話「生還を信じて」ブースの捜索が続く中、パートナーの失踪を隠していたミラー捜査官に殺人の容疑がかかる。彼女のパートナーは潜入捜査官のリストを持ち出していた。ブースはそのリストの入手を企んだ一味に組しているらしい。ブレナンは真実を求め、必死で遺体の骨を調べ続ける。第3話「ドナーになった男」FBIとジェファソニアンに復帰したブースとブレナン。カムはアラストとの別れを受け入れようとしていた。そこへ魚に臓器を食べられた遺体が運ばれてくる。遺体の身元は発明家のネズビット。ブレナンたちの調査の結果、遺体の臓器は魚に食べられたのではなく、何者かに摘出されていたことが判明する。第4話「殺しのタッチダウン」ファンタジー・リーグのメンバーだった男性が何者かに殺される。架空のリーグで繰り広げられる熾烈な戦いに真剣にのめり込む男たち。高齢の女性実習生メイヤー博士が、ブレナンも舌を巻く活躍を見せ、事件を解決に導く。教会の床下から女性の遺体と首のない男性の遺体が見つかった。そこへ男性の遺体の引き渡しを求め、スリーピー・ホロウからアビー・ミルズ捜査官と時代錯誤なイカボッドがやって来る。女性の身元は医学生のサラ、男性は独立戦争時のイギリス軍将校と判明。ブレナンたちは2つの遺体の関連性からサラ殺害の犯人に迫っていく。第6話「清掃車の中の上院議員」バージニア州選出の上院議員が殺された。子の娘が容疑者として浮上する。オーブリーと実習生のジェシカがいい雰囲気に......。森で女性の遺体が発見された。被害者のクラリッサは“マジックの城”に所属するマジシャンで、脱出芸の達人だった。カムはアンジェラの元を訪れる写真家セバスチャンの存在が気になっていた。ブレナンたちはクラリッサの体内から見つかった謎の鍵の正体から、犯人を突き止めようとする。(NSA)の機密を暴露した新聞記者が殺された。政府による盗聴に脅えながら手がかりを探すスクインツたちだったが、元夫や記者の同僚が容疑者として浮かび上がる。ブレナンはブースに内緒である計画を実行に移そうとしていた。第9話「カウボーイ殺人事件」ラボに運ばれてきた遺体は西部開拓時代を模した射撃ゲーム大会の参加者だった。ブースは事件解決のため大会に潜入、さらに結婚生活のマンネリ解消のためにとブレナンも加わることに。復活したバックとワンダのコンビは捜査を続けるうち、被害者の殺害場所は主催者が所有する大会の開催場所であることを突き止める。オーブリーとホッジンズが負傷してしまう。遺体には時限爆弾が仕掛けられていた。報道を見てラボに駆けつけたバジリも協力し、ブレナンたちは犯人の手掛かりを探すが、他の男性と付き合い始めていたカムは、元恋人の帰還に複雑な思いを抱く。運ばれてきた遺体の身元は公選弁護人の女性ドレア。遺体の一次検査の最中、退院したばかりのホッジンズがラボに現れた。周囲の心配をよそに強引に職場復帰する。ホッジンズのおかげで次々と重要な証拠が発見されるが、カミールは彼を安静のため無理やり帰宅させる。ホッジンズ抜きで事件の真相に迫っていく。男性の権利を守るために作られた団体のトップが何者かに殺された。男女平等を理想とするブレナンは、捜査の間中、人々が内側に抱える性差別の意識を指摘し続ける。車イスのホッジンズは周囲に当り散らし、アンジェラを悲しみのどん底に突き落とす。公園で女性の遺体が見つかった。身元はソーシャルワーカーのアリソン。遺体は剥製処理が施され、そばには手作りのカセットテープと聖書が。この遺体の状況からアラストが同様の身元不明遺体の存在を思い出し連続殺人であることが判明。どんなモンスターがブレナンを待ち受けているのか。第14話「セカンド・チャンス」FBIの聴聞会を控えて、容疑者を殴ったことを後悔してないと断言するブレナンを前に、ブースは気が気ではない。刑務所を出所して更生の道を歩んでいたはずの女性の遺体が見つかる。川から凍った男性の遺体が見つかった。タトゥーからフィクサーのフランクだと判明。オーブリーが子供の時に父親が使っていた探偵で、顧客は秘密を抱えるクセ者だらけだ。捜査線上に浮かんだのは特殊な性癖の億万長者を脅迫していた人物。ブレナンは娘のオール優の成績を疑うオリバーとも戦いながら事件の真相に迫っていく。一流大学の生徒で、全国大会優勝が期待されるアカペラグループのメンバーが殺された。被害者に恨みを抱いていたと思われる人々が聴取される。捜査中にオーブリーには意外な秘密があることが露見し......。森で溶けた遺体が見つかった。所持品から被害者は大統領警護官だと判明。ブースたちはシークレットサービスと合同で大統領の訪問を控えた町にいる反政府分子を調べ始める。風邪で自宅療養中のブレナンの代理で政府から派遣されたのは元助手フィッシャー。警護官の秘密も明らかになる中、大統領の到着が迫る。犯人の狙いは?第18話「アメリカの横顔」ジェファソニアンとFBIの協力関係を特集するテレビ番組のスタッフが取材にやって来た。ブレナンをはじめメンバー全員がインタビューされ、ゴミ埋め立て地で遺体となって発見されたピザ配達人の殺人事件の謎が解き明かされていく。川で首なし死体が発見された。膨大な数の傷痕からブースが被害者は有名なホッケー選手だと断言。死因特定に必要な頭部をホッジンズとオリバーがドローンを使って捜索する。チームメイトやブースの昔のライバルの道具係を調べるうち、バーで選手たちに接触する怪しい女を発見。事件解決の糸口となるチームの謎とは?第20話「容疑者となったスクインツ」スクインツの一員、クラークが15年前に加わった探検隊の隊長の遺体が、アラスカの浮氷の中から発見される。他殺体と判明したため、生還した4人の隊員が容疑者となるが、その1人のクラークが黙秘権を行使して、ブースたちを困惑させる。同行した考古学者、ガイド、助手、クラークのうち、真犯人は誰なのか?第21話「海を渡った宝石泥棒」リサイクル工場で発見された遺体からダイヤが見つかった。3日前に宝石店で盗まれた宝剣の一部だ。そこへ被害者と犯人を知っていると主張するフランスの警部が現れる。警部の情報から被害者は侯爵夫人と判明。侯爵が宝石強盗と夫人殺害の容疑者として浮かぶ。ブレナンたちは警部と協力し真相へと迫っていく。連続殺人犯による3人目の犠牲者が出る。自分が一時期ラボを辞めていたせいでこうなったと悩むブレナン。彼女は悪夢を見続け、その中に犯人らしき人物が登場する。犯人の真の狙いはブレナンらしいと判明する中、ついにラボから拉致され、目を覚ました彼女の前にいたのは、あり得ない“あの人物”だった......。