開山は、約700年前。空信が京都今熊野の地で開山。以降、京の町や佛光寺と共に、その歴史を重ねてきました。地)に、法興寺を建立し、これを「西ノ坊」と称した。豊国神社の地)に移転し、佛光寺と称し隆盛を極めた。文明十四年(1482)佛光寺宗主・経豪は、当時の四十八坊中の四十二坊と数千の末寺・門徒を引き連れ、本願寺・蓮如に転じた。助け、佛光寺の法灯を守った。寺基を現在地に移した。その後、寛永十年(1633)に寺号を「長性院」と改名し、現在に至っている。天明八年(1788)、京の都を灰燼と化した所謂、天明の大火により、本山両堂と共に長性院も焼失するが、寛政元年(1789)に再建を果している。七十五年後の元冶元年七月(1864)、鳥羽伏見の戦いの兵火に罹り、再び本山共々長性院も全焼し、14年後の明治11年2月(1878)寺宇を完成した。その後、明治39年三月(1906)自坊から出火、本堂、庫裏を失ったが、明治41年(1908)焼失を免れた座敷を、本堂兼庫裏に改築した。昭和九年六月には、良祐の子息乾祐(乾三)が長性院第二十三世を継職し、昭和41年(1966)、老朽化が激しく且つ手狭な、本堂兼庫裏を新築し、改修を重ねて今日に至っている。嘉暦元年(1326)に描かれたもので、国の重要文化財の指定を受けているが、当院の絵系図には、俗人姿や女性、更には子供までもが描かれており、佛光寺教団の草創期における活動を伝える重要な資料となっている。