同期となったザビ家の御曹司ガルマと親交を深めるシャア。次第に二人は学生たちからも一目置かれる存在になってゆく。それはシャアの描く復讐への壮大なシナリオの幕開けでもあった......。カカシの元につく事になったナルトだが、修業の成果を見せる為にサクラとタッグを組み、かつて行ったサバイバル演習でカカシに挑む事になる。砂隠れの里では風影となった我愛羅の近くで不審な動きがおこる。“暁”のメンバーが砂に降り立ったのだ。力尽きた我愛羅を連れ去るデイダラ。カンクロウはバキの制止を振り切り、弟・我愛羅を取り戻すべく小隊にて追跡を開始する。追っ手がかかる事は“暁”の想定の範囲内。巧妙に仕掛けたトラップで次々と砂の追っ手を脱落させていく。カンクロウは執念の追跡で、ただ一人“暁”の元に辿り着くのだった。“暁”のアジトにたどり着いたカカシ班とガイ班。侵入を試みるも、結界に行く手を阻まれてしまう。結界解除の方法は、仕掛けられた五枚の札を同時に剥がすことのみ。ネジの白眼で札のありかを探り出し、連係プレイで結界を破壊する。その動きはすでに“暁”の知るところだった。白熱するナルト達のサバイバル演習。術の連係にキレを増したナルトに、戦闘に不向きと思われていたサクラも、綱手直伝の技を駆使してカカシを追い込んでいく。その頃、砂隠れの里では我愛羅を狙う“暁”のデイダラが極秘潜入工作を開始していた。数々の警備を突破していくデイダラ。潜入成功かと思われたそのとき......。砂隠れの里から風影誘拐の報せが木ノ葉に届く。一刻を争うと判断した綱手は、早速カカシ班を砂に向かわせる。“暁”との戦端を開くカンクロウ。傀儡の仕込みを次々と読まれ苦境に追い込まれる。砂隠れの里へ先を急ぐナルトを諌めるカカシだが、ナルトは「人柱力」という同じ苦しみを分かち合う仲間として我愛羅の身を案じ、“暁”に対する激しい怒りを爆発させる。瀕死の状態で回収されるカンクロウ。治療が施されるが、その身に受けた未知の毒でこのままでは二、三日の命と判明する。一刻を争うカンクロウの病状。それは毒の専門であるチヨバアの手にすら余る代物だった。一縷の望みは綱手より遣わされた木ノ葉の援軍のみ。肝心のナルト達は、砂嵐により行く手を阻まれてしまう。同じ頃、我愛羅をアジトに運んだ“暁”達は我愛羅から尾獣を引き剥がすべく封印術を開始するのだった。危篤状態のカンクロウに完璧な処置を施していくサクラ。初めこそ仇敵である木ノ葉に不信感を募らせていたチヨバアだが、砂の危機に直弟子を遣わす綱手の心遣いとサクラの懸命な治療に心を打たれ、時代の変化を知るのだった。一命を取り留めたカンクロウは“暁”の手掛かりを提供。カカシは忍犬による追跡を開始する。“暁”のアジトを突き止め、直ちに我愛羅奪還に発とうとするカカシ班。里の警備を命じられてしまったテマリに代わって同行の名乗りをあげたのはチヨバアだった。パックンは砂へ向かう途中のガイ班の元に辿り付いていた。パックンの案内のもと直接アジトを目指すガイ班だが、その動きは既に敵の知る所だった......。倒された鬼鮫とイタチは「象転の術」によって姿と能力を模されたまったくの別人だった。これを時間稼ぎと読むチヨバアとカカシは、既に“暁”は我愛羅から尾獣を引き剥がしにかかっていると推測し、焦りをにじませる。状況が把握できないサクラとナルトに「尾獣」とそれを宿す「人柱力」の関係について語り始めるチヨバア。ナルトの我愛羅への入れ込みようを不思議がるチヨバアに、カカシはナルトが人柱力であることを説明。他国から里を守るためとはいえ、自ら進んで我愛羅に守鶴を憑依させたチヨバアは、己の過去の過ちを悔い、これから成すべき事に思いを巡らせる。完成の時を迎えていた。我愛羅と共に砂隠れに凱旋するナルト達。サソリから得た情報を報告する為、直ぐに木ノ葉に戻る必要があった。森はずれの荒野では“暁”のゼツと手下トビの前に、満身創痍のデイダラが現れる。仮面の男によって解放された魔獣・九尾に襲われた木ノ葉隠れの里は、壊滅寸前に追い込まれる。四代目火影・ミナトは妻・クシナと共に、自分たちの命と引き換えに生まれたばかりの息子・ナルトに九尾を封印したのだった。それから時は流れ......。恐るべき忍の集団・暁により木ノ葉隠れの里が襲撃された。謎は残るも、危険な任務達成を家族にたたえられる仲間たち。親を知らぬナルトは一人寂しさを感じ...。その時、突如、仮面の男が木ノ葉隠れの里に姿を現す。窮地に陥るナルトを救ったのは、チヨとサクラだった。ナルトと協力してイタチを仕留めるのだった。鬼鮫相手に苦戦を強いられていたガイだが、大技『朝孔雀』にて鬼鮫を撃破。「自らが傷ついても必ずサソリを捕まえ、大蛇丸の事を吐かせる」と宣言するサクラの猛々しい覚悟はチヨバアの心に大きく響く。サソリの攻撃にさらされるサクラを守るため、チヨバアはこの戦いのためにだけ持ち出した、因縁の傀儡を口寄せする。ナルトの力を借り、我愛羅に転生忍術を施すチヨバア。術の代償を知るサクラは涙をにじませるが、チヨバアはしっかりとした言葉で若き忍達に未来を託す。目覚めた我愛羅が目にしたのはナルト達の他、我愛羅を慕い駆けつけた多くの砂忍たちの姿だった。デイダラの存在に気付いた我愛羅によって開かれる戦端。巨鳥に乗るデイダラと砂に乗る我愛羅の空中戦が展開される。木ノ葉ではナルト達のサバイバル演習が続いていた。夜明けというタイムリミットに追われ、焦るナルトとサクラ。膠着する戦況に二人は、いちかばちかのある作戦に出る。カカシとの勝負に勝ち、自分達の成長を証明してみせたナルトとサクラはカカシ班に配属される。砂の里では我愛羅とデイダラの激しい戦闘が続いていた。戦況を見守るバキは万一、守鶴が発現した場合を考え警戒するが、カンクロウはその可能性を否定する。カンクロウは弟である我愛羅の強い決意を知っていたのだ。デイダラの起爆粘土から里を守るため、チャクラを総動員して巨大な砂の盾を完成させる我愛羅。辛くも里を救うがその代償はあまりに大きかった。生じた隙から絶対防御を逆手に取られ、次々とデイダラの罠に絡め取られていく。我愛羅は最後の力を里の為に使い、デイダラの手に落ちるのだった。因縁の相手、うちはイタチと遭遇したカカシ班。イタチを一手に引き受けんとするカカシはナルトに後方の援護を要請し、臨戦態勢に突入する。因縁の相手、干柿鬼鮫との戦闘に突入するガイ班。ガイに受けた借りを返そうとする鬼鮫は圧倒的なチャクラ量でガイ達を追い込む。教え子を水牢の術に捕らえられ、失策を悔いるガイは、愛用のヌンチャクで鬼鮫に挑む。超体術VS怪力の激しい肉弾戦になだれ込む両者。テンテンが酸素不足の限界を迎える中、遂にガイは禁断の奥義の準備に入る。イタチの幻術に捕らわれてしまったナルトだが、その脳裏を過ぎたのは自来也による幻術対策の修業だった。結界解除の際のトラップにより、おのれの写し身との戦いを余儀なくされるガイ班。各自の能力をもコピーする精巧な偽物に思わぬ足止めを食わされる。我愛羅を攫ってアジトを飛び出すデイダラを怒りに任せて追うナルト。必然、後を追わざるを得ないカカシは残るチヨバアとサクラに「無茶をするな」と言い残すが......。対決の時を迎える祖母と孫。あらわになったサソリ異形におののくサクラに、チヨバアは攻防一体の傀儡「ヒルコ」の説明をする。中にいるサソリ本体を倒すにはまずヒルコを破壊せねばならない。ヒルコの持つ毒は猛毒で、かすり傷でさえ致命傷になる。ヒルコからサソリを引きずり出す事に成功したチヨバアとサクラ。驚いた事にサソリは二十年前と変わらぬ風貌をしていた。絶句するチヨバアだが、次いでサソリが引き出した第二の傀儡の姿に更に驚嘆する。それは歴代最強と謳われた、三代目風影の人傀儡だった。チャクラを磁力に変えるという特殊能力を持つ三代目風影の人傀儡を前に、不利と読むチヨバアはサクラに退避を促す。ときすでに遅くサソリの猛攻撃が開始。サクラを庇いつつ戦うチヨバアだが、瞬く間に「父」と「母」を砂鉄で封じられ、傀儡を失ってしまった。絶体絶命の窮地の中で、サクラはひとつの決断をする。三代目風影の砂鉄攻撃を怪力で押し返すサクラ。短時間の戦闘にもかかわらず、早くもサソリの攻撃パターンを見切り始めていた。このままでは時間を食うと判断したサソリは、チャクラ消費を覚悟で広域で標的を捉える「砂鉄界法」を繰り出す。隠し玉の解毒薬にて三代目風影を破壊したサクラ。驚愕のチヨバアにサクラは解毒薬の説明をする。解毒効果が持続する時間は約三分。チヨバアとサクラは何としても制限時間内にサソリを倒そうと決意する。ここにきてサクラの実力を認めざるをえないサソリは、遂に奥の手のカラクリを披露。なんとか制限時間内に倒したものの、傀儡であるサソリは再び蘇ってしまう。集」を口寄せ、対するサソリは「赤秘儀・百機の操演」の構えに入る。解毒剤が切れたサクラも加わり、両勢力は終劇に向けた最後の戦いに突入する。身を挺して自分の危機を救ったサクラの為、同じく毒に侵されたチヨバアは迷わず最後の解毒薬を使った。互いを思いやるくノ一達の行動をせせら笑うサソリがチヨバアにとどめを刺そうとした瞬間、チヨバアの最後の反撃がついにサソリを打ち倒す。毒刃を急所に受けたサクラは瀕死の状態だった。