シナ海に面していて、また日本第2位の阿蘇カルデラを持つ阿蘇山が知られる。熊本という地名は、古くは隈本と書いた。隈本の由来には諸説あるが、菊池則隆に因むとする伝承がある。「隈本」の名が文献に見られるのは南北朝時代以降で、これを加藤清正が「隈」の字が畏(おそれる、かしこまる)の字を含むため武将の居城の名に相応しくないとして「熊」の字を充てたと言われている。海上で有明海を隔て長崎県とも接する。東部の阿蘇地方に日本第2位の阿蘇カルデラを持つ阿蘇山や九州山地の山々が聳え、西部は熊本平野が有明海に、八代平野および芦北地方のリアス式海岸が不知火海に面する。その間に宇土半島が突き出し天草諸島に続いている。中心都市である熊本市は、市域の70万人超の人口を支える水道水が全て地下水でまかなわれている世界でも稀有な都市である。気候は県内全域が太平洋側気候に属し温暖だが、冬と夏で寒暑の差が激しい。有明海に面しているが、熊本平野は金峰山と阿蘇山との間で盆地を形成するため、内陸型気候に近い。夏場は気温が35°Cを越す猛暑になることも少なくなく、夕刻には『肥後の夕凪』と呼ばれる無風状態となるために非常に蒸し暑い。2005年には年間106日の真夏日を記録している。梅雨期の6月・7月には年平均降水量約2,000mmのうち約40%が集中する。九州随一の寒冷地である。冬は九州山地や阿蘇山では毎年多量の積雪となるが、中国地方以東のように豪雪地帯には指定されていない。最低気温も氷点下まで下がることがほとんどである。寒気が流れ込むと阿蘇山上では稀に-15°C程度まで気温が下がる。夏は熊本市周辺が35°C以上の猛暑であっても20°C台の気温が続く冷涼な気候である。阿蘇山上で気温が30°Cに達することはない。