DNA・RNA・クロマチン超音波処理TweetPocketChIP実験の成功のカギは、目的の生物学的シナリオの状態を反映する断片化クロマチンの調製にあります。高品質のクロマチンサンプルは、クロマチン断片サイズの分布が適正で、またChIPできちんと認識されるクロスリンクされたエピトープが存在しています。完全な超音波処理のプロファイルとは、1クロマチン断片サイズの分布が均質で、2目的の断片が目的外のエピトープやDNA配列を含まず、かつ3短すぎてシグナルを示さない断片を含まない、もっとも高い特異的シグナルと低いバックグラウンドを得ることのできるプロファイルのことを指します。bpが主にChIP実験で用いられており、初めての実験にはこの分布でクロマチン断片を調製するといいでしょう。ChIP-seq)等、特定の実験条件に応じて細かく検討しなおす必要があります。一般的に、ChIP-seqでは、ChIP-qPCRよりもより厳密なフラグメント分布が推奨されます。100-300bpであればヒストンChIP-seqに適用できます(ただし必ずしも必要ではない)が、非ヒストン(転写因子およびDNAに直接結合しないタンパク質)タンパク質が対象の場合はフラグメント分布を広げた方が適しています。最近のシーケンシング技術の進化により、100〜800bpの範囲のフラグメント分布を有するクロマチンからChIP-seq実験を行うことが一般的です。バッファー中の界面活性剤濃度などの多くの因子に依存します。したがって、新しい実験ごとに超音波処理条件を最適化することが重要です。クロマチン断片化条件を選びましょうクロマチン断片化には超音波処理装置の条件設定が大事ですが、超音波処理条件は多くのパラメータに左右され、希望の鎖長の断片を得ることは困難です。...最良の結果を得るには、Picoruptorを使用することをお勧めします。Picoruptorは高性能で、正確かつ均一な超音波を生成し、最適なせん断効率を実現します。1000以上の査読済みの科学論文がPicoruptorを引用しています。Diagenode社よりPicoruptorを用いたソニケーションの応用プロトコールも提供しておりますので、参考にしていただけます。PicoruptorソニケーターDiagenodeのPicoruptorは、発振した超音波の伝播経路上でチューブホルダーが回転することにより、各サンプルチューブに均一な超音波エネルギーが伝達されるため、正確で偏りのない断片化を行うことが可能になっています。よりDNAやクロマチンを高精度にサイズコントロールすることが可能になり、さらに独自のシンクロ型温度制御システムを採用することで、効率良く、再現性の高い超音波破砕を行うことができます。サンプルは密閉したチューブ中に入れ、水槽内で超音波を照射する方法ですので、サンプルのクロスコンタミネーション(交差感染)を防ぎ、高い再現性を実現します。断片化、細胞および組織の破砕などそのほか多くの実験に使用することが可能です。これらの特徴を持つPicoruptorは、現在市場で販売されている他の超音波破砕装置と比較して数々のメリットを有しています。細胞・組織からのタンパク質抽出(質量分析・その他の分析用)Picoruptorは高性能で、正確かつ均一な超音波を生成し、最適なせん断効率を実現します。多くの査読済みの科学論文がPicoruptorを引用しており、国内の研究者の論文でも引用されています。お客様の組織・細胞についても豊富な前例から超音波処理メソッドを見つけることができるかもしれません。Reference製品情報ReferenceDiagenode製品を使用している研究者による報文リストです。お見積の問い合わせはこちらをご覧ください。ChIPに使う抗体を選択しましょうこちらもご覧ください。(5)キーワードタグはサイト内の記事のキーワードをリンク化したものです。リンクしている記事数をキーワードの後に記しています。記事中のキーワードに素早くアクセスしたい場合にご使用ください。...今すぐチェックお客様へ本ウェブサイト(diagenode.co.jp)はDiagenode社のウェブサイト(Diagenode.com)のポータルサイトです。本ウェブサイトは、日本のお客様によりよくDiagenode社製品を知っていただくことを目的に、Diagenode社の日本法人である株式会社ダイアジェノードが運営しています。本ウェブサイトは、Diagenode社のウェブサイトとリンクしております。Diagenode社のウェブサイトへリンクされる場合は、あるいはその旨文章にて表記しております。本ウェブサイト(diagenode.co.jp)はDiagenode社のウェブサイト(Diagenode.com)のポータルサイトです。WordPress.ページトップ。