MSのピークアノテーション(櫻井)精密質量MSのピークアノテーションにおける、イオン化状態(アダクト)の判定アルゴリズムを完成させる完成させた。1)指定した上限数の中性の脱離・付加(H2O、アセニト等)、および2)イオン化(プロトン付加、ナトリウム付加等)の組み合わせを解析して、適切なイオンの状態を判別できるようにした。糖鎖構造のRDF化とSPARQL(山田、新町)国際糖鎖構造リポジトリGlyTouCanにおいて現在利用している検索ツールは、Glcを検索する場合でもGlcNAcを含んで検索してしまう問題がある。この問題を糖鎖線形表記(WURCS)をRDF化したWURCS-RDFとSPARQLで構造検索を実現したい。"false")は”曖昧でないグリコシド結合"をそれぞれ検索する方法テスト糖鎖10個において、検索できた。..."部分をコメントアウトするだけではダメで、目的の糖鎖構造が取得できなかった。..."と"wurcs:has_GLIP"のFILTERを組み合わせることで、ID2~ID10は目的の検索ができたが、ID1はダメだった。true"を除くことができた。〜ありがとうございましたOKBさん〜(2/4-5)今後の方針:入力された糖鎖構造のWUURCS文字列から、構造の特徴(特にwurcs:isFuzzy)を加味したSPARQL文の生成の検討を行う予定。match(ESM)を実行するSPARQLはできた。天然物(アルカロイド)骨格分類データベース天然物骨格DBに骨格構造をMolfile(V2000)形式で保存、このDBのIDを仮IDとして利用する。(2/3)chemdoodleを利用した骨格の化学構造表示に一部変更~結合表示等の問題解決のため~(2/4)今後、化学構造(糖鎖構造)をSVGで表示するStanza:JavaScriptを作りたい。骨格の階層分類の方針:天然物(アルカロイド)の生合成をデータ化しながら、骨格を抽出して階層について検討する。Products)に似た構造になると考えている。参考SPARQLThon/天然物SPARQLThon20化合物の中には複数のコンポーネントから生合成されているものがある。databaseなどに含まれるpathwayとの関連付けが望まれる)metaboliteでKEGGのIDと1対1の対応が付けることができないcompoundは多く存在する。自動アノテーションが実現されればこの問題の解決の第一歩となる。(expertでない者はそのような対応付けを行うことができない)。pathwayとの対応関係でしたら、できるかも知れません。試してみます(小寺)自動生成とは独立に生合成知識ベースでの骨格のデータベース化と階層分類(Ontology?)は必要と思いますがどうでしょう(時松:作業中)はい、必要だと思います。知識ベースのほうは、ぼくはしばらく手を出せないと思いますので、よろしくお願いします。将来的には、それとKCF-Sとの対応関係も整理できると良いですね。(小寺)はいほぼ仰る通りです。pathwayとの対応関係が知れると非常に助かります。DRUGとの関係もわかるようであれば研究の幅が確実に広がると思います。(最悪の場合)名前しか情報として持たないようなmetaboliteのlistからでもpathwayをlistupしてくれるような機能があると助かる、と考えています。”aspirin”を調べてみる。これで、aspirinのInChIが取得できるので色々使えるのでは。NBDC版日化辞では日本語でも検索できるようになる予定です。(山田)(2/5)化合物構造を枝刈りし母核と枝の部分構造群(アトムトレース情報有)をつくって、クラスタリングなどを行い使っていく化合物の母集団について検討しては如何でしょう?(山田)母核を共有する化合物グループを定義していただければ、共通するKCF-S部分構造との対応を調べてみることは可能と思います(小寺)KCF-Sの最新情報をタブ区切りファイルにまとめました(小寺)追記:あ、すみません、ちと計算し直し中です。化合物アラインメントによる自動計算結果を蓄積することはできないでしょうかね?(小寺)蓄積方法を考えたいですね。原子レベルに加えて、生合成のビルディングブロックのトレースを蓄積、表示できる方法がほしいなと(時松)原子レベルで化学構造とトレース情報をRDFで蓄積するのはどうですか?そのために、SIO,ChemInfなどを調査する予定。KCF-Sの拡張は可能?(山田)(2/4-5)トレース情報を化学構造に重ねて表示するなどの機能を持ったStanzaを作りたい。(2/3)LinkDBには、KEGG内部のIDリンク情報がない。drugは日化辞IDとつながっている。以下のRDFを取得すればできそう。downloadNBDC版日化辞RDF(下記参照)が公開されれば、可能になる予定。wikipathwaysのxml(GPML)のvisualization用vocabularyが用いられている。FeedBackフラボノイドに複数の修飾官能基がある化合物など複雑な二次代謝産物については、現状データベース側のSynonym表記の問題でMetMaskでIDを拾いきれてない状況がありそう。Unportedのライセンスで利用することができます。プライバシー・ポリシーTogoWikiについて。