6年間は特例として発行を認められたため、当行発足後も旧東京銀行店舗およびその承継店舗で債券償還(払い出し)の取り扱いを継続している。前身のひとつである東京三菱銀行は公的資金の返還を早期に完了させるなど、旧4大メガバンクの中では財務の健全性が強い銀行であった。不良債権処理の遅れたUFJ銀行を統合した事により、公的資金注入行に再転落したが、2006年6月9日にはその返済も完了させている。政治献金の再開は国民感情を逆撫でするという批判を受けて見送りとなる。