保安規定に基づく機器の点検漏れが9679個あったことを原子力規制委員会に報告した[53]。2013年(平成25年)2〜3月に原子力規制委員会が立ち入り・保安検査したところ、非常用発電機などの重要機器に関する更なる13の点検漏れが発覚した。対し、もんじゅの無期限の使用停止を命じる方針を固めた。鈴木篤之が引責辞任[54]。同月30日には試験運転再開準備の停止が正式に命令された[54]。2014年1月には、この点検漏れと指摘を受けて点検計画の内容を確認中だったにも拘らず、“見直し完了”を原子力機構が規制委員会に報告していたことが発覚した[55]。同年9月までの運転停止解除を目指して、文部科学大臣に対して「点検漏れを発生させない体制を再構築した」とする報告書を提出した[56]。3月2日から実施していた保安検査で、ナトリウムの流れる原子炉一次冷却系の配管に関する劣化状況の検査や、補助冷却系の配管肉厚検査に不備があったことが判明し、3月25日に公表された[57]。これらの配管は、原子炉の安全上特に重要な「クラス1」に分類されている[58]。