雇用している副官の人数に応じてキャプテンバッグの容量が+1される。勅命クエを達成し中南米東岸の入港許可を得ることで、スキル枠も+1される。その後も副官人数に応じて増加し、最大+5される。6つある担当の配置によって異なる働きをするほか、副官独自のスキルを持っていたり、プレイヤーの船とは別の船の船長にしたり、バザーの売り子をさせたりアパルタメントで生産をさせておいたり、育てて仕官させたりなどでプレーヤーを補助する副官選びのポイント副官が持っている副官スキル、補助スキルで選択する。自宅生産での生産能力の違いで選択する。副官をアパルタメントに待機させ、同行する副官を1人にすれば、新たに副官を雇うことができる。(寄宿舎は不可)3人目...アパルタメント購入。(同行副官2人+待機副官1人)4人目...アパルタメントを改装してR3以上にする。(同行副官2人+待機副官2人)5人目...東アジア入港許可をもらう。(同行副官2人+待機副官3人)なおアパルトメントR2でも待機副官+1(4人目)となりますが、R1では+1されない。東アジアなしでR3→R4でも+1される?副官と共通する言語がなくても雇うことができる。雇うことのできる副官は街によって決まっており、ブーメラン等で変わることはない。雇用中の副官は、同行中か待機中かに関わらず、酒場マスターの候補リストに出ない(つまり、同じ副官を複数人雇うことはできない)。街の中であればいつでも解雇できるが、経験値は全て失うので再雇用すると最初からやり直し。1日につき副官の合計Lv×5Dの給金が必要。支払いが出来ない場合については副官による支援が停止する。再雇用の場合、ボーナス期間は再度20日から始まる。体験版では規定レベルに達しても雇用することが出来ない。雇用できるようになりました(2012.9.20)。各値とランクの「?」は下記の条件1〜3のいずれかを満たすことにより表示される。交易LV8以上かつ、戦闘LV8以上たとえレベルと特性を満たしていても「?」が外れるまでスキルは覚えない。言語は特性を必要としないので、必要レベルを満たせば習得することができる。(例外として、ケルト語やラテン語などは特性値が必要)副官スキル欄の「?」の枠は言語もその他のスキルも常に青色。特性を必要としない「?」が言語スキル。副官の初期特性値は、雇うたびにランダムで決定される。各レベルが上がった時、割り振り可能特性値(自分で特性に割り振ることのできる)を得ることが出来る。割り振り可能特性値は最大100までストックでき、それ以上は加算されない。各弾強化・弾防御スキルはスキルランクがある。スキルランクは特性値1〜10がR1で、特性値91〜100がR10となる。スキルランクはCtrl+Qのスキル使用にて確認することが出来る。レベルアップした際の成長はランダムだが、配置されている担当の影響を受ける。特性値分の日数を担当させると、レベルアップ時にその特性値が上がる可能性が高くなる。6つの特性全部を上昇させることも可能。特性の後ろに表示されているS〜Dは、特性の伸びやすさやほかの何らかの能力を示しているのではなく、100段階の実数値を5段階に分けただけのランク分けである(0〜19:D、20〜39:C、40〜59:B、60〜79:A、80〜100:S)。ホームシック、セイレーン?起きた直後のみに判定があるわけではないので、ステータス異常が発生したあとでも適した担当に配置すれば、しばらくすると回復してくれることがある。担当の特性が高い程対処が早い傾向がある。水か食料が切れているときはステータス異常を回復してくれない。航海長による藻駆除が起こったとき、まれに交易品としての海草を手に入れることがある。倉庫番によるネズミ駆除が起こったとき、まれに交易品としてのネズミを手に入れることがある。船医による船員の栄養不足対処時に、交易品の食料が手に入る事がある。(副官ごとに入手する交易品が決まっている。ex.ピエール:パセリ、アネット:ニンジン)航海長:嵐航行時船員の減少を防ぐ見張り:採集等に成功する確率を上げる特性60以上から陸上採集において砂・草・石の割合が減ったという報告あり。サンゴ細工の場合Sで10%程度上昇。約1万回)主計長:生産で大成功する確率を上げる大成功率は、(試行回数300程度だが)5%前後上昇した。500、主計長(特性29)で500したところ全く変わりませんでした。副官の職業or特性が関係ある可能性が高い。