意図から、預金保険機構の株主権限は制限され、同機構の独立性は保障されている。業務は旧二組織を引き継ぎ、破たんした金融機関の不良債権処理だけでなく、健全な銀行からの不良債権の買い取りや回収を主とする。一時国有化された銀行やブリッジバンクに移行した銀行からの不良債権の買い取り、公的資金が注入された銀行発行の優先株の引き受けも行う。これら債権を引き受ける際の価格は、預金保険機構に設けられた買取価格審査会で決められる。