ミニマムという超常的な能力を持ったミニマムホルダーであるナイスとムラサキのコンビ「ハマトラ」はカフェ・ノーウェアを拠点に探偵業を営み、ミニマムを使って普通では解決できないような事件を解決していた。ある日、そこへ寄せられた依頼がハマトラの旧友で警察官のアートの担当する事件と繋がっており、彼からミニマムホルダーだけを狙った連続猟奇殺人事件について告げられる。犠牲者が増えるにつれ、後発ミニマムホルダーの存在が明らかになり、その背後にいるモラルという研究者にいきつくが、知略とミニマムによって証拠を一切残さない彼により、アートは暗殺されてしまう。一般人の間でもミニマムの噂が広がりつつある中、横浜で後発ミニマムホルダーが暴れ出し、ミニマムについて世間が知るところになる。ミニマム差別が横行し混沌を極める横浜で、ナイスは一連の事件の犯人であるモラルにたどり着く。モラルと戦うナイスの前に死んだはずのアートが現れ、モラルを射殺することでこの事件は幕を閉じる。ハマトラ」はその3ヶ月後が舞台となる。事件でのナイスの活躍が大々的に報じられたことで、暴動は沈静化し、ミニマム差別も鳴りを潜めた。依頼や事件を解決するカフェ・ノーウェアの面々にミニマムの副作用が現れ始める。一方で再生のミニマムに目覚めたアートは警察を離れミニマムホルダーを襲撃しモラルの研究を利用し能力を奪い始める。そんなアートと、野良ミニマムホルダーの自由を獲得するために活動を激化するフリーマムと名乗る集団が協力関係になる。アートを単独で追っていたアートの元相棒・ガスケがフリーマムの手により殺害され、ナイスが闇雲にアートを探す中、アートがムラサキに接触しナイスを殺すと宣言する。そんな中、フリーマムにはじめが誘拐され、はじめは周囲のミニマムホルダーの副作用がミニマムを消し去るはじめのミニマム能力によるものだと知る。国は凶悪化するミニマム犯罪に規制を強くしようとするが、フリーマムは横浜に日本中のミニマムホルダーを集め、ミニマムホルダーだけの特区を作るために占拠する。要求を受け入れさせるために一般人の虐殺を始めるフリーマム。カフェ・ノーウェアの面々も奮闘する中、アートがフリーマムを裏切り、その騒乱を止める。アートの真の目的は、ミニマム機関に利用され死んだ弟・スキルのために、全てのミニマムを根絶することだった。はじめのミニマムを暴発させ目的を成そうとするアートだったが、ナイスにスキルの真意を気付かされアートの野望は潰えることとなった。