Phosphataseであらかじめ除去しておくと、高い標識効率が得られる。Phosphataseで処理しておくと、ベクターだけのセルフライゲーションが防げるため、形質転換細胞のバックグラウンドを下げることができる。μl*2↓BAPの場合、37~65°Cで30分間インキュベートする。CIAPの場合は37°Cで、30分または50°Cで、30分間インキュベートする。37°Cで、15分インキュベートした後、50°Cで、15分間インキュベートする。*3↓フェノール/クロロホルム/イソアミルアルコール(25:24:1)で抽出する(2回)。*4↓クロロホルム/イソアミルアルコール(24:1)で抽出する。