属し、機構長は所長によって指名されます。機構長は、主任研究者の採用に関する総長への進言、機構の研究職員および事務職員の採用など、広汎な権限を持ちます。執行部会が設置されています。研究戦略室は外部資金獲得により機構の研究力を強化するために機能します。外部諮問委員会(EAC)が機構の研究成果と活動状況について毎年レビューをおこない、機構の研究戦略が目標に沿って進んでいるかどうかについて総長に報告します。委員は大学総長によって任命されます。IPMUでは研究目標を達成するために、それぞれの分野で世界をリードする研究者を主任研究者に採用するという、ユニークな方法をとっています。IPMUやホスト機関である東京大学の他の部門に所属する研究者だけでなく、他の機関に所属する研究者も含みます。主任研究者は自分の研究に関して大きな権限を持っていて、研究遂行のために必要な研究者の採用を機構長に提案することができます。このような提案を採用するかどうかは、研究戦略に関する機構長の判断で決まります。事務部門は機構の大切な一部です。研究者に最善の研究環境を提供することは、機構の目標達成にとって大変重要です。事務部門長はこの業務を統括します。それによって、機構長が機構全体を統括できるようにし、さらに研究に関する事柄に専念できるようにします。