住友の別子銅山では煙害が発生し、農民が決起する騒動に。門之助は惣開の中央製錬所構想を上申するが、採用されず、住友総理の広瀬宰平と衝突して退職。)の推挙で足尾銅山に就職。足尾銅山は年産6000トン以上を産出し続け、「殖産興業」の代表格になっていた。(当時、銅は生糸・絹製品に次いで日本第二の輸出品だった。1890年代には足尾、別子、日立などの銅山から出た銅の輸出は世界の総産出量の5%以上を占めていた)足尾の総責任者であった木村長兵衛は、赴任してきた門之助に現行の「ピルツ炉」の改造を命じるが、そのことで門之助は木村と対立していく。ベッセマ転炉の採用を進言し、同時に別子へ戻りたい旨を懇願。4月、ピルツ炉の改造をめぐって坑長・木村長兵衛との対立が深まり、辞職。*15月、木村長兵衛が急死。後任として木村長七が坑長に就任。その後、門之助が復職。電気製練法が採用され生産性が一気に上がるが、亜硫酸ガスも増大。田中正造が足尾銅山鉱毒被害について帝国議会で質問。中心となって本山抗口の前の山に本山鉱山神社(杉菜畑鉱山神社)を建立。8月、山林の伐採により、足尾で大洪水が発生。門之助の妻子も洪水にのまれて死亡。このとき、簀子橋山神社にあった狛犬も流出し、1km弱下流にまで流される。沿岸には鉱毒が氾濫し、各町村で鉱毒反対の動きが活発に。門之助は住友の広瀬満正へ別子銅山へ戻りたいので取りはからってくれと懇願する。木部末次郎の名で「製煉法之儀ニ付伺」と題する上申書を提出。注目・研究していたベセマ錬銅法の採用を提言。明治25(1892)年2月、この提言を受け、古河市兵衛は翌2月に塩野をアメリカに派遣し,当時世界でただ一か所ベッセマ錬銅法を実用化していたモンタナ州ビュート銅山のパロット製錬所を視察させる。帰国後、門之助は製錬課長となり、ベッセマ転炉の建設に着手。3月、伊庭貞剛宛に再び別子銅山帰山を懇願。6月には広瀬満正宛にも懇願するが、ベッセマ転炉が完成するまでは許されず。伊庭貞剛が本店支配人のまま新居浜に赴任。門之助、ようやく足尾銅山を辞職。門之助、別子鉱山に再就職。このとき門之助は43歳。浸水家屋13,802戸。鉱業停止運動が活発になる。鉱毒被害農民3,000人が政府に請願するため上京。その途中、館林市川俣において警官隊に阻止、鎮圧される(川俣事件)。毎日新聞の鉱毒被害追及記事をうけ、古河市兵衛の夫人為子が神田橋下で入水自殺。世論が大きく動く*2。