MiSeqから出力されるシーケンスデータのデスクトップ解析用ソフトウェアです。ユニークなストラテジーを採用しており、FASTQファイル形式のリードデータをバーコードソーティングツールやシーケンスオペレーションツールで前処理後、ファイル形式変換ツールでFASTAファイル形式に変換してからリファレンスへのリードマッピングやアセンブリを行います。FASTAのほかBAMファイルにも対応しており、第二世代シーケンサーから出力される膨大なデータをWindowsマシンで解析できます。バイオロジストにも使いやすいポイント&クリックインターフェースでのNGSデータ解析を可能にします。Viewerから構成されています。リシーケンス解析におけるリードファイルのリファレンスゲノムへのマッピングやバリアント検出はNextGENe本体で行います。シンプルなWizard形式で各種設定を行え、解析結果は独自のプロジェクトファイル形式で出力されます。Viewerで展開し、データのアライメント詳細のレビューやバリアントのサンプル間比較やコピー数多型解析などが行えます。Duplicateの除去、バーコード配列を用いたソーティングなどリードファイルの前処理は、NextGENe本体の各ツールを用いてリファレンスマッピング前に行います。ライセンス:年間ライセンス価格:詳しくはこちら(​※短期ライセンスも相談承ります。)NextGENeソフトウェアは独自のプラットフォームを使用しており、様々なアプリケーション対応の解析モジュールを搭載しています。(以下はSoftGenetics社該当ページへリンクします。​使用できる設定オプションは選択したアプリケーションタイプにより変わります。Wizardでは選択したアプリケーションタイプにより、使用できる設定オプションやリファンレスタイプが変わります。STR​(マイクロサテライト)解析やHLA解析ではカスタムリファレンスFASTAファイルが必要です。ampliconリファレンス&トラックマネージャー(NextGENe)リファレンスゲノムが250Mbpより大きい場合、SoftGenetics社から提供されるアノテーション付きプレロードリファレンスかカスタムプレロードリファレンスが必要です。小さいリファレンスではGenBankファイルを使用できます。Surveyor(ミューテーションサーベイヤー)でも使用します。Duplicate除去の他、リードファイル(FASTQ、FASTAファイル)の分割や統合、サブサンプリングなどが行えます。反復配列を含む過剰なカバレッジを除去したり、リードアセンブリの速度や正確性、RAM消費量が改善されます。Condensationツール(日本語PDF資料)その他ツール(NextGENe)​バーコードソーティング、GC含量計算、ペアエンドリードの統合、リファレンスFASTAファイルから指定したエラー率でIndelなどのバリアントを含む合成データセットの生成、ファイル形式変換など様々なツールがNextGENe本体に搭載されています。Wizardの結果を展開し、データレビューおよびサンプル間比較解析などを行えます。マウス操作で拡大縮小表示や左右のスクロールが可能など、SoftGenetics社製ソフトウェア共通の直感的で使いやすいUIです。​プロジェクトのSAM・BAMファイル形式でのエクスポートや、Mutationレポートの各レポート形式での出力、Variant編集のオーディットトレイルなどシーケンス解析に必要な多くの機能を搭載しています。Viewer)以下のComparisonツールを搭載しています。Callを比較できます。Variantのトップ100をレポートに返します。Callを表示します。Smoothing法)画像をクリックすると拡大します。ツール低カバレッジの全ゲノムシーケンスデータセットから高感度に異数性検出を行うツールです。FASTQファイルおよびBAMファイルに対応しており、自動的にアライメント、リードカウント、GC補正を行います。解析結果は染色体ごとに判定されます。画像をクリックすると拡大します。STR(マイクロサテライト)解析アプリケーションタイプとしてSTR(マイクロサテライト)解析を選択すると、独自のアライメント設定と、独自のレポート(ローカスレポート・アレルレポート)やグラフ(STRリードヒストグラム)が生成されます。ローカスごとの各アレル配列を記載したカスタムリファレンスFASTAファイルが必要です。リファレンスアレル配列と完全に一致した場合は赤もしくは青のヒストグラム、SNVを含んで一致した場合はライトレッドやライトブルーのヒストグラムが表示されます。Amplicon解析を選択すると、アンプリコンレポート・アレルレポートが生成されます。アンプリコンレポートには各アンプリコン領域で同定されたアレル数やそのカバレッジなどのアンプリコン情報が、アレルレポートにはアンプリコンレポートで同定された各アレル配列の情報が表示されます。AutoRunツール​(NextGENe)​NextGENeはAutoRunツールを使った完全なバッチ処理が可能です。各ジョブに別々のリファレンスやサンプルデータ、解析設定を選択して、複数プロジェクトのバッチ処理が可能です。BRCA2の設定済みテンプレートが搭載されています。Novoアセンブリや全ゲノム解析などいくつかのアプリケーションでは、データサイズに応じて上記以上の動作メモリが必要になります。事前にご相談ください。​関連商品NGS変異データ管理&解釈支援ワークベンチDNAフラグメント解析ソフトウェアサンガーシーケンス変異解析ソフトウェアヒトミトコンドリアDNA用NGSデータ解析ソフトウェア※本製品は研究用です。研究用以外の目的で使用しないでください。※記載の社名および製品名は、SoftGenetics社または各社の商標または登録商標です。:info@bio-upload.comバイオアップロードは創業以来、開発元のSoftGenetics社と同様にプラットフォームに関わらず、独立した立場からSoftGenetics社製品の販売とサポートを行っています。バイオアップロードはSoftGenetics社製の全ソフトウェアを販売する唯一の日本正規代理店です。頼フリートライアルお問い合わせ。