公には二人が吉本興業の養成所NSCの9期生であったことから、9を2つ重ねて99にしたと話しているが、これは詳しく由来を話すのが面倒なための後付けである。実際の由来は岡村が得意なブレイクダンスの技からであるとラジオで語っている。ブレイクダンスには「1990(ナインティーンナインティ)」という技があるが、これを「ナインティナイン」と勘違いしてコンビ名にしたとのこと。言葉の響きや技自体がかっこよかったので付けたのだという。岡村と矢部は同じ高校のサッカー部の先輩後輩であったが、矢部の高校の卒業文集にもすでにこのコンビ名が書かれていることから、養成所に入る前にはすでにお笑い芸人を志し、このコンビ名が決まっていたということになる。