エギルの店に呼び出された和人は、エギルが差し出したVRMMORPG「アルヴヘイム・オンライン(ALO)」のキャプチャ画像に目を奪われる。その画像にはアスナと思しき女性が映っていたのだ。《ALO》の開発会社は須郷が所属するレクトだと知り、和人はアスナがゲームの中に囚われていると確信。キリトの名で《ALO》にログインしたところ、新しく作成したキャラクターはなぜか《SAO》のデータを引き継いでいた。アスナは《SAO》屈指のギルド≪血盟騎士団≫の副団長として最前線に立ち、攻略は第五十九層まで進んでいた。ンスターが侵入できない町の中《圏内》でカインズという名の男性プレイヤーが死亡した。ところ、デュエルによる《PK(プレイヤーキル)》は不可能な状況だった。事件の調査に乗り出す。アスナとパーティーを組んだキリトは、第74層の迷宮を突破してボス部屋を発見する。2人は攻略情報を得ようとするものの、手強そうなボスの姿を目にするや即座に撤退。引き返した≪安全エリア≫で、≪SAO≫随一の巨大ギルド≪軍≫の一隊と遭遇する。隊を率いる男・コーバッツの要求に応じ、キリトは気前よくボス部屋までの情報を提供。同時に、安易にボスへ挑まないよう忠告するが、コーバッツはキリトの言葉に耳を貸さず......。第七十五層のボス≪スカル・リーパー≫攻略戦は想像を絶するものとなった。転移結晶が無効化された空間で、次々と命を散らしていく歴戦のプレイヤーたち。≪スカル・リーパー≫を撃破したものの、多大な犠牲を支払った≪攻略組≫の面々の表情は暗い。この先の攻略の厳しさを予感し、打ちひしがれる彼らをヒースクリフは静かに見守る。カーディナル、ユージオ、そしてアリスの想いを身のうちに宿し、キリトは再び立ち上がる。《人界》最強の存在であるアドミニストレータを倒すため、キリトが心意で強くイメージしたのは、かつて《SAO》を攻略したトッププレイヤーである《黒の剣士》の姿だった。この世界で出会ったすべての人の想いを胸に、二本の剣を携えたキリトはアドミニストレータとの一騎打ちに挑む。ヒースクリフとの死闘のすえ、キリトこと、桐ヶ谷和人は現実世界へ帰還した。同時にデスゲームを生き残った者たちも生還するものの、アスナをはじめ300人のプレイヤーたちは意識を取り戻さず、眠りつづけている。それから2か月後、アスナ──結城明日奈に会いに病院へ赴いた和人は、同じく見舞いにやってきた明日奈の父・彰三と彼の部下・須郷伸之と遭遇。須郷が昏睡状態の明日奈と1週間後に結婚すると知り──。リーファは、《アルヴヘイム》の中央にそびえたつ《世界樹》までキリトを案内することに。ところが、スイルベーンを旅立とうとする一行の前にリーファのパーティーメンバー・シグルドが立ちはだかる。頂上に囚われたアスナは、キリトの生死もわからぬまま不安と恐怖に耐えていたが......。リーファの正体が直葉だと知った和人は驚愕。直葉の秘めた想いを打ち明けられ、自分の何気ない行動が妹を深く傷つけていたことに気づき、愕然とする。それでも今一度、直葉と向かい合いたいと望んだ和人は《央都アルン》で待つと告げ、再び《ALO》にログインする。直葉も和人を傷つけたことを後悔し、《ALO》にログインするが、キリトに会う勇気が出てこない。すると、そこに思いがけない人物がやってきて......。オベイロンと決着をつけた後、キリトはアスナと現実世界での再会を固く誓いあい、《ALO》からログアウトした。現実世界に戻るやいなや、明日奈が入院している病院へと急ぎ向かう和人。ところが、病院の入り口で和人を待っていたのは憎悪と痛みに顔を歪ませた須藤だった。復讐に駆られるまま、ナイフを手にした須藤は和人に襲いかかる。現実世界で初めて直面する命の危機に、和人は為す術もなく体を丸め......。”の究明に取り組むものの、自分たちの目の前で新たな被害者を出してしまう。カインズら被害者の共通点は、すでに解散したギルド《黄金林檎》のメンバーであること。元《黄金林檎》のメンバー・シュミットは、今は亡きリーダーのグリセルダが幽霊となってかつての仲間たちに復讐しているのだという。この電脳世界で幽霊という不確かなものが存在するのか──。間、血盟騎士団から距離を置きたいというアスナ。キリトはアスナの自由を賭け、アインクラッド最強の男と名高い血盟騎士団団長・ヒースクリフとデュエルで決着をつけることに。団長の強さを知るアスナはキリトの身を案じるが、簡単に負ける気はないと、キリトは笑ってみせる。大観衆の中、ユニークスキル≪神聖剣≫の使い手・ヒースクリフと≪二刀流≫使い・キリトの一騎打ちが幕を開ける。ユイの保護者を捜しに≪はじまりの街≫へ向かったキリトとアスナは、≪軍≫の管理者・シンカーが迷宮に置き去りにされたと聞き、彼の救出を引き受ける。依頼者のユリエールと強引についてきたユイとともに、第一層の地下ダンジョンに潜るキリトとアスナ。一行は≪安全エリア≫に避難していたシンカーを発見するが、そこには思わぬ敵が待ち構えていた。適わないと悟ったキリトは、アスナやユイたちだけでも逃がそうとするが......。湖畔で釣りをしていたキリトは、年配のプレイヤー・ニシダに声をかけられる。釣りが趣味だというニシダと意気投合したキリトは、彼に協力して湖に生息するというヌシ釣りに挑むことに。常に最前線で戦いに明け暮れていたキリトとアスナは、ニシダたちとの出会いを通じ、日々を懸命に生きる普通の人々の存在を実感する。トッププレイヤーである自分たちの責任を痛感する2人のもとに、一通のメッセージが届き......。死銃から逃れたキリトとシノンは、砂漠地帯の洞窟に身を潜めていた。そこでキリトは、死銃がプレイヤーを殺害した方法を考察。死銃がキリトに反撃した際、黒星ではなくライフルに持ち替えたことから、現実世界のプレイヤーを殺害するにはなんらかの条件があると推理。推理を進めたキリトは、ある恐るべき可能性に思い当たる。《ALO》で聖剣エクスキャリバーが発見されたというニュースが流れた。それは数か月前、キリトとリーファが地下世界・ヨツンヘイムでトンキーという邪神を助けたときに見つけたものだった。このニュースを知った2人は、他のプレイヤー達に先を越されないうちに、エクスキャリバーを手に入れようと決意。アスナやクライン、シノンたちを呼び集め、7人パーティーでヨツンヘイムのダンジョンに向かう。キリトたちはダンジョン最下層で待ち構えるボス・スリュムと対決。スリュムのHPをなかなか削りきれず、逆に冷気による攻撃を受けピンチに。そのとき、仲間に加えたフレイヤが声を上げ、スリュムを倒すには奪われた一族の秘宝・黄金の金槌が必要だと、キリトたちに告げる。キリトは雷系のソードスキルを使い、隠された金槌を発見。フレイヤに投げ渡すが......。《ALO》のアップデートに伴い、《新生アインクラッド》の第21~30層が解放されることになった。アインクラッド22層にあったログハウスで、キリトとユイの3人で暮らしていたアスナは、再び3人一緒に暮らす夢がかなうのではと期待に胸を膨らませる。迎えた、アップデート日のクリスマス・イブ。アスナはキリトやいつもの仲間達と共に第21層のボスを倒し、第22層に到達。以前、ログハウスのあった場所に向かう。《絶剣》の通り名で呼ばれる凄腕プレイヤーの噂を聞き、勝負を挑むことにしたアスナ。《絶剣》は超攻撃回数を誇る自身のオリジナル・ソードスキルを賭けて対戦相手を募り、挑戦者全員を返り討ちにしていた。母・京子から、進学校への編入試験を受けるよう言い渡される。進路を押しつけ、さらには結婚相手すらも勝手に決めようとする母に彼女は反発するのだが......。アスナは、ユウキがリーダーを務めるギルド《スリーピング・ナイツ》への協力を頼まれる。《スリーピング・ナイツ》は、メンバー同士の事情で近く解散することを決めており、解散前の思い出作りとして、自分たちのパーティーだけでのボス攻略に挑んでいた。通常は複数パーティー合同の49人で挑むボス敵を、《スリーピング・ナイツ》+アスナの7人のみで倒すのは極めて困難。勝算の薄さから、返事をためらうアスナだが......。第27層のボスを攻略しようとするアスナと《スリーピング・ナイツ》の動きは、ボス攻略専門ギルドに察知されていた。ボス攻略のノウハウを知られた上に、先を越させまいとするギルドの妨害を受け、窮地に追い込まれるアスナたち。そこへ、キリトとクラインが駆けつけ、アスナたちに加勢。キリト達が時間を稼いでいる間にアスナと《スリーピング・ナイツ》は、行く手に立ちふさがるボス攻略ギルドの先遣隊20人を蹴散らし、ボス戦に挑む。ユウキが突然アスナの前から姿を消し、《ALO》にログインしなくなって数日が過ぎた。アスナは《スリーピング・ナイツ》のシウネーにユウキが姿を消した理由を尋ねるが、シウネーは言葉を濁して詳しい事情を説明せず、「ユウキは再会を望まないでしょう」と言うだけだった。後日、もう一度ユウキと会いたい、と願う明日奈に、和人から「屋上で待ってる」というメールが届く。明日奈が屋上に行くと彼はメモを差し出し、そこに書かれた場所へ行けば彼女に会えるかもしれないと告げる。世界初の医療用フルダイブ機・メディキュボイドの被験者として、病院からバーチャル世界にダイブしていたユウキ。末期の病で無菌室から一歩も出られない彼女は、もう一度学校へ行ってみたいと願っていた。放課後、ユウキはもう一箇所行ってみたい場所があると言うと、かつて自分と家族が住んでいた場所へと明日奈を案内する。外の世界を体感できるようになってから、ユウキの毎日はこれまでにないほど充実していた。《ALO》では多くのプレイヤーたちとバーベキューをしたり、クエストに行ったりと、賑やかな日々を送っていた。現実世界では、明日奈たちと授業を受けたり、京都へ旅行に行ったりもした。3月が終わりに近づき、桜のつぼみがほころび始めるようになったある日。明日奈の元に、一通のメールが届く。クラディールが起こした事件をきっかけに、絆を深めたキリトとアスナは≪結婚≫した。アスナは血盟騎士団を一時退団し、キリトとともに第二十二層の湖畔沿いにあるログハウスで暮らしはじめる。戦いとは縁のない地で、穏やかな時間を過ごすキリトとアスナ。そんなある日、幽霊を見たという噂が出ている森へ出かけた2人は、薄暗い森をさまよう少女と遭遇。目の前で倒れた少女を保護するが、彼女の記憶は失われていた。シルフのプレイヤー・リーファは、プレイヤー狩りをするサラマンダーたちに襲われていたところを、突如現れたスプリガンのキリトに助けられる。ユイという名のプライベートピクシーを連れたキリトは、かなりの腕前ながら《ALO》のことは何も知らないとらしい。リーファはいぶかしみつつも、助けてもらった礼としてキリトに《ALO》の世界《アルヴヘイム》についてレクチャーし、彼をシルフ族の首都・スイルベーンへ案内する。《世界樹》をめざしてキリトたちが巨大な洞窟《ルグルー回廊》を進む中、リーファのもとに友人のレコンから1通のメッセージが届く。その内容は警戒を促すものであったが、時すでに遅くサラマンダーの部隊が接近。追い詰められ、戦うしかない状況に陥ったキリトは、リーファを回復役にして自分は単身敵陣に斬り込む。敵はキリトへの対策を練っており、固い前衛に足止めされたキリトにメイジ集団の魔法が降り注ぐ。グランド・クエスト攻略のため、シルフとケットシーは極秘の領主会談を開催するが、内通者の手引きによってサラマンダーの大軍に襲撃されてしまう。絶望的な危機の中、駆けつけたキリトはみずからスプリガン=ウンディーネ同盟の大使だと名のり、サラマンダーに手を引かせようとする。そんなキリトの盛大なはったりに対し、サラマンダーの指揮官・ユージーンはある条件と引き替えにキリトの言葉を信じると言い出した。キリトたちは《世界樹》のふもとにある《アルヴヘイム》最大の都市《央都アルン》にたどり着いた。間もなく定期メンテナンスでサーバーがクローズされるため、キリトとリーファは翌日の再会を約束していったんログアウトする。現実世界では、和人の妹・直葉が兄への淡い想いにひとり悩んでいた。自分の気持ちの正体を確かめようと思い立った直葉は、和人に頼んで明日奈の見舞いに同行することに。ユイがアスナのプレイヤーIDを感知した。《世界樹》の上部にアスナがいるというユイの言葉に、キリトはいてもたってもいられず翅を広げるが、システムによる障壁に阻まれて一番下の枝にすら届かない。アスナもまたキリトたちの存在を感じ取っていた。アスナは希望を込めてあるアイテムを空に投じる。アスナ奪還への決意を新たにしたキリトは、《世界樹》の頂上へ至る唯一の道・難攻不落のグランド・クエストに挑む。シルフとケットシーたちの協力のもと、キリトはグランド・クエストを突破した。キリトとユイは《ALO》全プレイヤーがめざす《世界樹》の頂上に到達し、ついにアスナと再会を果たす。キリトはすぐにでもアスナを現実世界に戻そうとするものの、ユイによると複雑なコードに拘束されたアスナをログアウトさせるには権限を有するシステム・コンソールが必要らしい。時すでに遅く、須郷こと、オベイロンの魔の手がキリトたちに襲いかかる。