おいて地磁気、地電流及び空中電気の精密な観測を継続的に行っています。向上や地磁気現象の解明あるいは電磁気的手法を用いた火山活動評価手法の開発などの調査研究業務にも取り組んでいます。ここでの観測成果は様々な機関に基準値として速やかに公表されるとともに、調査研究の成果についても地磁気観測所テクニカルレポートなどで発表されています。日本南縁での地磁気基準観測点として日本付近全域をカバーしています。観測データは柿岡に集積され、効率的に処理・保管されています。箇所)として指定されており、地磁気観測データを準リアルタイムで提供しています。阿蘇山に観測点をおき、地磁気による火山活動評価等のテストフィールドとして調査研究業務を進めています。