物理・化学サリンが神経の働きを阻害する仕組みを化学反応と立体構造から見る2009-04-22今週もバイトで東大行ってきたことなど。bioinformatics今日もまたDBCLSでお仕事してきた。就活で上京していたid:m_hさんと東大の学食で飯を食ってきた。ネットで就活ネタを流してたから、気になっていたのです。話聞いて、シューカツ的に面白いネタ持ってるなぁ、とお...今週もバイトで東大行ってきたことなど。DBCLS昨日は、ライフサイエンス統合データベースプロジェクト-統合ホームページ-LSDBでお仕事してきた。そこで学んだことなどをメモ。いうか,ぐだーっと書く。(Informatics)「言語から読む生命」というCOE拠点があり、東大でその公開シンポジウムが行われたので参加してきた。3年生の時もこのシンポジウムに参加し、一緒に行った友人との会話がきっかけでECナビのインターンに参加したことは記憶に古い。あれ以降僕の視点にカンピ...21世紀CEOプログラム「言語から読む生命」シンポジウムに行ってきた2007-10-27PDBファイルに変異を入れるプログラム(Ruby)。ruby研究室でちょっとしたプログラムを使う必要が出た。PDBファイルの特定の残基名を書き換えた後、AMBERパッケージを使って適切な構造に直して、分子動力学計算(MD計算)を行う。このPDBファイルの書き換えを自動でやってくれるプログラム(PDBも所...PDBファイルに変異を入れるプログラム(Ruby)。Studyスパコンにかりかり計算させていたら、途中で強制終了した。Uというものを知った。UiTunes上の大学(University)らしい。paperバイオに限ったことではないが、規格・道具が多すぎるとややこしくて非常に困る。色々なツール(しかもすべて略語)が出てきてどうしようもない。Spreadsheetsで研究ツールをまとめる2007-10-10最近論文を読んでいて気になる人がいる。Biophysicsに所属。サイエンスやネイチャーにバシバシ論文出してて、しかも生体分子計算系の論文には必ず引用される大御所的存在らしい。20年前のDelphiプログラム(...最近論文を読んでいて気になる人がいる。rubysuの後のパスワードが通らない。(Informatics)バイオインフォマティクスのメーリスで話題になってて気になった。βアミロイドも解析が進んでいるとか。(Informatics)いままで、提出→フィードバックを見ないで逃避、してきたレポートという名の恥を晒してみる。紙面埋めるためにいつも適当に書くのだがどうも気持ち悪い。うちの大学はレポートの書き方の授業がない。誰かに突っ込まれるかもしれないことを期待して。