ここはとある「人」の体内。その中では数十兆個もの細胞が年中無休で働いている。赤血球は酸素を身体中に運び、免疫細胞たちは細菌やウイルスなどの身体を脅かす異常と戦い、その他の細胞も自分たちの働きを全うしている。小さなことから大きなことまで様々な騒動が起こる身体の中で、新米の赤血球「AE3803」や白血球「U-1146」などを中心に、そんな細胞たちの日常を描く。とある女子高生の体内。たちが日夜、陣取り合戦を繰り広げている。ここではマクロファージによって赤芽球たちが育てられ、一人前の赤血球となって旅立っている。とあるマクロファージのところには、もう成人して赤血球になれるのにも関わらず、何かと理由をつけては赤芽球のままでいようとする5名の問題児たちがいた。立派に働けるはずなのに働かない問題児たちに、マクロファージが時にキレて、時に笑っての和みありの日常を描く。ひょんなことから体外に出た赤芽球の5人は、等身大の姿でカートに乗ったり、マクロファージ先生に引率されたりして、アニメ制作現場を見学する。脚本打ち合わせから、都内の編集スタジオでのカッティング、多摩地区にある「デイヴィッドプロダクション」での作画、アフレコ現場などを見学。最終回は、5人の「まだ余裕でレポートできる」発言を「アニプレックス」の取材同行スタッフに録音され、いくらでも続編が作れるような終わり方になっている。体中に酸素や養分を運ぶ、新米赤血球の男性。彼の職場(体)は不摂生で、細胞たちの労働環境は、極めてブラックだった。赤血球は体の主が摂取したアルコールで酔っぱらったり、肝臓でストレス発散したり、時に同僚たちの死にも直面しながら、苦悩しつつ激務をこなしていく。人間の体内では、様々な細胞が働いたり休みには友達と遊んだりしている。その中で「班長」と呼ばれるキラーT細胞は、他の細胞とうまく馴染めないでいた。血小板の日常系ショート。本編と異なり、各個体に名前がついている。妊娠40週目、出産間近の胎児の身体の中で働く、ちいちゃな細胞たちは全員新米。そんな彼らの毎日は、知らないことがいっぱいで、てんやわんやの大忙し。遊びたい盛りのおちびたちが一生懸命働くファンタジー。とある人間の腎臓においてがん細胞が出現するが、免疫細胞たちは喧嘩とそれに伴うストライキを起こしており、まともな対応がとられていなかった。そんな折、腎臓への酸素運搬の仕事を抱える主人公の新米赤血球は、たまたま知り合った白血球(好中球)とともに腎臓に向かう。腎臓において、白血球・キラーT細胞・NK細胞の3名が戦いを挑むも、がん細胞はいつものものよりも手強く、さらにキラーTとNKの連携が壊滅的に悪いため、なかなか退治できずにいた。そんな窮地を知りながらも救援に行こうとしない他の免疫細胞たちに業を煮やした赤血球は、彼らを強引に戦場まで連れ出し、協力し合うべきだと主張する。赤血球の説得に折れて一時休戦し、連携を取り戻した免疫細胞たちにより、がん細胞は駆除される。平和が戻ったものの、この仕事の完了により白血球は寿命を迎え、分解されて新しい血球として生まれ変わることになり、赤血球は再会を約束して彼と別れる。後日、かつての白血球と似た姿の白血球と出会った赤血球は、彼と一緒に仕事へと向かう。