田舎の小さな村に暮らす主人公の少年セトは、師匠である女魔法使いアルマの下で見習いとして修業をしながら、いつか一人前の魔法使いとなることを夢見ていた。実際は行く先々でトラブルを起こして回り、村人たちからは厄介者扱いされていた。ある日、ネメシスの卵が空から落ちてきたのを見たセトは、自分の手柄を立てるために自ら卵を割り、ネメシスを目覚めさせてしまう。対峙するネメシスに一度は打ち負かされるが、彼は渾身の力を振り絞り、何とかネメシスを倒すことに成功。村人たちから信頼を得られるようになった。この戦いで、ただネメシスが現れるたびに戦うだけでは人々を救えないと知った彼は、ネメシスの巣があるとされる伝説の地ラディアンを探し当て、ネメシスの巣を破壊することを決意する。してアルマの下を離れたセトは、ネメシスの死骸の回収に来た魔法使いの研究者ドクに同行し、ラディアン探しの旅に出る。その道中、通りかかった異端審問官に捕らえられていた魔法使いの少女メリを助けたセトは、ドクと共に魔法使いが身を寄せ合って暮らすアルテミス魔法学院に向かい、アルマの知り合いである老魔法使いヤガの下で修業に取り組むのだった。アルテミス魔法学院でヤガと魔法の修業に明け暮れる日々を送っていたセトだったが、金欠になってしまった彼は宿に泊まれないばかりか、日々の食べ物にすら困るという状態に陥っていた。それだけでなく、学院からの莫大な借金を抱える羽目になったセトは、ネメシスの生け捕りによる賞金を手に入れるべく、メリとドクの二人と共にネメシス狩りの依頼があった工場都市ランブル・タウンに向かう。そこで彼らは、この町の行政を司る異端審問官による移民排斥計画、さらにはネメシスを操る女魔法使いハーメリーヌによる町の壊滅計画に巻き込まれてしまう。彼女はかつてランブル・タウンで起きた崩落事故の生き残りであると同時に、町の住民から迫害されていた魔法使いの一人でもあった。セトたちはハーメリーヌを追っていた謎の魔法使いグリムと協力して、住民への復讐を目論む彼女の計画を止めるべく奮闘する。ランブル・タウンでの戦いの後、魔法使い騎士団がラディアンを探しているという話を聞いたセトは、ラディアンに関する手掛かりを求めて、騎士団の居城カスラーン・マーリンがあるシファンディール大陸へと向かう。その道中、同じようにシファンディール大陸に立ち寄っていた商人男爵たちと遭遇したセトはスパイと勘違いされ、攻撃されるも、間一髪のところでグリムに助けられる。グリムと別れ、カスラーン・マーリンにたどり着いたセトは、城下町で出会った不思議な老人ミルの手助けにより城に潜り込み、そこで出会った騎士志願者の少女オコホと共に、「スペクトル・ネメシス」という新種のネメシスを相手にした戦闘に参加する。その後別件でカスラーン・マーリンを訪れていたメリ、ドクと再会したセトは、自らを森の妖精だと明かしたミルから、魔法を生み出す源であるファンタジアについて教わり、理解を深めると同時に、自分を制御する術を学んでいく。スペクトル・ネメシスの出現は「世捨て人の信者たち」なる一団によるものであること、彼らの拠点がカスラーン・マーリンに存在していることが判明し、オコホは騎士叙任式の日にそれらを告発する。その時、異端審問所の軍隊がシファンディール大陸に攻め入り、カスラーン・マーリンは予期せぬ戦乱に包まれてしまう。セトはメリやドクとそれぞれ別行動をとり、戦いの終結に向けて動き出すが、この戦いの裏には異端審問所と結託し、シファンディール大陸をわがものにしようと企む商人男爵たちの思惑が潜んでいた。