理研上席研究員)は1日、「小保方氏がねつ造にあたる研究不正行為を行なったと判断した」との最終調査報告を発表した。同調査報告では、論文に使用された画像に関し、明らかに実験条件が異なる2つの実験を小保方氏が取り違えたと説明していることについて、「酸処理という極めて汎用性の高い方法を開発したという主張が論文の中核的なメッセージであり、実験条件の違いを小保方氏が認識していなかったとは考えがたい」と指摘。「小保方氏によってなされた行為はデータの信頼性を根本から壊すものであり、その危険性を認識しながらなされたものであると言わざるを得ない。よってねつ造にあたる研究不正と判断した」と結論づけている。理研プロジェクトリーダーの4人が対象となっているが、調査報告では、若山氏と笹井氏については「研究不正行為はなかったが、データの正当性と正確性などについて自ら確認することなく論文投稿に至っており、その責任は重大」と指摘、丹羽氏については、「論文作成の遅い段階でこの研究に参加したものであり、研究不正行為は認められなかった」と結論づけている。