対応したポケモンにメガストーンを持たせると、技選択画面にメガシンカのボタンが表示され、選択して技を選ぶとターンの初めにメガシンカをする。※正確な処理の順番はポケモン交換→メガシンカ→技使用となる。技選択画面が表示されていればポケモンの状態(ねむり・こおりなど)に関わらずいつでもメガシンカできる。技選択画面が表示されない間(げきりん中・はかいこうせんの反動など)はメガシンカできない。1回の戦闘で1回しかメガシンカはできない(複数のメガストーンを複数のポケモンに持たせるのは問題ない)。メガシンカをしたポケモンは、戦闘が終わるか、ひんしになるまで通常形態には戻れない。メガシンカしたターンの行動順はメガシンカ前の素早さ・特性に依存する※素早さ以外のステータス・タイプ・特性などはメガシンカした直後から適用される。行動順に影響を及ぼす特性や、場にいるとき発動する特性(メガジュペッタのいたずらごころとメガゲンガーのかげふみ)はメガシンカしたターンには適用されない。メガシンカをした瞬間に特性が再発動する。天候に関しては継続仕様。バンギラスで「すなおこし」を発動し、砂嵐が止む前にメガシンカして、メガバンギラスになっても「すなおこし」は発動されない(延長されない)ことに注意(はじめのすなおこしから5ターンで天候が切れる)。砂嵐が止んでから、メガシンカすれば「すなおこし」は発動される。メガシンカできるポケモンは、対応しているメガストーンを戦闘中に得ることは出来ない(例:ガルーラが「どろぼう」でガルーラナイトを持ったロトムに攻撃してもガルーラナイトは奪えない。ロトムがガルーラに「トリック」を使用しても失敗する。ダブルの「きょうせい」でも同様。)対応したメガストーンを持ったポケモンの持ち物を失わせる事はできない(「トリック」「マジシャン」などは無効化されるが、「どろぼう」のダメージ自体は入る)対応していないメガストーンは通常通り奪える(例:フシギバナイトを持ったピカチュウにフシギバナ以外のポケモンが「どろぼう」をするとフシギバナイトを奪い取れる)細かい仕様メガストーンを持った状態だと「なげつける」は『うまくきまらなかった!』と出て使用できない。メガストーンを持ったポケモンに「はたきおとす」を使っても威力は増加しない。「さしおさえ」状態でもメガシンカはできる。「みがわり」状態でもメガシンカはできる。特性が「ぶきよう」でもメガシンカできる。メガストーンを持ったポケモンが「へんしん」でメガシンカできるポケモンに変身をしても、メガシンカすることはできない。(例:メタモン@ルカリオナイトがルカリオに変身してもメガシンカできない。)自分と相手が同時にメガシンカした場合、メガシンカの順番は素早さに依存する。こちらがメガシンカ&おいうちを選択したターンに相手が交換した場合、交換メッセージ→メガシンカ→おいうちの順に発動する。"特性「なまけ」のポケモン(甲)が「なかまづくり」を選択+相手のポケモン(乙)がメガシンカを選択"のときに、甲が乙より先に技を出すと、乙にそのターン「なまけ」が発動して行動不能となる。(例:「ルカリオメガシンカ→アイアント仲間づくり→ルカリオは怠けている」となる。)相手のフリーフォール中、技選択時にメガシンカを押していてもメガシンカはしなかったことになる。「ものまね」などを利用して「へんしん」しているポケモンはメガシンカできるのか?そもそも「ものまね」「まねっこ」「オウムがえし」で「へんしん」することはできない模様。