大麦若葉(おおむぎわかば)は、曾祖母の茜の告別式で、遺言と共に変わった形のペンを託される。家に帰った若葉は、不思議なオーラを放つ少女の絵に目が止まる。高校の友人達のちょっとしたいたずらによって学校の倉庫に閉じ込められてしまった天宮晴輝と磯波きらら。...なぜか何時間たっても扉を開けてくれない。人里離れた地でひっそりと暮らす少年がいた。彼は『天空の飛行都市』という存在を夢みて憧れを抱いていた。ある日、家の近くの森で鉄のブーツを履いた謎の少女レアナと出会う。