3D』リメイクの、オリジナル64版からの変更点。新システム[シーカーストーン]ゲームの途中で詰まったときは、シーカーストーンを調べると「道をたずねますか?」と聞かれ、いくつかのヒント映像から当てはまるものを選択して見られる。ゲームオーバー時にもヒント映像が見られる。謎解きに慣れないプレイヤーへの救済措置。シーカーストーンは、リンクの家の前と時の神殿にある。64版ではシーカーストーンは無かった。妖精ナビィ、サリアの歌で聞けるヒントや、ケポラ・ゲボラを初めとする登場人物から聞けるヒントは当時からあった。ヒント映像は親切すぎるため、シーカーストーンはできるだけ使わない方が謎解きを楽しめるのでは。[裏ゼルダ]裏ゼルダは、ハイラル地方が鏡のように反転した世界を冒険できるモード。時のオカリナ3D本編をクリア後にプレイできる。裏ゼルダではダンジョンの謎解きや宝箱の位置が変わり、部屋にいる敵の数と種類が増える。敵から受けるダメージは表ゼルダ(通常モード)の2倍。表ゼルダより難易度が高く、全体的に派手な冒険が楽しめる。裏ゼルダのオリジナルは、ゼルダの伝説風のタクトの予約特典として限定配布されたもの。当時の裏ゼルダと基本的な内容は同じだが、反転世界であることと敵からのダメージ2倍が異なる。[ボスチャレンジ]大人時代に森の神殿クリア後、コキリの森にある主人公のおうちの寝どこで過去に戦ったボスと再戦できる。ボスを倒して部屋から出るまでのタイムレコードも記録される。詳細はボスチャレンジ参照。操作[ジャイロセンサー]3DS内臓のジャイロセンサーでは、リンク視点での見渡しができる。3DS本体を動かして周囲や景色を見渡す。パチンコ・ブーメラン・弓矢・フックショットなど飛び道具の狙いを定める。パチンコや弓の狙いをつけるのはスライドパッドで行うより難易度が高いが、臨場感を楽しめる。[3DS下画面]3DS下画面では、装備の変更・マップの確認・アイテムセットの変更・オカリナ曲の確認ができる。下画面により64版よりも操作性が良くなった。左上:カメラボタン左下:オカリナボタン(オカリナ演奏)右上:アイテムセットボタンI右下:アイテムセットボタンIIハイラル探索時はハイラル地方全体マップが、ダンジョン探索時はダンジョンマップが「マップ」画面に表示される。64版では迷うたびにダンジョンマップを開く必要があったが、3DSでは下画面にマップを出しておけるのでダンジョンクリアが快適に。各ボタンにセットしたアイテムは、3DSのボタンを押すか下画面タッチで使う。3DSのボタンにセットできるアイテムはXボタン・Yボタンの2個のみだが、下画面タッチボタンI・IIも合わせて合計4個のアイテムをセット可能。アイテムセットが下画面のタッチ操作でできるので、64版よりも操作が早くすむ。下画面でオカリナの楽譜を見ながら演奏できるようになった。曲を忘れやすい人にはありがたい機能。[アクション]ジャンプの飛距離がリメイク版で伸びた。冒険[ダンジョン]64版:ダンジョン内ではオカリナワープができなかった。内部を除くダンジョン内でオカリナワープができる。部屋25(エレベーターでB2に降りた部屋)64版:B2からエレベーターに乗ってすぐに飛び降りると、エレベーターがB2まで戻ってくる。そのとき真下に立っていると潰されて1Fに戻される。3D版:エレベーターに乗ると降りるまで操作不能になるため、潰されることができなくなった。炎の神殿64版:初期ROMのBGMにお経(コーランの一部)が入っていたが、後のROMからはなくなった。3D版:BGMにお経がない。部屋5(1F南奥の黄金のスタルチュラがいる部屋)64版:部屋奥の鉄格子後ろにあった銀色スイッチを回転斬りで入れ、鉄格子を制限時間内にくぐる必要があった。3D版:竜の像後ろにある銀色スイッチを普通に入れる。制限時間もなくなり、難易度が下がった。部屋8(中央の塔)64版:ヒント映像なし。3D版:水位を上げると、1Fのブロックが浮き上がってできたB1への穴が見えるヒント映像が流れる。部屋1564版:ナビィのセリフなし。3D版:まことのメガネを入手後、ナビィが外に出ようと言う。部屋14(B4のまことのメガネで見える針山がある部屋)64版:針山に触れるだけでダメージを受けた。3D版:触れるだけではダメージを受けないが、長く触れていると少しずつダメージを受ける。部屋20の冥土に渡る船64版:既に船から降りていても、ナビィが落ちる船から降りるよう警告してきた。3D版:既に船から降りていると警告しない。部屋364版:ナベに触れるだけでダメージを受けた。3D版:触れるだけではダメージを受けないが、長く触れていると少しずつダメージを受ける。部屋8(邪神像がある部屋)64版:邪神像右手のナビィが反応する場所でカカシの歌を使うと、3F北西の足場にカカシが出現した?3D版:邪神像右手でナビィは反応するが何も起こらない。カカシを出現させるには、3F南西のナビィが反応する場所でカカシの歌を使う必要がある。部屋30(床が下がって邪神像の顔前に行ける部屋)64版:南の鉄格子の向こう側にある銀色スイッチを鉄格子を越して剣で入れると、次の部屋への扉の鉄格子が開いた。3D版:部屋下段の東にある銀色スイッチを普通に入れると、次の部屋への扉が開く。スイッチの位置が変わって難易度が下がった。部屋19(鉄格子から次の部屋が見える部屋)64版:北西の鉄格子の向こう側にある銀色スイッチを回転斬りで入れると宝箱が出現した。3D版:南にある銀色スイッチを普通に入れると宝箱が出現する。スイッチの位置が変わって難易度が下がった。