(覚醒)ギザロフの魔導研究所で目覚めた実験体主人公とラムダ。記憶がなく、混乱する主人公だが、そこの突然の警報が響きわたる。2人はわけもわからぬまま、戦いに巻き込まれるのであった。(追撃)魔導研究所を脱出した主人公とラムダは、ギザロフの下へ向かっていた。自分たちは何者なのか、何のために作られたのか・・・。すべてはギザロフに会うことで解明される。逃走を続ける2人の前に、研究所を襲撃したアイゼルが再び立ちはだかったのである。(攻撃)アイゼル達の追撃を振りきった、主人公達は峠の町クノックスへと辿り着いた。そこで2人は、カコンシス軍の守備隊長ゴルドリーにからまれる少年と少女を目撃する。彼らを助けるため、主人公とラムダはカコンシス軍に立ち向かうのであった。(突破)アルフレッドを救出し、仲間に加えた主人公達は、クノックスの町を抜けようとしていた。彼らに敗北したカコンシス軍のゴルドリー隊長が、背後から襲いかかる。街の中にはカコンシス軍の司令官、ウィラー提督が滞在していた。(僻村)ウィラー提督を倒し、クノックスの街を脱出した主人公達は、ギザロフの下へと旅を急いでいた。途中の廃村で、レインフォルスの部下アイゼルの待ち伏せにあう。カコンシス軍をクビになったゴルドリーが、彼らに迫っていた。(疑惑)ギザロフから賢者の水晶の回収という任務を受けた二人は、女傭兵ブレンダを仲間に加え、魔族の集結する北へと向かった。その途中、レイノルズ地方の山中で、実の兄に追われるアルフレッドを目撃する。(妨害)魔族の本拠地へと乗り込んだ主人公達。賢者の水晶はカコンシス軍に持ち去られた後だった。急ぎ、カコンシス軍を追おうとする一行だが、彼らの前にアイゼルが立ちはだかる。(残照)マスターであるギザロフと共に、目的を失ってしまった主人公とラムダは、数々の疑問の答えを求めてギザロフの魔導研究所を目指す。魔導研究所に至る渓谷では、連邦軍がギザロフ軍の残党狩りを行なっていた・・・。(異変)シグマの秘密を探るため、一行はラングリッサーを求めてフィジットの港へ向かう。彼らがそこで見たのは、魔族に襲われる市民の姿であった・・・。神の言葉で光あふれる地を意味するこの大陸は、ジェシカの、そしてラングリッサーの故郷である。ガイエルに奪われた剣とジェシカを追って、エルサリア大陸へ渡った主人公たちは、多くの兵に包囲されるクラレットとジェシカを発見した・・・。(狩猟)ジェシカの強力を断られたクラレットはサルラス軍の協力を得ようと領主レナードの元へ向かう。サルラス領に入る直前、一行は貴族たちの搾取から逃げ出した市民と、彼らを追う兵士たちを目撃する・・・。(強要)ジェシカと同様の理由でレナードにも協力を拒まれたクラレットは、別の協力者を求めて東へ向かう。その途中のとある街にも、過剰な税の取立てにあえぐ市民の姿があった・・・。(襲撃)サルラスの協力を得たクラレット達は、皇帝の政策に異を唱えて投獄されたリベラリスト達を救い出すため、ガイアナ監獄を目指す。地方貴族である彼らの協力を得られれば、新皇帝の座についたギルモアの悪政を打ち砕けるかもしれない。夜半、主人公たちは監獄を包囲する。(穿孔)ガイアナ監獄からリベラリストを救出したものの、本体であるサルラス軍は大軍に包囲されているという。援軍に駆けつけるには距離があり、状況は絶望的であった。ブレンダがどこからか持ち出してきた飛空艇により、短時間で主戦場の上空へと到達する。そこには、カルザス軍の目となっている飛兵団の姿があった・・・。(戦慄)一行はカルザスの飛兵団を全滅させ、敵の連携を断つことに成功した。ここで本陣を叩き、敵軍の統率を奪えば戦局は一転するであろう。主人公たちは非空艇を敵本陣へと向ける・・・。(人質)協力を求めてエストール神殿を訪れたクラレットは、大司教に協力を拒まれた。帝国軍に捕らえられた彼の娘を救い出せば、神殿の力で民衆に働きかけ、一斉蜂起することが可能となる。主人公達は、人質の救出のため、ダレス監獄へと向かった。(革命)エストール神殿の協力により、民衆の一斉蜂起は成功した。クラレットの演説を聞く民衆の顔は、新たなる決意に満ち、新しい政治の正しさを確信させる。あとはギルモアを討ち、貴族の搾取を取りやめるだけである。主人公達はレナードと連携を取り、ギルモアの待つカルザス城へと向かう。(玉座)城門を突破したクラレット達は、場内へと乗り込んだ。サルラス混成軍がおとりとしてカルザス軍をひきつけている間に、ギルモアを倒さなければならない。主人公達は、急ぎギルモアのいる玉座を目指す。(玉座)ギルモア本人には逃げられたものの、一行はカルザス城を取り戻した。エルサリア大陸での混乱は未だ終結したわけではなかった。今まで息を潜めていた魔族が、ついに行動を開始したのである。主人公達は死者がよみがえったという村へ駆けつける。(援護)死人使いグロブの出現により、クラレット達は魔族の掃討をせまられていた。魔族の地ヴェルゼリアには、持ち去られた聖剣ラングリッサーと魔剣アルハザードがある。カルザス正規兵とヴェルゼリアへ向かう一行。後続の補給物資輸送部隊が攻撃を受ける。物資がなくなればこれ以上の進軍はできなくなる。一行は輸送部隊の援護に向かった。(旧敵)補給物資輸送隊を助け出し、ヴェルゼリアへの行軍を続ける主人公達。あと少しで目的地へたどり着くというとき、新たな敵が立ちはだかった。(魔窟)オメガの妨害をはねのけ、ヴェルゼリア城へとたどり着いた主人公達。カルザス正規兵が戦っている間に、一行はどうにか城内への潜入を果たした。ヴェルゼリア城最深部に到達した彼らの前には、死人使いグロブの姿があった。エルサリアの人々が安心して暮らせる世界を作るため、主人公達はグロブと対決する。(巨兵)グロブを倒した一行だが、ヴェルゼリア城を出たところで突如、攻撃を受ける。一度は逃げたギルモアだが、古代兵器を持ち出して再戦を挑んできたのだ。魔動砲を破壊するため、決死の突撃を行なったエリックの決意を無駄にしないためにも、ギルモアを倒さなければならない。ギルモアとの最後の戦いが始まる。(争奪)アイゼルの部下によりエルサリアから持ち去られたラングリッサー。ヴィラージュの攻撃により、聖剣を積んだ飛空艇はイェレス大陸北東部の山中に墜落する。敵の飛空艇からラングリッサーを回収するためイェレスへと戻る主人公達。剣の回収に向かっていたのは彼らだけではなかった。(時限)ヴィラージュの話から、レインフォルスの目的を知った一行は、彼に利用されているアルヴィンスを止めるため、レイノルズ地方へと向かう。目的地へと至るトンネルには元カコンシス軍のゴリドリーが三国同盟に雇われて防備についていた・・・・・。(欲望)ランフォードを仲間に加え、レイノルズ地方を訪れた主人公達は、アルフレッドの兄、アルヴィンスの屋敷へと戻った。彼を説得し、レインフォルスの野望を阻止しなければならない。(哀惜)欲望に燃えるアルヴィンスを倒した一行は、レイノルズ地方を離れ、ランフォードの父、ランベルトが治めるサザーランド地方へ向かう。目的地であるランベルトの屋敷へと至る直前、彼らを待ち受ける一団があった・・・。(水晶)マスターソンから呪いの存在を聞かされた一行は、ランフォードの家にかけられた呪いの正体を調べるために、宰相ラッセルの屋敷へ向う。そこでラッセルの恐るべき正体が明らかになる・・・・。(救出)ランベルトはレインフォルスの目的を告げると、一族にかけられた呪いを解くため、自ら命を絶った。レインフォルスが狙う宇宙戦艦は、ヴァルタールの街に埋まっている。急ぎ、街へ入った一行の前には、オメガ率いるクリムゾンナイトとそれに立ち向かうマクレーンの姿があった。(潜入)助け出した市民から、ポーリアからの疎開者たちが宇宙戦艦発掘のために働かされていると聞き、再度ヴァルタールの街へ潜入する主人公達。戦艦を見張る兵の目を欺いて主人公ともう一人を潜入させるため、おとり作戦を決行する。(阻止)マリーと世界樹の能力で、この世界のマナはクリムゾへ送られ、クリムゾは本来の軌道に戻る。結果としてレインフォルスの目的が、また一歩近づいたのである。奇妙なことにレインフォルスはほとんどの兵を城からだし、自らも別の場所に移っていた。主人公達はレインフォルスを倒すため、メルビル山の城へと向かう。その城は小さいながら古代の魔動装置により、完璧な守りを見せている。この魔動装置を無力化する必要があった。(他律)魔動装置を無効化した一行は、場内へと突入、レインフォルスの姿を求めて進んでいく。謁見の間で、彼の姿を発見した。クリムゾニアの地上制服を防ぐため、主人公達はレインフォルスに挑む。(天恵)主人公達に敗北したレインフォルスは、人間との共存の道を選ぶ。これにより敵は魔族だけとなった。ガイエルはついに、アルハザードに秘められた真の力、最終兵器ペイリアの使い方を知る。最終兵器にも弱点があった。ペイリアから黙視のできない場所へは、正確な砲撃が行なえないのである。動かせば、その雲により砲撃を防ぐことが可能となる。主人公達は気象制御装置を稼動させるために古代の遺跡へと向かった。それを黙って見ている魔族ではない。今、気象制御装置を前に、壮絶な戦いが行なわれようとしていた。(魔巣)気象制御装置により約3日の雨天が続く。この間にガイエルを倒し、魔剣アルハザードを奪わねばならない。主人公達は急ぎ、魔族の集結する地点へと兵を進める。その目前に、死人使いグロブが立ちはだかった。(終焉)死人使いグロブを倒し、ついにガイエルを追い詰めた主人公達。気象制御が切れるまで後数時間。残されたわずかな時間の間に、ガイエルを倒さなければならない。未来を書けた戦いが、今始まろうとしていた。(希望)ペイリアにたどりついた主人公達は、最深部を目指す。その目前には6つに別れた通路が姿を現した。迷っている時間はない。6人は分かれてそれぞれの通路を進む。希望へ繋がる道を信じて。(特売)ギザロフの研究所に戻る途中、大バーゲンセールの特別入場チケットを入手する主人公たち。連邦兵の手が研究所に届くまでのわずかな時間を利用して、バーゲンセールに立ち寄る。そこにはお馴染みの兄貴たちの姿もあった・・・。(唄園)サルラス軍を危機から救った主人公達は、一路エストールへと向かう。退屈したクラレットの強引な提案により、主人公達はカラオケ屋へ向かうことに。(対戦)ヴェルゼリア城に攻め上がる途中、ボンドバッグのうまゲーに立ち寄ることになった主人公達。そこには職探しにきたはずのゴルドリーの姿があった。配下の傭兵達のことなど忘れて、遊んでいたのである。(兄女)アルフレッドが見つけた地図の印がある場所へ向かう一行。そこには本当に宝があるのだろうか・・・・。(挑戦)最強のものが集う地下洞窟へ降りた一行。そこでは想像を絶する戦いが待ち受けていた・・・・。International。