風車の後ろ・大人64版:カップルの動きがただ回っているだけ。64版:こわそなおめんを売った後のセリフは「穴ほるぞ~」。3D版:上記セリフは「穴ほるじょ~」。シティ・大人64版:炎の神殿クリア前にダルニアの息子と2回話すと、族長の部屋とゴロンのお店の扉が開く。3D版:1回話すだけで扉が開く。あつい!」ハイリア湖畔64版:つりぼりの外看板の絵はつりざおの絵。3D版:外看板の絵が、ルアーに喰いつこうとしてはねる魚の絵に変わった。つりぼり64版:つりぼり内の看板の内容は「つりぼりでのエチケット」のみ。おさらい」「つりぼりでのエチケット」に増えた。ゲルド族のシンボルマーク64版:初期ROMでは月+星だったが、後のROMでは顔みたいな模様。3D版:顔みたいな模様。ガノン城の橋64版:光の矢入手後に六賢者がかける橋に手すりがなく、橋の端に行くと溶岩に落ちる。3D版:橋に手すりがあるので溶岩に落ちない。[アイテム]妖精のパチンコ64版:弾ホールドがない。3D版:ゴムの真ん中に弾ホールドがあり、これを目安に狙いやすくなった。ムシ再利用64版:フワっとした土の前であきビンからムシを出し、穴に潜りこむ前に捕まえると再利用できる。3D版:フワッとした土の前ではムシを捕まえられず再利用できない。落とし穴発見器64版:もだえ石(64振動パック対応アイテム)3D版:ひびき石(3DSは振動しないため、怪しい場所で音が鳴るシステムに変更)[敵モンスター]アイアンナック相手の攻撃を子供時代ハイリアの盾で防げなくなった。ガノン相手の攻撃をハイリアの盾・ミラーシールドで防げなくなった。尻尾の弱点範囲が広がり、狙いやすくなった。スタルウォール64版:倒したスタルウォールが地面についてから消えるまでにメガトンハンマーで地面を叩くと、再び倒した音がしてスタルウォールが浮き上がった。メガトンハンマーで地面を叩き続ける限り何度でもスタルウォールが浮き上がり、消えなかった。3D版:メガトンハンマーで地面を叩いてもスタルウォールが浮き上がらず、通常通り消える。[バグ]デクの棒で特定のものを斬ると折れたデクの棒になることがある。64版ではバグだったが、3D版では仕様。盾突き(Rを押しながらB)のダメージバグがなくなった。64版:盾突きが直前に出した攻撃の威力になった。子供時代にデクの棒でジャンプ斬りしてから盾突きすると、最高威力の盾突きができた。3D版:盾突きの威力が突きの威力になり、直前に出した攻撃の威力を引き継がなくなった。あきビンバグの方法が変わった。64版:あきビンにアイテムを詰める直前にアイテム画面を呼び出す。あきビンのボタンに別なアイテムをセットして通常画面に戻ると、別なアイテムがあきビンに変わる。3D版:あきビン増殖参照。64版であった密猟者のノコギリバグが、3D版でなくなった。密猟者のノコギリバグ:大人時代のわらしべイベントで密猟者のノコギリを持っていると、子供時代に迷いの森の森のステージにデクナッツが現れない。密猟者のノコギリを手放しても森のステージでまことの仮面イベントが起きず、デクの実所持数+10ができない。このバグのため、64版森のステージでデクの実所持数+10をするには、密猟者のノコギリ入手前に行う必要があった。部屋2064版:冥土に渡る船で進む水路に背景がなかった3D版:水路上方に怨霊のような背景が流れていく[エフェクト]血の表現64版:初期ROMではリンクの血やガノンドロフの吐血が赤かったが、後のROMでは青や緑になった。3D版:青や緑になっている。ゼルダの伝説攻略wiki。