万治三年(1660年)に讃岐国丸亀藩主であった京極高和が、その藩領内である象頭山に鎮座する、金刀比羅宮(本宮)の御分霊を当時藩邸があった芝・三田の地に勧請し、延宝七年(1679年)、京極高豊の代に現在の虎ノ門(江戸城の裏鬼門にあたる)に遷座した。その後、こんぴら人気が高まり、江戸市民の熱烈な要請に応え、毎月十日に限り邸内を開き、参拝を許可した。当時は“金毘羅大権現”と称されていたが、明治二年(1869年)、神仏分離令により、事比羅神社に、明治22年(1889年)には金刀比羅宮に社号を改称し現在に至る。社殿は第2次大戦で焼失したが、昭和二十六年(1951年)に拝殿と幣殿が再建された。幣殿の奥に位置する本殿は昭和五十八年(1983年)に再建されたものである。