臨床工学室は、統合による医療センターの発足とともに設置され、中信松本病院の臨床工学室と一体的に運用をしています。松本病院では、医療機器の保守点検や中央管理に加えて、循環器の検査でも臨床工学的な技術を提供しています。ポンプ、シリンジポンプの貸出、返却業務と返却時の保守点検を行います。保守点検業務うえに述べた機器のほかに、生体情報モニター、除細動器などを、定期点検や故障点検などの保守点検業務を通じて医療機器の安全性を保っています。循環器業務ペースメーカーの新規植え込み・交換時やペースメーカー外来にて/ページング・システム・アナライザー)やプログラマーの操作を、医師の指示のもとに行っています。センターにて、急性心不全により呼吸状態が悪化した場合にNIV(非侵襲的人工呼吸)療法に関わっています。