国の財政事情の悪化や急激な物価上昇などによって着工が先送りされ,一時計画が凍結されたが,1987年に解除され,需要見通しや事業収支などをふまえて,着工の優先順位と整備新幹線の規格が決定された。通常の新幹線の規格では建設費用が高くつくため,一部区間は新幹線規格より軌間が狭いスーパー特急や,在来線を利用するミニ新幹線での整備が設定された。規格をめぐって紆余曲折があり,1995年東北新幹線を全線新幹線規格にすることが決まった。北陸新幹線,九州新幹線(鹿児島ルート)についても,すでにスーパー特急方式で着工している区間の切り替えも含め,全線新幹線規格で整備が進められた。